-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Staðbundin umritun er í fararbroddi vísindalegra nýsköpunar, sem gerir vísindamönnum kleift að kafa ofan í flókið genatjáningarmynstur innan vefja á sama tíma og staðbundið samhengi þeirra er varðveitt. Innan um ýmsa vettvanga hefur BMKGene þróað BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip, sem státar af aukinni upplausn upp á 3,5 µm, nær undirfrumusviðinu og gerir kleift að stilla upplausn á mörgum stigum. S3000 flísinn, sem inniheldur um það bil 4 milljónir bletta, notar örholur sem eru lagðar með perlum hlaðnar með staðbundnum strikamerkjaföngum. cDNA safn, auðgað með staðbundnum strikamerkjum, er útbúið úr S3000 flögunni og síðan raðgreint á Illumina NovaSeq pallinum. Sambland af staðbundnum strikamerkjasýnum og UMIs tryggir nákvæmni og sérhæfni gagna sem myndast. BMKManu S3000 flísinn er afar fjölhæfur og býður upp á upplausnarstillingar á mörgum stigum sem hægt er að fínstilla að mismunandi vefjum og æskilegum smáatriðum. Þessi aðlögunarhæfni staðsetur flísinn sem framúrskarandi val fyrir fjölbreyttar staðbundnar umritunarrannsóknir, sem tryggir nákvæma staðbundna þyrping með lágmarks hávaða. Notkun frumuskiptingartækni með BMKManu S3000 gerir kleift að afmarka umritunargögn að mörkum frumna, sem leiðir til greiningar sem hefur beina líffræðilega merkingu. Ennfremur leiðir bætt upplausn S3000 til fleiri gena og UMI sem greinast í hverri frumu, sem gerir mun nákvæmari greiningu á staðbundnu umritunarmynstri og þyrping frumna.
-
Einkjarna RNA röðun
Þróun einfrumufanga og sérsniðinnar smíðatækni bókasafns, ásamt afkastamikilli raðgreiningu, hefur gjörbylta rannsóknum á genatjáningu á frumustigi. Þessi bylting gerir ráð fyrir dýpri og yfirgripsmeiri greiningu á flóknum frumuhópum, sigrast á takmörkunum sem tengjast meðaltali genatjáningar yfir allar frumur og varðveitir hið sanna misleitni innan þessara stofna. Þó að einfrumu RNA raðgreining (scRNA-seq) hafi óneitanlega kosti, lendir hún í áskorunum í ákveðnum vefjum þar sem erfitt reynist að búa til einfrumu sviflausn og krefst nýrra sýna. Hjá BMKGene tökum við á þessari hindrun með því að bjóða upp á einskjarna RNA raðgreiningu (snRNA-seq) með því að nota nýjustu 10X Genomics Chromium tæknina. Þessi nálgun víkkar litróf sýna sem eru hæf til greiningar umrita á einfrumustigi.
Einangrun kjarna er náð með nýstárlegri 10X Genomics Chromium flís, sem er með átta rása örvökvakerfi með tvöföldum krossum. Innan þessa kerfis eru gelperlur sem innihalda strikamerki, primera, ensím og einn kjarna hjúpaðar í nanólítra olíudropum og mynda Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Eftir myndun GEM á sér stað frumugreining og strikamerkjalosun innan hvers GEM. Í kjölfarið gangast mRNA sameindir í öfuga umritun í cDNA, með 10X strikamerkjum og Unique Molecular Identifiers (UMI). Þessar cDNA eru síðan látnar undirgangast staðlaða raðgreiningarsafnsbyggingu, sem auðveldar öfluga og alhliða könnun á tjáningarsniðum gena á einfrumustigi.
Pallur: 10× Genomics Chromium og Illumina NovaSeq pallur
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics er háþróaða tækni sem gerir vísindamönnum kleift að rannsaka genatjáningarmynstur innan vefja á sama tíma og staðbundið samhengi þeirra er varðveitt. Einn öflugur vettvangur á þessu sviði er 10x Genomics Visium ásamt Illumina raðgreiningu. Meginreglan um 10X Visium liggur á sérhæfðri flís með tilgreindu fangsvæði þar sem vefjahlutum er komið fyrir. Þetta fangsvæði inniheldur strikamerkta bletti, sem hver um sig samsvarar einstökum staðbundnum stað innan vefsins. Fanguðu RNA sameindirnar úr vefnum eru síðan merktar með einstökum sameindaauðkennum (UMI) meðan á öfugum umritun stendur. Þessir strikamerktu blettir og UMI gera nákvæma staðbundna kortlagningu og magngreiningu á tjáningu gena með einfrumuupplausn. Sambland af staðbundnum strikamerkjasýnum og UMIs tryggir nákvæmni og sérhæfni gagna sem myndast. Með því að nota þessa Spatial Transcriptomics tækni geta rannsakendur öðlast dýpri skilning á staðbundnu skipulagi frumna og flóknum sameindasamskiptum sem eiga sér stað innan vefja, sem býður upp á ómetanlega innsýn í aðferðirnar sem liggja til grundvallar líffræðilegum ferlum á mörgum sviðum, þar á meðal krabbameinsfræði, taugavísindi, þroskalíffræði, ónæmisfræði. , og grasafræðirannsóknir.
Pall: 10X Genomics Visium og Illumina NovaSeq
