-
Metagenomic Sequencing -NGS
Metagenom er safn alls erfðaefnis blandaðs samfélags lífvera, svo sem umhverfis- og mannkynsstofnana. Það inniheldur erfðamengi bæði ræktanlegra og óræktanlegra örvera. Metagenomic raðgreining haglabyssu með NGS gerir kleift að rannsaka þetta flókna erfðafræðilega landslag sem er fellt inn í umhverfissýni með því að veita meira en flokkunarfræðilega sniðgreiningu, sem gefur einnig nákvæma innsýn í tegundafjölbreytileika, gnægðvirkni og flókna stofngerð. Fyrir utan flokkunarfræðilegar rannsóknir, býður haglabyssumyndfræði einnig hagnýtt erfðafræði sjónarhorn, sem gerir könnun á kóðuðum genum og hugsanlegu hlutverki þeirra í vistfræðilegum ferlum. Að lokum, stofnun fylgnineta milli erfðaþátta og umhverfisþátta stuðlar að heildrænum skilningi á flóknu samspili örverusamfélaga og vistfræðilegs bakgrunns þeirra. Að lokum, metagenomic raðgreining stendur sem lykiltæki til að afhjúpa erfðafræðilega ranghala margvíslegra örverusamfélaga og lýsa upp margþætt tengsl erfðafræði og vistfræði innan þessara flóknu vistkerfa.
Pallar: Illumina NovaSeq og DNBSEQ-T7
-
Metagenomic Sequencing-TGS
Metagenom er safn af erfðaefni blandaðs samfélags lífvera, svo sem umhverfis- og mannkynsstofnana. Það inniheldur erfðamengi bæði ræktanlegra og óræktanlegra örvera. Metagenomic raðgreining gerir kleift að rannsaka þetta flókna erfðafræðilega landslag sem er fellt inn í vistfræðileg sýni með því að veita meira en flokkunarfræðilega sniðgreiningu. Það býður einnig upp á hagnýtt erfðafræði sjónarhorn með því að kanna kóðuðu genin og hugsanlegt hlutverk þeirra í umhverfisferlum. Þó hefðbundnar haglabyssuaðferðir með Illumina raðgreiningu hafi verið mikið notaðar í metagenomic rannsóknum, hefur tilkoma Nanopore og PacBio langlestrar raðgreiningar breytt sviðinu. Nanopore og PacBio tæknin eykur lífupplýsingagreiningar eftir strauminn, einkum samsetningu frumhverfa, sem tryggir samfelldari samsetningar. Skýrslur benda til þess að metagenomics sem byggja á Nanopore og PacBio hafi tekist að búa til heill og lokuð erfðamengi bakteríu úr flóknum örverum (Moss, EL, o.fl., Nature Biotech, 2020). Að samþætta Nanopore lestur við Illumina lestur veitir stefnumótandi nálgun fyrir villuleiðréttingu, sem dregur úr eðlislægri lítilli nákvæmni Nanopore. Þessi samverkandi samsetning nýtir styrkleika hvers raðgreiningarvettvangs, býður upp á öfluga lausn til að sigrast á hugsanlegum takmörkunum og efla nákvæmni og áreiðanleika frumspekigreininga.
Pall: Nanopore PromethION 48, Illumia og PacBio Revio
-
Bísulfít raðgreining í heilu erfðamengi (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) stendur sem gullstöðluð aðferðafræði til ítarlegrar könnunar á DNA metýleringu, nánar tiltekið fimmta stöðu í cýtósíni (5-mC), lykilstjórnandi á tjáningu gena og frumuvirkni. Meginreglan sem liggur að baki WGBS felur í sér bísúlfítmeðferð, sem veldur umbreytingu ómetýleraðra cýtósína í úrasíl (C í U), en skilur metýleruð cýtósín eftir óbreytt. Þessi tækni býður upp á upplausn á einum grunni, sem gerir vísindamönnum kleift að rannsaka metýlómið ítarlega og afhjúpa óeðlilegt metýlunarmynstur sem tengist ýmsum sjúkdómum, einkum krabbameini. Með því að nota WGBS geta vísindamenn öðlast óviðjafnanlega innsýn í metýleringarlandslag um allt erfðamengi, sem gefur blæbrigðaríkan skilning á eðlisfræðilegum aðferðum sem liggja til grundvallar fjölbreyttum líffræðilegum ferlum og sjúkdómum.
