PacBio 2+3 mRNA lausn í fullri lengd
Eiginleikar
● Hönnun náms:
Samanlagt sýni raðað með PacBio til að bera kennsl á samsöfnunarmyndir
Aðskilin sýni (endurtekningar og aðstæður sem á að prófa) raðgreind meðNGS til að mæla tjáningu afrits
● PacBio raðgreining í CCS ham, býr til HiFi lestur
● Röð afrita í fullri lengd
● Greining krefst ekki viðmiðunarerfðamengis; þó má nota það
● Lífupplýsingagreining felur ekki aðeins í sér tjáningu á gena- og ísóformastigi heldur einnig greiningu á lncRNA, genasamruna, fjöl-adenýleringu og genabyggingu.
Kostir
● Mikil nákvæmni: HiFi les með nákvæmni >99,9% (Q30), sambærilegt við NGS
● Önnur splicing greining: raðgreining allra afrita gerir kleift að bera kennsl á ísóform og persónugerð.
● Samsetning PacBio og NGS styrkleika: Gerir kleift að mæla tjáningu á ísóformi, afhjúpa breytingu sem gæti verið dulbúin þegar öll genatjáningin er greind
● Mikil sérfræðiþekking: Með afrekaskrá með að klára yfir 1100 PacBio transcriptome verkefni í fullri lengd og vinna yfir 2300 sýni, færir teymið okkar mikla reynslu í hvert verkefni.
● Stuðningur eftir sölu: Skuldbinding okkar nær út fyrir verklok með 3ja mánaða þjónustutíma eftir sölu. Á þessum tíma bjóðum við upp á verkefni eftirfylgni, aðstoð við bilanaleit og spurningar og svör til að svara öllum fyrirspurnum sem tengjast niðurstöðunum.
Dæmi um kröfur og afhending
| Bókasafn | Röðunarstefna | Mælt er með gögnum | Gæðaeftirlit |
| PolyA auðgað mRNA CCS safn | PacBio framhald II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A auðgað | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Núkleótíð
|
| Styrkur (ng/μl) | Magn (μg) | Hreinleiki | Heiðarleiki |
| Illumina bókasafnið | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Takmörkuð eða engin prótein- eða DNA mengun sýnd á hlaupi. | Fyrir plöntur: RIN≥4.0; Fyrir dýr: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; takmörkuð eða engin grunnhækkun |
| PacBio bókasafn | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Takmörkuð eða engin prótein- eða DNA mengun sýnd á hlaupi. | Plöntur: RIN≥7,5 Dýr: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; takmörkuð eða engin grunnhækkun |
Mælt er með sýnishornafhendingu
Ílát: 2 ml miðflóttahólkur (tini er ekki mælt með)
Merking sýnis: Hópur+afrit td A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sending:
1. Þurrís:Sýnum þarf að pakka í poka og grafa í þurrís.
2. RNA-stöðug rör: Hægt er að þurrka RNA-sýni í RNA-stöðugleikaglasi (td RNAstable®) og senda við stofuhita.
Inniheldur eftirfarandi greiningu:
Gæðaeftirlit með hráum gögnum
Önnur pólýadenýlerunargreining (APA)
Samruna afritsgreining
Önnur splicing greining
Viðmiðun Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) greining
Ný afritsgreining: spá um kóðaraðir (CDS) og hagnýtur athugasemd
lncRNA greining: spá um lncRNA og markmið
MicroSatelite Identification (SSR)
Differentially Expressed Transcripts (DETs) greining
Differentially Expressed Gen (DEG) greining
Virk skýring á DEG og DET
BUSCO greining
Önnur splicing greining
Önnur pólýadenýlerunargreining (APA)
Mismunandi tjáð gen (DEGs) og afrit (DETs9 greining
Prótein-prótein samskiptanet DET og DEG
Kannaðu framfarirnar sem auðveldað er með PacBio 2+3 mRNA raðgreiningu BMKGene í fullri lengd í gegnum safn rita.
Chao, Q. o.fl. (2019) „Þróunarvirkni Populus stem transcriptome“, Plant Biotechnology Journal, 17(1), bls. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. o.fl. (2022) „Dynamískar breytingar á askorbínsýruinnihaldi á meðan ávaxtaþroska og þroska á Actinidia latifolia (an askorbatrík ávaxtaræktun) og tilheyrandi sameindakerfi“, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), bls. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. o.fl. (2022) „Árangursrík spá um gena sem taka þátt í lífvirkum polyphyllins í Paris polyphylla“, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), bls. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. o.fl. (2023) 'Samanlögð PacBio Iso-Seq og Illumina RNA-Seq greining á Tuta absoluta (Meyrick) umritinu og Cytochrome P450 genum', Skordýr, 14(4), bls. 363. doi: 10.3390/SKORÐGERÐIR14040363/S1.
Wang, Lijun o.fl. (2019) „Könnun á margbreytileika umrita með því að nota PacBio einnar sameindar rauntímagreiningu ásamt Illumina RNA raðgreiningu til að fá betri skilning á nýmyndun rísínólsýru í Ricinus communis“, BMC Genomics, 20(1), bls. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/Myndir/7.
