Sértæk-staðbundin brotin raðgreining (SLAF-seq)
Verkflæði
Tæknilegt fyrirætlun
Þjónustuaðgerðir
● Röðun á Novaseq með PE150.
● Undirbúningur bókasafns með tvöföldum strikamerki, sem gerir kleift að sameina yfir 1000 sýni.
● Hægt er að nota þessa tækni með eða án viðmiðunar erfðamengis, með mismunandi lífupplýsingaleiðslum fyrir hvert tilfelli:
Með tilvísunar erfðamengi: SNP og Indel uppgötvun
Án viðmiðunar Genom
● Íí kísilFyrirfram hönnunarstig Margfeldi takmörkun ensímsamsetningar eru sýndar til að finna þær sem búa til samræmda dreifingu SLAF merkja meðfram erfðamenginu.
● Meðan á tilrauninni stendur eru þrjár ensímsamsetningar prófaðar í 3 sýnum til að búa til 9 SLAF bókasöfn og þessar upplýsingar eru notaðar til að velja bestu takmörkunarensímsamsetninguna fyrir verkefnið.
Þjónustu kostir
●Mikil erfðamerki uppgötvun: Að samþætta tvöfalt strikamerkjakerfi með mikla afköst gerir kleift að raða samtímis stórum íbúum og staðbundin mögnun eykur skilvirkni og tryggir að merkjanúmer uppfylli fjölbreyttar kröfur ýmissa rannsóknarspurninga.
● Lítið háð erfðamenginu: Það er hægt að nota það á tegundir með eða án viðmiðunargenamengis.
●Sveigjanleg hönnun: Eins ensím, tvískiptur ensím, meltingu margra ensíma og ýmsar tegundir ensíma er hægt að velja til að koma til móts við mismunandi rannsóknarmarkmið eða tegundir. Theí kísilForhönnun er framkvæmd til að tryggja bestu ensímhönnun.
● Mikil skilvirkni í meltingu ensím: Leiðni aní kísilForhönnun og for-tilraun tryggðu ákjósanlega hönnun með jöfnum dreifingu SLAF merkja á litningi (1 SLAF TAG/4KB) og minni endurteknar röð (<5%).
●Víðtæk sérfræðiþekking: Teymið okkar færir öllum verkefnum mikla reynslu, með afrekaskrá yfir að loka yfir 5000 SLAF-Seq verkefnum á hundruðum tegunda, þar á meðal plöntur, spendýr, fugla, skordýr og vatnalífverur.
● Sjálfþróað lífupplýsingaflæði: BMKGENE þróaði samþætt lífupplýsingaferli fyrir SLAF-seq til að tryggja áreiðanleika og nákvæmni endanlegrar framleiðslunnar.
Þjónustusneiðbeiningar
| Gerð greiningar | Mælt er með íbúafjölda | Röðunarstefna | |
| Dýpt tag raðgreiningar | Merkisnúmer | ||
| Erfðakort | 2 foreldrar og> 150 afkvæmi | Foreldrar: 20X WGS Offsping: 10x | Erfðamengi: <400 MB: Mælt er með WGS <1GB: 100K merki 1-2GB :: 200K merki > 2GB: 300K merki Max 500K merki |
| Erfðamengisrannsóknir (GWAS) | ≥200 sýni | 10x | |
| Erfðafræðileg þróun | ≥30 sýni, með> 10 sýnum úr hverjum undirhópi | 10x | |
Þjónustukröfur
Styrkur ≥ 5 ng/µL
Heildarfjárhæð ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2.5
Agarósagel: ekkert eða takmarkað niðurbrot eða mengun
Mælt með afhendingu sýnisins
Ílát: 2 ml skilvindu rör
(Fyrir flest sýnin mælum við með að varðveita ekki í etanóli)
Sýnishornamerki: Sýnishorn þarf að vera greinilega merkt og eins og framlagið sýnishorn upplýsingaforms.
Sending: Dry-Iice: Sýnishorn þarf að pakka í töskur fyrst og grafin í þurrum ís.
Þjónustuferli
Sýnishorn qc
Tilraunatilraun
Slaf-tilraun
Undirbúningur bókasafns
Raðgreining
Gagnagreining
Eftir sölu þjónustu
Inniheldur eftirfarandi greiningu:
- Röðun Gögn QC
- SLAF TAG þróun
Kortlagning til að vísa til erfðamengis
Án viðmiðunar erfðamengis: þyrping
- Greining á SLAF merkjum: Tölfræði, dreifing yfir erfðamengið
- Discovery Marker: SNP, Indel, SNV, CV CALLING og athugasemd
Dreifing SLAF merkja á litningum:
Dreifing SNP á litningum:
SNP athugasemd
| Ár | Dagbók | IF | Titill | Forrit |
| 2022 | Nature Communications | 17.694 | Erfðafræðileg grundvöllur giga-litninga og giga-erfðamengis trjáa peony Paeonia ostii | Slaf-gwas |
| 2015 | Nýr Phytologist | 7.433 | Tamið fótspor akkeris erfðasvæði sem eru af landbúnaðarvisku í sojabaunir | Slaf-gwas |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Erfðamengi gervi kynning á Gossypium Barbadense í G. hirsutum afhjúpa yfirburða stað til að bæta samtímis gæði bómullar og ávöxtun eiginleikar | SLAF-þróunar erfðafræði |
| 2019 | Sameindaverksmiðja | 10.81 | Genomic greining á mannfjölda og de novo þingið afhjúpa uppruna illgresis Hrísgrjón sem þróunarleikur | SLAF-þróunar erfðafræði |
| 2019 | Náttúru erfðafræði | 31.616 | Erfðamengi og erfðafræðilegur fjölbreytni algengra karps, cyprinus carpio | SLAF-tengsl kort |
| 2014 | Náttúru erfðafræði | 25.455 | Erfðamengi ræktaðs jarðhnetu veitir innsýn í belgjurtir karíótýpur, polyploid Þróun og uppskeru tamning. | SLAF-tengsl kort |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Auðkenning ST1 leiðir í ljós val sem felur í sér hikun á formgerð fræ og olíuinnihald við sojabaunir | Þróun SLAF-MARKER |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Auðkenning og þróun DNA-merkis fyrir hveiti-helemus mollis 2ns (2D) Órjúfan litningaskipti | Þróun SLAF-MARKER |
| Ár | Dagbók | IF | Titill | Forrit |
| 2023 | Landamæri í plöntuvísindum | 6.735 | QTL kortlagning og umritunargreining á sykurinnihaldi við þroska ávaxta á pýruspýrólíu | Erfðakort |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | Auðkenning ST1 leiðir í ljós val sem felur í sér hikun á formgerð fræ og olíuinnihaldi við tamningu á sojabaunum
| SNP hringir |
| 2022 | Landamæri í plöntuvísindum | 6.623 | Erfðamengi samtaka kortlagning á hulalausum svipgerðum í þurrkumhverfi.
| GWAS |
