16S/18S/il suo sequenziamento di amplicon-NGS
Caratteristiche del servizio
● Piattaforma di sequenziamento: Illumina Novaseq.
● Amplificazione di brevi regioni di 16s, 18 e ITS, tra gli altri obiettivi di amplificazione.
● Scelte flessibili di amplicon.
● Esperienza del progetto precedente con target di amplificazione multipli.
Vantaggi del servizio
●Senza isolamento:Rapida identificazione della composizione microbica nei campioni ambientali.
●Alta risoluzione: In componenti a basso abbondante in campioni ambientali.
●Ampiamente applicabile: Diversi studi sulla comunità microbica.
●Analisi bioinformatica completa: L'ultimo pacchetto Qiime2 (Insight quantitativa sull'ecologia microbica) con diverse analisi in termini di database, annotazione, OTU/ASV.
●Vasta competenza: Con 150 mila progetti di sequenziamento di amplicon condotti ogni anno, BMKGENE porta oltre un decennio di esperienza, un team di analisi altamente qualificato, contenuti completi e un eccellente supporto post-vendita.
Specifiche del servizio
| Biblioteca | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati |
| Amplicon | Illumina PE250 | Tag 50/100/300k (leggi coppie) |
Requisiti di servizio
| Concentrazione (ng/µl) | Importo totale (NG) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Suolo/fanghi: 1-2 g
● Contenuto intestinale-animale: 0,5-2g
● Contenuto intestinale-Isect: 0,1-0,25 g
● Superficie vegetale (sedimento arricchito): 0,1-0,5 g
● Sedimenti arricchiti del brodo di fermentazione): 0,1-0,5 g
● Feci (animali grandi): 0,5-2g
● Feci (mouse): 3-5 grani
● Fluido di lavaggio alveolare polmonare: carta da filtro
● Giustro vaginale: 5-6 tamponi
● Spazio/Saliva Genitale/Saliva/Tissuta molle orale/tampone rettale/tampone rettale: 2-3 tamponi
● Microrganismi di superficie: carta da filtro
● Acqua/aria/biofilm: carta da filtro
● Endofiti: 1-2G
● Placca dentale: 0,5-1g
Flusso di lavoro di servizio
Consegna del campione
Costruzione della biblioteca
Sequenziamento
Analisi dei dati
Servizi post-vendita
Include la seguente analisi:
- Controllo della qualità dei dati grezzi
- Clustering otu /de-noise (ASV)
- Annotazione otu
- Analisi della diversità Alpha: indici multipli, tra cui Shannon, Simpson e ACE.
- Analisi della diversità beta
- Analisi tra gruppi
- Analisi di correlazione: tra fattori ambientali e composizione e diversità
- Previsione del gene funzionale 16S
Istogramma della distribuzione tassonomica
Mappa di calore dell'abbondanza tassonomica
Analisi della diversità alfa: curva di rarefazione
Analisi della diversità beta: NMD
Analisi intergruppo: Discovery Biomarker Lefse
Esplora i progressi facilitati dai servizi di sequenziamento Amplicon di BMKGENE con Illumina attraverso una raccolta curata di pubblicazioni.
Dong, C. et al. (2022) 'Assemblaggio, microbiota centrale e funzione del suolo rizosfera e microbiota di corteccia in EuCommia Ulmoides', frontiere in microbiologia, 13. doi: 10.3389/fmicb.2022.855317/full.
Li, Y. et al. (2023) "Trapianto di consorzi batterici sintetici per il trattamento della vaginosi batterica indotta da Gardnella vaginalis nei topi", microbioma, 11 (1), pagg. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. e Liu, H. (2022) "Microbiomi di polvere d'aria raccolte durante l'esperimento di supporto vitale bioregenerativo chiuso a terra" Lunar Palace 365 ", microbiomi ambientali, 17 (1), pp. 1–20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/figure/8.
Yin, S. et al. (2022) "Abbondanza dipendente dalla materia prima di geni funzionali correlati alla perdita di azoto controllata dalla trasformazione dell'azoto nel compostaggio", BioResource Technology, 361, p. 127678. Doi: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
