-
Hi-C byggt Chromatin Interaction
Hi-C er aðferð sem er hönnuð til að fanga erfðafræðilega uppsetningu með því að sameina rannsakandi nálægðarsamskipti og raðgreiningu með mikilli afköstum. Aðferðin byggir á krómatín-krosstengingu við formaldehýð, síðan er melting og endurbinding á þann hátt að einungis brot sem eru samgild tengd mynda bindingarafurðir. Með því að raða þessum bindingarafurðum er hægt að rannsaka þrívíddarskipulag erfðamengisins. Hi-C gerir kleift að rannsaka dreifingu þeirra hluta erfðamengisins sem eru léttpakkaðir (A hólf, euchromatin) og líklegri til að vera umritunarvirkt, og svæða sem eru þéttari (B hólf, Heterochromatin). Hi-C er einnig hægt að nota til að ákvarða Topologically Associated Domains (TADs), svæði í erfðamenginu sem hafa brotna uppbyggingu og eru líkleg til að hafa svipað tjáningarmynstur, og til að bera kennsl á litningalykkjur, DNA svæði sem eru fest saman af próteinum og sem eru oft auðgað í reglugerðarþáttum. Hi-C raðgreiningarþjónusta BMKGene gerir vísindamönnum kleift að kanna staðbundnar víddir erfðafræðinnar, opna nýjar leiðir til að skilja erfðamengisstjórnun og áhrif þess á heilsu og sjúkdóma.
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) er tækni sem nýtir mótefni til að auðga DNA-bindandi prótein og samsvarandi erfðafræðimarkmið þeirra. Samþætting þess við NGS gerir erfðamengi-breitt snið á DNA markmiðum sem tengjast histónbreytingum, umritunarþáttum og öðrum DNA-bindandi próteinum. Þessi kraftmikla nálgun gerir kleift að bera saman bindistaði á mismunandi frumugerðir, vefi eða aðstæður. Umsóknir ChIP-Seq spanna allt frá því að rannsaka umritunarstjórnun og þróunarleiðir til að skýra sjúkdómsferli, sem gerir það að ómissandi tæki til að skilja landslag erfðafræðilegrar reglugerðar og efla lækningalega innsýn.
Pallur: Illumina NovaSeq
-
Bísulfít raðgreining í heilu erfðamengi (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) stendur sem gullstöðluð aðferðafræði til ítarlegrar könnunar á DNA metýleringu, nánar tiltekið fimmta stöðu í cýtósíni (5-mC), lykilstjórnandi á tjáningu gena og frumuvirkni. Meginreglan sem liggur að baki WGBS felur í sér bísúlfítmeðferð, sem veldur umbreytingu ómetýleraðra cýtósína í úrasíl (C í U), en skilur metýleruð cýtósín eftir óbreytt. Þessi tækni býður upp á upplausn á einum grunni, sem gerir vísindamönnum kleift að rannsaka metýlómið ítarlega og afhjúpa óeðlilegt metýlunarmynstur sem tengist ýmsum sjúkdómum, einkum krabbameini. Með því að nota WGBS geta vísindamenn öðlast óviðjafnanlega innsýn í metýleringarlandslag um allt erfðamengi, sem gefur blæbrigðaríkan skilning á eðlisfræðilegum aðferðum sem liggja til grundvallar fjölbreyttum líffræðilegum ferlum og sjúkdómum.
-
Greining fyrir transposasa-aðgengilegu krómatíni með raðgreiningu með mikilli afköst (ATAC-seq)
ATAC-seq er raðgreiningartækni með mikilli afköstum sem notuð er við greiningu á aðgengisgreiningu á litningi um allt erfðamengi. Notkun þess veitir dýpri skilning á flóknum aðferðum alþjóðlegrar erfðafræðilegrar stjórnunar á genatjáningu. Aðferðin notar ofvirkan Tn5 transposasa til að sundra og merkja opin litningasvæði samtímis með því að setja inn raðgreiningaraðlögun. Síðari PCR mögnun leiðir til stofnunar raðgreiningarsafns, sem gerir kleift að bera kennsl á opin litningasvæði við sérstakar rúm-tíma aðstæður. ATAC-seq veitir heildræna sýn á aðgengilegt litningalandslag, ólíkt aðferðum sem einbeita sér eingöngu að umritunarþáttum bindistöðum eða sérstökum histón-breyttum svæðum. Með því að raða þessum opnu litningasvæðum, sýnir ATAC-seq svæði sem eru líklegri til að virka stjórnunarraðir og hugsanlega umritunarþátta bindisæti, sem býður upp á dýrmæta innsýn í kraftmikla mótun á tjáningu gena yfir erfðamengið.
-
Minni birgða bísúlfít raðgreining (RRBS)
Minni birgða bisúlfít raðgreining (RRBS) hefur komið fram sem hagkvæmur og skilvirkur valkostur við Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) í DNA metýlerunarrannsóknum. Þó að WGBS veiti alhliða innsýn með því að skoða allt erfðamengið í upplausn á einum basa, getur hár kostnaður þess verið takmarkandi þáttur. RRBS dregur markvisst úr þessari áskorun með því að sértækt greina dæmigerðan hluta erfðamengisins. Þessi aðferðafræði byggir á auðgun CpG eyjaríkra svæða með MspI klofnun fylgt eftir með stærðarvali á 200-500/600 bps brotum. Þar af leiðandi eru aðeins svæði sem eru nálægt CpG eyjum raðgreind, en þau sem eru með fjarlægar CpG eyjar eru útilokuð frá greiningunni. Þetta ferli, ásamt bísúlfít raðgreiningu, gerir kleift að greina DNA metýleringu í mikilli upplausn og raðgreiningaraðferðin, PE150, einbeitir sér sérstaklega að endum innskotanna frekar en miðjuna og eykur skilvirkni metýlunarsniðs. RRBS er ómetanlegt tæki sem gerir hagkvæmar DNA-metýleringarrannsóknir kleift og efla þekkingu á erfðafræðilegum aðferðum.
