Plant/Animal de Novo erfðamengi
De novoRöðun vísar til smíði á öllu erfðamengi tegundar með því að nota raðgreiningartækni í fjarveru viðmiðunargenamengis. Inngangur og útbreidd samþykkt þriðju kynslóðar raðgreiningar, með lengri lestri, hefur aukið verulega erfðamengi með því að auka skörun milli lesna. Þessi aukning er sérstaklega viðeigandi þegar fjallað er um ögrandi genamengi, svo sem þau sem sýna mikla arfblendni, hátt hlutfall endurtekinna svæða, fjölplóa og svæði með endurteknar þætti, óeðlilegt GC innihald eða mikil flækjustig sem venjulega er illa sett saman með því einn.
Ein-stöðvunarlausn okkar veitir samþætta raðþjónustu og lífupplýsingagreiningu sem skila hágæða de novo samsettu erfðamengi. Upphafleg erfðamengi með Illumina veitir mat á stærð og flækjustig erfðamengis og þessar upplýsingar eru notaðar til að leiðbeina næsta skrefi í langlestri raðgreiningu með Pacbio HiFi, fylgt eftir meðde novosamsetning contigs. Síðari notkun HIC samsetningar gerir kleift að festa contigs við erfðamengið og fá litningasamstæðu. Að lokum er erfðamengið merkt með genaspá og með raðgreindum genum, sem grípur til umritunar með stuttum og löngum lestri.
Þjónustuaðgerðir
● Sameining margra raðgreiningar og lífupplýsingatækni í einni stöðvunarlausn:
Erfðakönnun með Illumina til að meta stærð erfðamengis og leiðbeina síðari skrefum;
Löng lesning raðgreiningar fyrirde novosamsetning contigs;
HI-C raðgreining fyrir litninga festingu;
mRNA raðgreining fyrir athugasemd gena;
Staðfesting þingsins.
● Þjónusta sem hentar til að smíða ný genamengi eða endurbætur á núverandi viðmiðunargenum fyrir tegundir sem vekja áhuga.
Þjónustu kostir
Þróun raðgreiningarpalla og lífupplýsingafræði íde novoErfðamengi
(Amarasinghe Sl o.fl.Erfðamengi líffræði, 2020)
●Umfangsmikil sérfræðiþekking og birtingarskrá: BMKGENE hefur safnað gríðarlegri reynslu af hágæða erfðamengi samsetningar fjölbreyttra tegunda, þar með talið tvíflóða genamengi og mjög flókin erfðamengi fjölplóíðs og allopolyploid tegunda. Síðan 2018 höfum við lagt af mörkum til yfir300 útgáfur með mikilli áhrifum og 20+ þeirra eru gefnar út í Nature Genetics.
● Einhliða lausn: Samþætt nálgun okkar sameinar margar raðtækni og lífupplýsingagreiningar í samheldið verkflæði og skilar hágæða samsettu erfðamengi.
●Sérsniðin að þínum þörfum: Þjónustuferli okkar er sérhannað, sem gerir kleift aðlögun að genum með fjölbreyttum eiginleikum og sértækum rannsóknarþörfum. Þetta felur í sér að koma til móts við risa genamengi, fjölplóíð genamengi, mjög arfblendin genamengi og fleira.
●Mjög hæfir lífupplýsingar og rannsóknarstofuhópur: Með mikilli reynslu bæði í tilrauna- og lífupplýsingunum framan af flóknum erfðasamstæðum og röð einkaleyfa og höfundarrétti hugbúnaðar.
●Stuðningur eftir sölu:Skuldbinding okkar nær út fyrir lokun verkefnisins með þriggja mánaða þjónustutímabili eftir sölu. Á þessum tíma bjóðum við upp á eftirfylgni verkefnis, vandræðaleit og spurningar og spurningar til að takast á við allar fyrirspurnir sem tengjast niðurstöðunum.
Þjónustusneiðbeiningar
| Erfðakönnun | Erfðamengi | Litningastig | Erfðamengi |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS HiFi les | 100X HI-C | RNA-seq Illumina PE150 10 GB + (valfrjálst) RNA-seq pacbio í fullri lengd Nanopore 12 GB |
Þjónustukröfur
Fyrir erfðamengjakönnun, erfðamengi og HI-C samsetningu:
| Vefja eða útdregnar kjarnsýrur | Erfðakönnun | Erfðamengi með Pacbio | Hi-C þing |
| Viscera dýra | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Dýravöðvi | ≥ 5 g | ||
| Blóð spendýra | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Alifugla/fiskblóð | ≥ 0,5 ml | ||
| Plant- ferskt lauf | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Ræktaðar frumur |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Skordýr | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Dregið út DNA | Styrkur: ≥1 ng/ µL Magn ≥ 30 ng Takmarkað eða ekkert niðurbrot eða mengun | Styrkur: ≥ 50 ng/ µL Magn: 10 µg/flæðisfrumur/sýnishorn OD260/280 = 1,7-2.2 OD260/230 = 1,8-2,5 Takmarkað eða ekkert niðurbrot eða mengun |
-
|
Fyrir erfðamengi með transkriptomics:
| Vefja eða útdregnar kjarnsýrur | Illumina Transcriptome | Pacbio Transcriptome | Nanopore transcriptome |
| Plöntu- Root/Stem/Petal | 450 mg | 600 mg | |
| Planta - lauf/fræ | 300 mg | 300 mg | |
| Planta - ávöxtur | 1,2 g | 1,2 g | |
| Dýrahjarta/þörmum | 300 mg | 300 mg | |
| Viscera/heila dýra | 240 mg | 240 mg | |
| Dýravöðvi | 450 mg | 450 mg | |
| Dýrabein/hár/húð | 1 g | 1 g | |
| Liðdýr - skordýr | 6 | 6 | |
| Liðdýra -crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Heilt blóð | 1 rör | 1 rör | |
| Dregið út RNA | Styrkur: ≥ 20 ng/ µL Magn ≥ 0,3 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rin≥ 6 5≥28s/18s≥1 | Styrkur: ≥ 100 ng/ µL Magn ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rin≥ 8 5≥28s/18s≥1 | Styrkur: ≥ 100 ng/ µL Magn ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Rin≥ 7,5 5≥28s/18s≥1 |
Mælt með afhendingu sýnisins
Gámur: 2 ml skilvindu rör (ekki er mælt með tini filmu)
(Fyrir flest sýnin mælum við með að varðveita ekki í etanóli.)
