-
Einkjarna RNA röðun
Þróun einfrumufanga og sérsniðinnar smíðatækni bókasafns, ásamt afkastamikilli raðgreiningu, hefur gjörbylta rannsóknum á genatjáningu á frumustigi. Þessi bylting gerir ráð fyrir dýpri og yfirgripsmeiri greiningu á flóknum frumuhópum, sigrast á takmörkunum sem tengjast meðaltali genatjáningar yfir allar frumur og varðveitir hið sanna misleitni innan þessara stofna. Þó að einfrumu RNA raðgreining (scRNA-seq) hafi óneitanlega kosti, lendir hún í áskorunum í ákveðnum vefjum þar sem erfitt reynist að búa til einfrumu sviflausn og krefst nýrra sýna. Hjá BMKGene tökum við á þessari hindrun með því að bjóða upp á einskjarna RNA raðgreiningu (snRNA-seq) með því að nota nýjustu 10X Genomics Chromium tæknina. Þessi nálgun víkkar litróf sýna sem eru hæf til greiningar umrita á einfrumustigi.
Einangrun kjarna er náð með nýstárlegri 10X Genomics Chromium flís, sem er með átta rása örvökvakerfi með tvöföldum krossum. Innan þessa kerfis eru gelperlur sem innihalda strikamerki, primera, ensím og einn kjarna hjúpaðar í nanólítra olíudropum og mynda Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Eftir myndun GEM á sér stað frumugreining og strikamerkjalosun innan hvers GEM. Í kjölfarið gangast mRNA sameindir í öfuga umritun í cDNA, með 10X strikamerkjum og Unique Molecular Identifiers (UMI). Þessar cDNA eru síðan látnar undirgangast staðlaða raðgreiningarsafnsbyggingu, sem auðveldar öfluga og alhliða könnun á tjáningarsniðum gena á einfrumustigi.
Pallur: 10× Genomics Chromium og Illumina NovaSeq pallur
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics er háþróaða tækni sem gerir vísindamönnum kleift að rannsaka genatjáningarmynstur innan vefja á sama tíma og staðbundið samhengi þeirra er varðveitt. Einn öflugur vettvangur á þessu sviði er 10x Genomics Visium ásamt Illumina raðgreiningu. Meginreglan um 10X Visium liggur á sérhæfðri flís með tilgreindu fangsvæði þar sem vefjahlutum er komið fyrir. Þetta fangsvæði inniheldur strikamerkta bletti, sem hver um sig samsvarar einstökum staðbundnum stað innan vefsins. Fanguðu RNA sameindirnar úr vefnum eru síðan merktar með einstökum sameindaauðkennum (UMI) meðan á öfugum umritun stendur. Þessir strikamerktu blettir og UMI gera nákvæma staðbundna kortlagningu og magngreiningu á tjáningu gena með einfrumuupplausn. Sambland af staðbundnum strikamerkjasýnum og UMIs tryggir nákvæmni og sérhæfni gagna sem myndast. Með því að nota þessa Spatial Transcriptomics tækni geta rannsakendur öðlast dýpri skilning á staðbundnu skipulagi frumna og flóknum sameindasamskiptum sem eiga sér stað innan vefja, sem býður upp á ómetanlega innsýn í aðferðirnar sem liggja til grundvallar líffræðilegum ferlum á mörgum sviðum, þar á meðal krabbameinsfræði, taugavísindi, þroskalíffræði, ónæmisfræði. , og grasafræðirannsóknir.
Pall: 10X Genomics Visium og Illumina NovaSeq
-
Full-lengd mRNA Sequencing-Nanopore
Þó að NGS-undirstaða mRNA raðgreining sé fjölhæft tæki til að mæla tjáningu gena, þá takmarkar það að treysta á stutta lestur virkni þess í flóknum umritunargreiningum. Á hinn bóginn notar nanopore raðgreiningu langlestra tækni, sem gerir raðgreiningu mRNA afrita í fullri lengd kleift. Þessi nálgun auðveldar yfirgripsmikla könnun á öðrum skeytingum, genasamruna, fjöl-adenýleringu og magngreiningu mRNA ísóforma.
Nanopore raðgreining, aðferð sem byggir á nanopore einnar sameind í rauntíma rafmerkjum, gefur niðurstöður í rauntíma. Með hreyfipróteinum að leiðarljósi binst tvíþátta DNA við nanopore prótein sem eru felld inn í líffilmu, vinda ofan af því þegar það fer í gegnum nanopore rásina undir spennumun. Sérstök rafboð sem myndast af mismunandi basum á DNA strengnum eru greind og flokkuð í rauntíma, sem auðveldar nákvæma og samfellda núkleótíðaröð. Þessi nýstárlega nálgun yfirstígur takmarkanir á stuttum lestri og veitir kraftmikinn vettvang fyrir flókna erfðafræðilega greiningu, þar á meðal flóknar umritunarrannsóknir, með tafarlausum árangri.