-
Greining fyrir transposasa-aðgengilegu krómatíni með raðgreiningu með mikilli afköst (ATAC-seq)
ATAC-seq er raðgreiningartækni með mikilli afköstum sem notuð er við greiningu á aðgengisgreiningu á litningi um allt erfðamengi. Notkun þess veitir dýpri skilning á flóknum aðferðum alþjóðlegrar erfðafræðilegrar stjórnunar á genatjáningu. Aðferðin notar ofvirkan Tn5 transposasa til að sundra og merkja opin litningasvæði samtímis með því að setja inn raðgreiningaraðlögun. Síðari PCR mögnun leiðir til stofnunar raðgreiningarsafns, sem gerir kleift að bera kennsl á opin litningasvæði við sérstakar rúm-tíma aðstæður. ATAC-seq veitir heildræna sýn á aðgengilegt litningalandslag, ólíkt aðferðum sem einbeita sér eingöngu að umritunarþáttum bindistöðum eða sérstökum histón-breyttum svæðum. Með því að raða þessum opnu litningasvæðum, sýnir ATAC-seq svæði sem eru líklegri til að virka stjórnunarraðir og hugsanlega umritunarþátta bindisæti, sem býður upp á dýrmæta innsýn í kraftmikla mótun á tjáningu gena yfir erfðamengið.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S og 18S rRNA genin, ásamt Internal Transcribed Spacer (ITS) svæðinu, þjóna sem mikilvæg sameinda fingrafaramerki vegna samsetningar þeirra af mjög varðveittum og of breytilegum svæðum, sem gerir þau að ómetanlegum verkfærum til að einkenna dreifkjörnunga og heilkjörnunga lífverur. Mögnun og raðgreining þessara svæða býður upp á einangrunarlausa nálgun til að rannsaka samsetningu og fjölbreytileika örvera í ýmsum vistkerfum. Þó að Illumina raðgreining miði venjulega á stuttum ofbreytilegum svæðum eins og V3-V4 af 16S og ITS1, hefur verið sýnt fram á að betri flokkunarfræðileg skýring er hægt að ná með því að raða í fullri lengd 16S, 18S og ITS. Þessi alhliða nálgun leiðir til hærra hlutfalls af nákvæmlega flokkuðum röðum, sem nær upplausnarstigi sem nær til tegundagreiningar. PacBio's Single-Molecule Real-Time (SMRT) raðunarvettvangur sker sig úr með því að veita mjög nákvæmar langar lestur (HiFi) sem ná yfir magnara í fullri lengd, sem jafnast á við nákvæmni Illumina raðgreiningar. Þessi hæfileiki gerir vísindamönnum kleift að ná óviðjafnanlegu forskoti - útsýni yfir erfðafræðilegt landslag. Auka umfjöllunin eykur upplausnina í tegundaskýringum verulega, sérstaklega innan bakteríu- eða sveppasamfélaga, sem gerir kleift að skilja dýpri skilning á ranghala örverustofna.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Amplicon raðgreining með Illumina tækni, sem beinist sérstaklega að 16S, 18S og ITS erfðamerkjum, er öflug aðferð til að afhjúpa flokkun, flokkun og tegundafjölda innan örverusamfélaga. Þessi nálgun felur í sér raðgreiningu á ofbreytilegum svæðum í erfðamerkjum heimilishalds. Upphaflega kynnt sem sameindafingraför afWoeses o.flárið 1977 hefur þessi tækni gjörbylt örverusniði með því að gera greiningu án einangrunar kleift. Með raðgreiningu á 16S (bakteríum), 18S (sveppum) og Internal Transcribed Spacer (ITS, sveppum) geta vísindamenn greint ekki aðeins fjölmargar tegundir heldur einnig sjaldgæfar og óþekktar. Amplicon raðgreining, sem hefur verið notuð víða sem lykilverkfæri, hefur orðið mikilvægur í að greina mismunandi örverusamsetningu í fjölbreyttu umhverfi, þar með talið munni manna, þörmum, hægðum og víðar.
-
Endurrað röð baktería og sveppa í heilu genamengi
Verkefni endurraða bakteríur og sveppa heils erfðaefnis eru lykilatriði til að efla erfðafræði örvera með því að gera kleift að ljúka og bera saman erfðamengi örvera. Þetta auðveldar gerjunarverkfræði, hagræðingu iðnaðarferla og könnun á efri efnaskiptaferlum. Ennfremur er endurröðun sveppa og baktería mikilvæg til að skilja umhverfisaðlögun, hámarka stofna og sýna gangverki erfðaþróunar, með víðtæka þýðingu í læknisfræði, landbúnaði og umhverfisvísindum.
-
PacBio 16S/18S/ITS magnaraöðun í fullri lengd
Amplicon (16S/18S/ITS) vettvangur er þróaður með margra ára reynslu í verkefnagreiningu á fjölbreytileika örvera, sem inniheldur staðlaða grunngreiningu og persónulega greiningu: grunngreining nær yfir almennt greiningarinnihald núverandi örverurannsókna, greiningarinnihaldið er mikið og yfirgripsmikið, og greiningarniðurstöður eru settar fram í formi verkefnaskýrslna; Innihald einstaklingsmiðaðrar greiningar er fjölbreytt. Hægt er að velja sýni og stilla færibreytur á sveigjanlegan hátt í samræmi við grunngreiningarskýrsluna og rannsóknartilganginn, til að gera sérsniðnar kröfur. Windows stýrikerfi, einfalt og hratt.