Sýnishornamerking: Sýnishorn verður að vera skýrt merkt og eins og framlagið sýnishorn upplýsingaforms.
Sending: Dry-Iice: Sýnishorn þarf að pakka í töskur fyrst og grafin í þurrum ís.
Verkflæði
Þjónustuvinnuflæði
Tilraunahönnun
Sýnishorn
DNA útdráttur
Bókasafnsbygging
Raðgreining
Gagnagreining
Eftir sölu þjónustu
Heill lífupplýsingagreining, aðskilin í 4 skrefum:
1) Erfðakönnun, byggð á K-Mer greiningu með NGS Reads:
Mat á stærð erfðamengis
Mat á arfblendni
Mat á endurteknum svæðum
2) Erfðamengi með pacbio hifi:
De novosamsetning
Mat á samsetningar: þar með
3) Hi-C þing:
HI-C Library QC: Mat á gildum HI-C samskiptum
HI-C samsetning: þyrping á contigs í hópum, fylgt eftir með röðun í hverjum hópi og úthlutað stefnumörkun
Hi-C mat
4) Genamenging:
RNA-spá sem ekki er kóðað
Endurteknar röð auðkenningar (transposons og tandem endurtekningar)
Gen spá
§De novo: AB initio reiknirit
§ Byggt á samheiti
§ Byggt á afriti, með löngum og stuttum lesturum: Lestrar erude novosamsett eða kortlagt við drög að erfðamengi
§ Skýring spáðra gena með mörgum gagnagrunnum
1) Erfðakönnun- K-Mer greining
2) Erfðamengi
2) Erfðasamsetning - Pacbio HiFi les kortlagningu til að drög að samsetningu
2) HI-C samsetning-Mat á HI-C gildum samskiptapörum
3) Hi-C eftir samsetning mat
4) Genamenging - samþætting spáðra gena
4) Genamenging - Spáð genaskýring
Kannaðu framfarir sem auðveldar af BMKGENE's de Novo erfðasamstæðuþjónustunni með sýningarstýrðu safni rit:
Li, C. o.fl. (2021) „Erfðamengisraðir sýna alþjóðlegar dreifingarleiðir og benda til samleitinna erfðaaðlögunar í þróun sjóhests“, Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. o.fl. (2023) 'Stórfelldar litningabreytingar leiða til breytinga á tjáningu á erfðamengi, aðlögun umhverfisins og sértæk í samkynhneigðinni (Bos framan)', sameindalíffræði og þróun, 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian, T. o.fl. (2023) 'Erfðamengi og erfðafræðileg krufning á áberandi þurrkþolnum maísspípum', Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), bls. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. o.fl. (2023) 'Sýnir þróun tropan alkalóíðs lífmyndunar með því að greina tvö genamengi í Solanaceae fjölskyldunni', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), bls. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Krefjandi málefni:
Telomere-to-telomere samsetning:Fu, A. o.fl. (2023) 'Telomere-to-telomere erfðamengi samsetningar Bitter Melon (Momordica Charantia L. var. Abbreviata Ser.) Sýnir þróun ávaxta, samsetningar og þroska erfðafræðilegra einkenna', Garðyrkjurannsóknir, 10 (1). doi: 10.1093/klst./UHAC228.
Haplotype samsetning:Hu, W. o.fl. (2021) 'Samsætuskilgreint erfðamengi leiðir í ljós að aðgreining á biallelic við þróun kassava', sameindaverksmiðju, 14 (6), bls. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Risastór erfðamengi:Yuan, J. o.fl. (2022) 'Erfðafræðilegur grundvöllur giga-litninga og giga-erfðamengis trjáa paeonia ostii', Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), bls. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Polyploid erfðamengi:Zhang, Q. o.fl. (2022) 'Erfðafræðileg innsýn í nýlega minnkun litninga á sjálfstýringu á sjálfvirkri sykurreyrum saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), bls. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
