Nanopore Transcriptome í fullri lengd

Nanopore transcriptome raðgreining er öflug aðferð til að raða cDNA í fullri lengd, greina nákvæmlega og magngreina samskeyti umrita. BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline er hönnuð til að greina RNA-Seq gögn sem myndast á Nanopore vettvangnum á móti hágæða vel skýrðu viðmiðunarerfðamengi, sem veitir eigindlega og megindlega greiningu bæði á gena- og umritsstigi. Eftir gæðaeftirlit eru raðir í fullri lengd sem ekki eru kímerar (FLNC) fengnar og samstöðuraðir kortlagðar á viðmiðunarerfðamengi til að fjarlægja óþarfa umrit. Frá þessu umritasetti er tjáning magngreind og gena sem tjáð eru á mismunandi hátt og afrit eru auðkennd og virkniskýrð. Leiðslan felur einnig í sér aðra pólýadenýleringu (APA) greiningu, aðra skeytingagreiningu, einfaldri endurtekningu (SSR) greiningu, spá fyrir lncRNA og samsvarandi markmiðum, spá um kóðaraðir (CDS), genafjölskyldugreining, umritunarþáttagreiningu, spá um ný gena. og hagnýtur skýring á afritum.