Exclusive Agency for Korea

Vörur

Stakar kjarna RNA raðgreiningar

Þróun einsfrumna handtaka og sérsniðna smíði bókasafns, ásamt raðgreining með mikilli afköstum, hefur gjörbylt genatjáningarrannsóknum á frumustiginu. Þessi bylting gerir kleift að dýpra og ítarlegri greiningu á flóknum frumustofnum, sem sigrast á takmörkunum sem tengjast meðaltali gena yfir öllum frumum og varðveita hina raunverulegu ólíkleika innan þessara íbúa. Þó að RNA raðgreining á einni frumna (SCRNA-seq) hafi óumdeilanlega kosti, þá lendir það í áskorunum í ákveðnum vefjum þar sem stofnun eins frumna fjöðrun reynist erfið og krefst ferskra sýnishorna. Við á BMKGENE, tökum við þessa hindrun með því að bjóða upp á RNA raðgreiningu á einni kjarna (snRNA-seq) með því að nota nýjustu 10x erfðafræðilega króm tækni. Þessi aðferð víkkar litróf sýna sem unnt er að afritunargreiningu á einu frumu stigi.

Einangrun kjarna er náð með nýstárlegum 10x erfðafræðilegum krómflís, með átta rásum örflæðiskerfi með tvöföldum krossum. Innan þessa kerfis eru hlaupperlur sem innihalda strikamerki, grunnar, ensím og einn kjarna innilokaðir í olíudropum í nanólíter og myndar hlaupperlu í fætur (GEM). Í kjölfar myndunar á gimsteini koma frumulýsing og losun strikamerkja innan hverrar gimsteins. Í kjölfarið gangast mRNA sameindir í öfugri umritun í CDNA, þar sem 10X strikamerki eru með og einstök sameindaauðkenni (UMIS). Þessi CDNA eru síðan háð stöðluðum raðgreiningarsöfnum, sem auðvelda öfluga og yfirgripsmikla könnun á genatjáningarsniðum á einu frumu stigi.

Pallur: 10 × Genomics Chromium og Illumina Novaseq pallur

Hafðu samband

Þjónustuupplýsingar

Bioinformatics

Niðurstöður kynningar

Lögun rit

Tæknilegt fyrirætlun

Einangrun kjarna er náð með 10 × Genomics Chromium ™, sem samanstendur af átta rásum örflæðiskerfi með tvöföldum krossum. Í þessu kerfi eru hlaupperlur með strikamerki og grunnur, ensím og einn kjarna hjúpaður í olíufalli nanólíter, sem myndar hlaupperlu-í-frónun (GEM). Þegar gimsteinn er myndaður er frumulýsing og losun strikamerkja framkvæmd í hverri gimsteini. MRNA er öfug umritað í cDNA sameindir með 10 × strikamerki og UMI, sem eru enn frekar háð stöðluðum raðgreiningarsöfnum.

Eiginleikar

● Undirbúningur á stakri kjarna sviflausn úr frosnum vefjum

● Myndun hlaupperlu-í-friðl

● Hver perla í gimsteini er hlaðin grunni sem samanstendur af 4 hlutum:

Poly (DT) hali fyrir mRNA grunnun og cDNA myndun,

Einstakt sameindaauðkenni (UMI) til að leiðrétta hlutdrægni

10x strikamerki

Bindandi röð að hluta til að lesa 1 raðgreiningar grunnur

Kostir

RNA raðgreining á einni kjarna sniðgengi takmarkanir á RNA raðgreiningu eins frumna, sem gerir kleift:

● Notkun frosinna sýna og ekki aðeins takmörkuð við fersk sýni

● Lítið álag frosinna frumna samanborið við ensímmeðferð á ferskum frumum, endurspeglast í afritunargögnum í formi minna streitu af völdum gena

● Engin þörf fyrir fyrri fjarlægingu rauðra blóðkorna

● Ótakmarkað frumuþvermál

● Mikið úrval sýna sem eru gjaldgeng til greiningar, þar með

Sýnishorn sem ekki er hægt að greina með RNA raðgreiningu eins frumna og eru gjaldgeng fyrir stakan kjarna RNA raðgreiningar:

