Röðun heils genamengis plantna/dýra
Þjónustueiginleikar
● Undirbúningur bókasafns getur verið staðall eða PCR-laus
● Fáanlegt í 4 raðunarpöllum: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 eða PacBio Revio.
● Lífupplýsingagreining beinist að því að greina afbrigði: SNP, InDel, SV og CNV
Þjónustukostir
●Víðtæk sérfræðiþekking og útgáfuskrár: Uppsöfnuð reynsla af raðgreiningu erfðamengis fyrir yfir 1000 tegundir hefur leitt til yfir 1000 birtra tilfella með uppsafnaðan áhrifaþátt yfir 5000.
●Alhliða lífupplýsingagreining: Þar á meðal tilbrigðiskall og aðgerðaskýring.
● Stuðningur eftir sölu:Skuldbinding okkar nær út fyrir verklok með 3ja mánaða þjónustutíma eftir sölu. Á þessum tíma bjóðum við upp á verkefni eftirfylgni, aðstoð við bilanaleit og spurningar og svör til að svara öllum fyrirspurnum sem tengjast niðurstöðunum.
●Alhliða skýring: Við notum marga gagnagrunna til að skýra genin með skilgreindum afbrigðum og framkvæma samsvarandi auðgunargreiningu og veita innsýn í mörg rannsóknarverkefni.
Þjónustulýsingar
| Tilgreina skal afbrigði | Röðunarstefna | Mælt er með dýpt |
| SNP og InDel | Illumina NovaSeq PE150 eða MGI T7 | 10x |
| SV og CNV (minni nákvæmni) | 30x | |
| SV og CNV (nákvæmara) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV og CNV | PacBio Revio | 10x |
Dæmi um kröfur
| Vefur eða útdregnar kjarnsýrur | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Innyfli dýra | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Dýravöðvi | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Spendýrablóð | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Alifugla/fiskablóð | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Plant- Ferskt lauf | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Ræktaðar frumur |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Mjúkvefur skordýra/Einstaklingur | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Útdregin DNA
| Styrkur: ≥ 1 ng/ µL Magn: ≥ 30 ng Takmarkað eða engin niðurbrot eða mengun
| Einbeiting Upphæð
OD260/280
OD260/230
Takmarkað eða engin niðurbrot eða mengun
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/flæðisfruma/sýni
1,7-2,2
≥1,5 | Einbeiting Upphæð
OD260/280
OD260/230
Takmarkað eða engin niðurbrot eða mengun | ≥ 50 ng/µL 10 µg/flæðifruma/sýni
1,7-2,2
1,8-2,5 |
| PCR-laus bókasafnsundirbúningur: Styrkur ≥ 40 ng/ µL Magn ≥ 500 ng | |||||
Þjónustuverkflæði
Sýnishorn afhending
DNA útdráttur
Bókasafnsbygging
Röðun
Gagnagreining
Gagnaafhending
Inniheldur eftirfarandi greiningu:
- Gæðaeftirlit með hráum gögnum
- Tölfræði um aðlögun að viðmiðunarerfðamengi
- Auðkenni afbrigði: SNP, InDel, SV og CNV
- Hagnýtur skýring á afbrigðum
Tölfræði um aðlögun að viðmiðunarerfðamengi – raðgreining dýptardreifingar
SNP kallar meðal margra sýna
InDel auðkenning – tölfræði um InDel lengd á CDS svæðinu og erfðamenginu breiðu svæðinu
Afbrigðidreifing um erfðamengið – Circos plot
Virk skýring á genum með auðkenndum afbrigðum - Gene Ontology
Chai, Q. o.fl. (2023) „Glutaþíon S-transferasa GhTT19 ákvarðar litarefni blómblaða með því að stjórna anthocyanin uppsöfnun í bómull“, Plant Biotechnology Journal, 21(2), bls. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. o.fl. (2023) „Litningastig villt Hevea brasiliensis erfðamengi veitir ný verkfæri fyrir erfðafræðilega aðstoðaða ræktun og verðmæta staði til að hækka gúmmíuppskeru“, Plant Biotechnology Journal, 21(5), bls. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. o.fl. (2021) „Erfðavísir óstrunnar veitir innsýn í loftslagsáhrif og aðlögunarhæfni“, Communications Biology 2021 4:1, 4(1), bls. 1–12. Doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. o.fl. (2022) „Greining á erfðamengi og metýleringarbreytingum í kínverskum frumbyggjahænum með tímanum veitir innsýn í verndun tegunda“, Communications Biology, 5(1), bls. 1–12. Doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