Pall: Nanopore PromethION 48
-
MRNA raðgreining í fullri lengd -PacBio
Þó að NGS-undirstaða mRNA raðgreining sé fjölhæft tæki til að mæla genatjáningu, takmarkar það að treysta á stutta lestur notkun þess í flóknum umritunargreiningum. Á hinn bóginn notar PacBio raðgreining (Iso-Seq) langlestra tækni, sem gerir raðgreiningu mRNA afrita í fullri lengd kleift. Þessi nálgun auðveldar yfirgripsmikla könnun á öðrum skeytingum, genasamruna og fjöl-adenýleringu. Hins vegar eru aðrir kostir fyrir magngreiningu genatjáningar vegna mikils magns gagna sem krafist er. PacBio raðgreiningartækni byggir á einni sameind, rauntíma (SMRT) raðgreiningu, sem veitir sérstakan kost við að fanga mRNA afrit í fullri lengd. Þessi nýstárlega nálgun felur í sér að nota núllhams bylgjuleiðara (ZMWs) og örframleidda brunna sem gera rauntíma athugun á DNA pólýmerasavirkni við raðgreiningu. Innan þessara ZMWs myndar PacBio's DNA pólýmerasi viðbótarstreng af DNA, myndar langa lestur sem spannar allt mRNA umrit. PacBio aðgerð í Circular Consensus Sequencing (CCS) ham eykur nákvæmni með því að raða sömu sameindinni ítrekað. Mynduð HiFi lestur hefur sambærilega nákvæmni og NGS, sem stuðlar enn frekar að alhliða og áreiðanlegri greiningu á flóknum umritunareiginleikum.
Pall: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Heilkjörnunga mRNA raðgreiningu-NGS
mRNA raðgreining, fjölhæf tækni, veitir víðtæka prófílgreiningu allra mRNA umrita innan frumna við sérstakar aðstæður. Með víðtækri notkun sinni afhjúpar þetta háþróaða tól flókin genatjáningarsnið, genabyggingu og sameindakerfi sem tengjast fjölbreyttum líffræðilegum ferlum. MRNA raðgreining, sem er mikið notað í grundvallarrannsóknum, klínískri greiningu og lyfjaþróun, býður upp á innsýn í ranghala frumuvirkni og erfðastjórnun, sem vekur forvitni um möguleika þess á ýmsum sviðum.
Pallur: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Non-Reference based mRNA Sequencing-NGS
mRNA raðgreining styrkir alhliða prófílgreiningu allra mRNA umrita innan frumna við sérstakar aðstæður. Þessi háþróaða tækni þjónar sem öflugt tæki, afhjúpar flókna tjáningarsnið gena, genabyggingar og sameindakerfi sem tengjast fjölbreyttum líffræðilegum ferlum. MRNA raðgreining, sem er mikið notað í grundvallarrannsóknum, klínískri greiningu og lyfjaþróun, býður upp á innsýn í ranghala frumuvirkni og erfðastjórnun.
Pallur: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Long Non-coding Sequencing-Illumina
Löng ókóðun RNA (lncRNA) eru lengri en 200 núkleótíð sem búa yfir lágmarks kóðunarmöguleika og eru lykilþættir innan ókóðandi RNA. Þessi RNA, sem finnast í kjarna og umfrymi, gegna mikilvægu hlutverki í stjórnun á frumu, umritun og eftir umritun, sem undirstrikar mikilvægi þeirra við mótun frumu- og sameindaferla. LncRNA raðgreining er öflugt tæki í frumuaðgreiningu, ontogenesis og sjúkdómum í mönnum.
Pallur: Illumina NovaSeq
-
Small RNA Sequencing-Illumina
Lítil RNA (sRNA) sameindir, innihalda míkróRNA (miRNA), lítil truflandi RNA (siRNA) og piwi víxlverkandi RNA (piRNA). Meðal þessara eru miRNA, um það bil 18-25 núkleótíð löng, sérstaklega athyglisverð fyrir mikilvæga stjórnunarhlutverk þeirra í ýmsum frumuferlum. Með vefjasértæku og stigssértæku tjáningarmynstri, sýna miRNA mikla varðveislu yfir mismunandi tegundir.
Pallur: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Hringlaga RNA raðgreining (circRNA-seq) er til að greina og greina hringlaga RNA, flokk RNA sameinda sem mynda lokaðar lykkjur vegna ekki-kanónískra skeytingatburða, sem veitir þessu RNA aukinn stöðugleika. Þó að sýnt hafi verið fram á að sum circRNAs virka sem microRNA svampar, binda microRNA og koma í veg fyrir að þau stjórni mark-mRNA, þá geta önnur circRNA haft samskipti við prótein, mótað genatjáningu eða haft hlutverk í frumuferlum. circRNA tjáningargreining veitir innsýn í eftirlitshlutverk þessara sameinda og mikilvægi þeirra í ýmsum frumuferlum, þroskastigum og sjúkdómsaðstæðum, sem stuðlar að dýpri skilningi á flóknu RNA-stjórnun í samhengi við genatjáningu.
-
Heild umritaröðun – Illumina
Raðgreining heilrar umrita býður upp á alhliða nálgun til að greina fjölbreyttar RNA sameindir, sem nær yfir kóða (mRNA) og RNA sem ekki eru kóðaðar (lncRNA, circRNA og miRNA). Þessi tækni fangar allt umrit tiltekinna frumna á tilteknu augnabliki, sem gerir kleift að skilja heildrænan skilning á frumuferlum. Einnig þekkt sem „heildar RNA raðgreining“, miðar það að því að afhjúpa flókin eftirlitsnet á umritastigi, sem gerir ítarlegri greiningu eins og samkeppnishæft innrænt RNA (ceRNA) og sameiginlegt RNA greiningu. Þetta markar fyrsta skrefið í átt að hagnýtri persónulýsingu, sérstaklega við að afhjúpa eftirlitsnet sem fela í sér circRNA-miRNA-mRNA-undirstaða ceRNA samskipti.
