Prokaryotic RNA raðgreining
Eiginleikar
● RNA sýnivinnsla tók þátt í rRNA eyðingu fylgt eftir með stefnu RNA bókasafns.
● Lífupplýsingagreining byggð á röðun við viðmiðunargenamengi
● Greining felur í sér genatjáningu og DEG en einnig umritunaruppbyggingu og sRNA greining
Þjónustu kostir
●Strangt gæðaeftirlit: Við innleiðum kjarnastýringarstig á öllum stigum, allt frá sýnishorni og undirbúningi bókasafns til raðgreiningar og lífupplýsingafræði. Þetta vandlega eftirlit tryggir afhendingu stöðugt vandaðra niðurstaðna.
●Strand-sértæk raðgreiningargögn: Vegna þess að undirbúningur RNA bókasafnsins er stefnulegur, sem gerir kleift að bera kennsl á afrit af skynsemi.
●Heill greining sem er sniðin að prokaryotic transkriptómum: Bioinformatic leiðslan felur ekki aðeins í sér greiningu á genatjáningu heldur einnig greiningu á afritunarbyggingu, þar með talið auðkenningu óperóna, UTRs og verkefnisstjóra. Það felur einnig í sér greiningu á SRNA, nefnilega athugasemdum og spá um afleidd uppbyggingu og markmið.
●Stuðningur eftir sölu: Skuldbinding okkar nær út fyrir lokun verkefnis með 3 mánaða þjónustutímabili eftir sölu. Á þessum tíma bjóðum við upp á eftirfylgni verkefnis, vandræðaleit og spurningar og spurningar til að takast á við allar fyrirspurnir sem tengjast niðurstöðunum.
Dæmi um kröfur og afhendingu
| Bókasafn | Röðunarstefna | Mælt er með gögnum | Gæðaeftirlit |
| rRNA tæmdi stefnubókasafn | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30 ≥85% |
Dæmi um kröfur:
| Conc. (Ng/μl) | Magn (μg) | Hreinleiki | Heiðarleiki |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1.0-2.5 Takmarkað eða ekkert prótein eða DNA mengun sýnd á hlaupi. | Rin≥6,5 |
Mælt með afhendingu sýnisins
Gámur: 2 ml skilvindu rör (ekki er mælt með tini filmu)
Dæmi um merkingu: Hópur+endurtaka EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sending:
1. Dry-Iice: Sýnishorn þarf að pakka í töskur og grafin í þurru.
2. RNASTABLE rör: RNA sýni er hægt að þurrka í RNA stöðugleika rör (td RNAntable®) og send í stofuhita.
Þjónustuvinnuflæði
Sýnishorn
Bókasafnsbygging
Raðgreining
Gagnagreining
Eftir sölu þjónustu
Vinnuflæði lífupplýsinga
Inniheldur eftirfarandi greiningu:
● Hrá gæði gæðaeftirlits
● Samræming við viðmiðunargenamengið
● Gæðamat á bókasafni: RNA sundrungu handahófi, innskotstærð og raðgreining
● Hagnýtur athugasemd spáðra kóðunar gena
● Tjáningargreining: Fylgni og meginþáttagreining (PCA)
● Mismunandi genatjáning (Degs)
● Hagnýtur umsögn og auðgun DEGS
● SRNA Greining: Spá, umsögn, miða og framhaldsspá
● Greining á uppbyggingu uppbyggingar: Óperón, upphafs- og lokastöður, ótengt svæði (UTS), kynningaraðili og SNP/Indel greining
Röðun mettun
Hagnýtur athugasemd á kóðunargenum
Fylgni milli sýna
Mismunandi greining á genum (DEGS)
Virk auðgunargreining
SRNA athugasemd
Kannaðu framfarir sem auðveldar með Nanopore BMKGene í fullri lengd mRNA raðgreiningarþjónustu í þessari útgáfu.
Guan, CP o.fl. (2018) 'Global Transcriptome Breytingar á líffilm-myndandi Staphylococcus epidermidis sem svara heildar alkalóíðum Sophorea alopecuroides',Pólska tímaritið um örverufræði, 67 (2), bls. 223. DOI: 10.21307/PJM-2018-024.