Klefi / vefur	Ástæða
Ófrjáls frosinn vefur	Ekki er hægt að fá fersk eða langvarandi samtök
Vöðvafrumur, megakaryocyte, fita ...	Þvermál klefa er of stór til að komast inn í tækið
Lifur ...	Of brothætt til að brjóta, geta ekki greint stakar frumur
Taugafrumu, heili ...	Næmari, auðvelt að leggja áherslu á, mun breyta niðurstöðum raðgreiningarinnar
Brisi, skjaldkirtil ...	Ríkt af innrænu ensímum, sem hafa áhrif á framleiðslu á stakri sviflausn

Ein-kjarna vs eins frumu

Stakur kjarna	Einfrumu
Ótakmarkað frumuþvermál	Þvermál frumna: 10-40 μm
Efnið getur verið frosinn vefur	Efnið verður að vera ferskur vefur
Lítið álag af frosnum frumum	Ensímmeðferð getur valdið viðbrögðum frumna streitu
Ekki þarf að fjarlægja rauð blóðkorn	Fjarlægja þarf rauð blóðkorn
Kjarnorku lýsir lífupplýsingum	Öll fruman lýsir lífupplýsingum

Forskriftir

Dæmi um kröfur

Bókasafn

Röðunarstefna

Mælt er með gögnum

Gæðaeftirlit

Dýravef ≥ 200 mg

Plöntuvef ≥ 400 mg

10x Genomics SN CDNA bókasafn

Illumina PE150

100K PE les í hverri klefa

(100-200 GB)

700-1200 kjarna/μl og heilleiki kjarna sem sést við smásjá

Fyrir frekari upplýsingar um sýnishorn af undirbúningi og þjónustu við þjónustu, vinsamlegast ekki hika við að tala við aBMKGENE sérfræðingur

Þjónustuvinnuflæði

Fyrri: Plöntu/dýra heil genamengun

Næst: Erfðamengi samtaka greiningar

Inniheldur eftirfarandi greiningu:

● Gæðaeftirlit: Fjöldi frumna, genagreining, nákvæm auðkenning frumna, RNA sameindir og magngreining

● Innra sýnishornagreining:

Frumuþyrping og þyrpingaskýring

Mismunandi tjáningargreining: Auðkenning Degs í þyrpingum

Hagnýtur umsögn og auðgun klasadegra

● Greining milli hópa:

Sambland af gögnum

Mismunandi tjáningargreining: Auðkenning Degs í hópum

Hagnýtur athugasemd og auðgun hóps Degs

● Ítarleg greining:

Greining á frumuferli

Gervi greining

Greining á samskiptum frumna (CellephonedB)

Genasett auðgunargreining (GSEA)

Innri sýnishornagreining

Frumuþyrping:

Mismunandi tjáningargreining: Cluster Degs

Greining milli hópa

Mismunandi tjáningargreining: Hóp Degs

Ítarleg greining:

Gervi greining:

Greining á frumuhringnum:

Kannaðu framfarir sem auðveldar með RNA raðþjónustu BMKGENE með 10x króm í þessum ritum: rit:

Wang, L. o.fl. (2021) „Greining á einni frumna umritun sýnir ónæmislandslag lungna í steraþolnu astma versnun“,Málsmeðferð National Academy of Sciences of the United States of America, 118 (2), bls. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Zheng, H. o.fl. (2022) 'Alheims reglugerðarnet fyrir truflað genatjáningu og óeðlilegt efnaskipta merki í ónæmisfrumum í örumhverfi Graves -sjúkdómsins og skjaldkirtilsbólgu Hashimoto,,,,,'Landamæri í ónæmisfræði, 13, bls. 879824. DOI: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.

Tian, H. o.fl. (2023) 'Einfrumna transcriptome afhjúpar misleitni og ónæmissvörun hvítfrumna eftir bólusetningu með óvirkjuðu Edwardiella tarda í Flounder (Paralichthys Olivaceus),',Fiskeldi, 566, bls. 739238. DOI: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.

Yu, Y. o.fl. (2023) 'Ljósdynamísk meðferð bætir niðurstöðu ónæmiseftirlitshemla með því að gera upp ónæmi gegn æxlum hjá sjúklingum með magakrabbamein',Magakrabbamein, 26 (5), bls. 798–813. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/mælikvarði.