-
PacBio-Full-length Transcriptome (Non-Reference)
Með því að taka Pacific Biosciences (PacBio) Isoform raðgreiningargögn sem inntak, er þetta forrit fær um að bera kennsl á afritsraðir í fullri lengd (án samsetningar). Með því að kortleggja raðir í fullri lengd á móti viðmiðunarerfðamengi er hægt að fínstilla umrit með þekktum genum, umritum, kóðunarsvæðum o.s.frv. Í þessu tilviki er hægt að ná nákvæmari auðkenningu á mRNA-byggingum, svo sem annarri splicing, osfrv. Sameiginleg greining með NGS transcriptome raðgreiningargögnum gerir ítarlegri skýringu og nákvæmari magngreiningu í tjáningu á umritsstigi, sem gagnast að miklu leyti niðurstreymis mismunatjáningu og virknigreiningu.
-
Minni birgða bísúlfít raðgreining (RRBS)
Minni birgða bisúlfít raðgreining (RRBS) hefur komið fram sem hagkvæmur og skilvirkur valkostur við Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) í DNA metýlerunarrannsóknum. Þó að WGBS veiti alhliða innsýn með því að skoða allt erfðamengið í upplausn á einum basa, getur hár kostnaður þess verið takmarkandi þáttur. RRBS dregur markvisst úr þessari áskorun með því að sértækt greina dæmigerðan hluta erfðamengisins. Þessi aðferðafræði byggir á auðgun CpG eyjaríkra svæða með MspI klofnun fylgt eftir með stærðarvali á 200-500/600 bps brotum. Þar af leiðandi eru aðeins svæði sem eru nálægt CpG eyjum raðgreind, en þau sem eru með fjarlægar CpG eyjar eru útilokuð frá greiningunni. Þetta ferli, ásamt bísúlfít raðgreiningu, gerir kleift að greina DNA metýleringu í mikilli upplausn og raðgreiningaraðferðin, PE150, einbeitir sér sérstaklega að endum innskotanna frekar en miðjuna og eykur skilvirkni metýlunarsniðs. RRBS er ómetanlegt tæki sem gerir hagkvæmar DNA-metýleringarrannsóknir kleift og efla þekkingu á erfðafræðilegum aðferðum.
-
Dreifkjörnunga RNA raðgreining
RNA raðgreining styrkir alhliða sniðgreiningu allra RNA umrita innan frumna við sérstakar aðstæður. Þessi háþróaða tækni þjónar sem öflugt tæki, afhjúpar flókna tjáningarsnið gena, genabyggingar og sameindakerfi sem tengjast fjölbreyttum líffræðilegum ferlum. RNA raðgreining, sem hefur verið notuð víða í grundvallarrannsóknum, klínískri greiningu og lyfjaþróun, býður upp á innsýn í ranghala frumuvirkni og erfðastjórnun. Dreifkjörnunga RNA sýnisúrvinnsla okkar er sniðin fyrir dreifkjörnunga umrit, sem felur í sér rRNA eyðingu og stefnumótandi bókasafnsgerð.
Pallur: Illumina NovaSeq
-
Metatranscriptome raðgreining
Með því að nýta Illumina raðgreiningartækni, afhjúpar metatranscriptome raðgreiningarþjónustan frá BMKGENE kraftmikla genatjáningu fjölbreyttrar örvera, sem spannar heilkjörnunga til dreifkjörnunga og veira, innan náttúrulegs umhverfis eins og jarðvegs, vatns, sjós, hægða og þörmanna. Alhliða þjónusta okkar gerir rannsakendum kleift að kafa ofan í fullkomna genatjáningarsnið flókinna örverusamfélaga. Fyrir utan flokkunarfræðilega greiningu, auðveldar metatranscriptome raðgreiningarþjónustan könnun á hagnýtri auðgun, varpar ljósi á mismunandi gena og hlutverk þeirra. Afhjúpaðu mikið af líffræðilegri innsýn þegar þú vafrar um flókið landslag genatjáningar, flokkunarfræðilegrar fjölbreytni og hagnýtrar gangverki innan þessara fjölbreyttu umhverfissviða.
-
Ný sveppaerfðasamkoma
BMKGENE býður upp á fjölhæfar lausnir fyrir erfðamengi sveppa, koma til móts við fjölbreyttar rannsóknarþarfir og æskilegt erfðamengi. Með því að nota skammlestra Illumina raðgreiningu ein og sér gerir það kleift að mynda drög að erfðamengi. Stutt lestur og langlestur raðgreining með Nanopore eða Pacbio eru sameinuð fyrir fágaðri sveppaerfðamengi með lengri samfellum. Þar að auki, samþætting Hi-C raðgreiningar eykur enn frekar getu, sem gerir kleift að ná fullkomnu erfðamengi á litningastigi.
