● Tvö exome spjald í boði byggt á markauðgun með rannsaka: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) og xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Röðun á Illumina NovaSeq.
● Lífupplýsingaleiðsla sem beinist að sjúkdómsgreiningu eða æxlisgreiningu.
●Miðar á próteinkóðun svæði: Með því að fanga og raða próteinkóðun svæðum er hWES notað til að sýna afbrigði sem tengjast uppbyggingu próteina.
●Kostnaðarhagkvæm:hWES gefur um það bil 85% af stökkbreytingum sem tengjast sjúkdómum manna úr 1% af erfðamengi mannsins.
●Mikil nákvæmni: Með mikilli raðunardýpt auðveldar hWES greiningu á bæði algengum afbrigðum og sjaldgæfum afbrigðum með lægri tíðni en 1%.
●Strangt gæðaeftirlit: Við innleiðum fimm kjarnastýringarpunkta á öllum stigum, frá undirbúningi sýna og bókasafns til raðgreiningar og lífupplýsingafræði. Þetta nákvæma eftirlit tryggir afhendingu stöðugt hágæða niðurstöður.
●Alhliða lífupplýsingagreining: Leiðsla okkar gengur lengra en að greina afbrigði við viðmiðunarerfðamengi, þar sem hún felur í sér háþróaða greiningu sem er hönnuð til að taka sérstaklega á rannsóknarspurningum sem tengjast erfðafræðilegum þáttum sjúkdóma eða æxlisgreiningu.
●Stuðningur eftir sölu:Skuldbinding okkar nær út fyrir verklok með 3ja mánaða þjónustutíma eftir sölu. Á þessum tíma bjóðum við upp á verkefni eftirfylgni, aðstoð við bilanaleit og spurningar og svör til að svara öllum fyrirspurnum sem tengjast niðurstöðunum.
Exon Capture Strategy | Röðunaráætlun | Mælt er með gagnaúttak |
Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) eða xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5 -10 Gb Fyrir mendelian sjúkdóma/sjaldgæfa sjúkdóma: > 50x Fyrir æxlissýni: ≥ 100x |
Tegund sýnis
| Upphæð(Qubit®)
| Einbeiting | Bindi
| Hreinleiki (NanoDrop™) |
Erfðafræðilegt DNA
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1,8-2,0 engin niðurbrot, engin mengun
|
Lífupplýsingagreining á hWES-sjúkdómssýnum felur í sér:
● Röð gagna QC
● Tilvísun erfðamengi röðun
● Auðkenning SNPs og InDels
● Hagnýtur skýring á SNP og InDels
Lífupplýsingagreining á æxlissýnum felur í sér:
● Röð gagna QC
● Tilvísun erfðamengi röðun
● Greining á SNP, InDels og líkamsafbrigðum
● Auðkenning kímlínuafbrigða
● Stökkbreytingar undirskriftargreiningar
● Auðkenning á drifgenum sem byggjast á stökkbreytingum á aukningu á virkni
● Stökkbreytingarskýring á stigi lyfjanæmni
● Misleitnigreining – útreikningur á hreinleika og mold
Gagna QC - Tölfræði um Exome handtöku
Auðkenning afbrigða – InDels
Ítarleg greining: auðkenning og dreifing skaðlegra SNP/InDels – Circos plot
Æxlisgreining: auðkenning og dreifing líkamsstökkbreytinga – Circos plot
Æxlisgreining: klónal ætterni