HI-C byggð erfðasamsetning
HI-C er aðferð sem er hönnuð til að fanga litninga stillingu með því að sameina prófun sem byggir á nálægð og raðgreining með mikilli afköstum. Talið er að styrkleiki þessara milliverkana sé neikvætt í tengslum við líkamlega fjarlægð á litningum. Þess vegna eru HI-C gögn notuð til að leiðbeina þyrpingunni, röðuninni og stilla samsettar raðir í drög að erfðamengi og festa þau á ákveðinn fjölda litninga. Þessi tækni gerir kleift að gera litninga á erfðamengi í fjarveru erfðakorts sem byggir á íbúum. Hvert einasta erfðamengi þarf Hi-C.
Þjónustuaðgerðir
● Röðun á Illumina Novaseq með PE150.
● Þjónusta þarf vefjasýni, í stað þess að draga út kjarnsýrur, til að krosstengd við formaldehýð og varðveita DNA-prótein milliverkanirnar.
● Hi-C tilraunin felur í sér takmörkun og lokagrein á klístraða endum með biotin, fylgt eftir með hringrás á barefli sem myndast en varðveita samspilið. DNA er síðan dregið niður með streptavidin perlum og hreinsað til síðari undirbúnings bókasafns.
Þjónustu kostir
Yfirlit yfir Hi-C
(Lieberman-Aiden E o.fl.Vísindi, 2009)
●Útrýma þörfinni fyrir erfðafræðilega íbúagögn:HI-C kemur í stað nauðsynlegra upplýsinga sem krafist er til að festa saman.
●Háþéttleiki:sem leiðir til mikils festingarhlutfalls yfir 90%.
●Umfangsmikil sérþekking og birtingargögn:BMKGENE hefur mikla reynslu af meira en 2000 tilfelli af HI-C erfðasamstæðu frá 1000 mismunandi tegundum og ýmsum einkaleyfum. Yfir 200 útgefin tilvik hafa uppsöfnunarþátt yfir 2000.
●Mjög hæft lífupplýsingateymi:Með einkaleyfum og hugbúnaði höfundarrétti fyrir HI-C tilraunir og gagnagreiningu, gerir sjálf-þróaður sjóngagnagagn hugbúnaðurinn kleift að hreyfast, snúa, afturkalla, afturkalla og endurtaka.
●Stuðningur eftir sölu:Skuldbinding okkar nær út fyrir lokun verkefnisins með þriggja mánaða þjónustutímabili eftir sölu. Á þessum tíma bjóðum við upp á eftirfylgni verkefnis, vandræðaleit og spurningar og spurningar til að takast á við allar fyrirspurnir sem tengjast niðurstöðunum.
●Alhliða umsögn: Við notum marga gagnagrunna til að gera grein fyrir genunum með greindum afbrigðum og framkvæma samsvarandi auðgunargreiningu og veita innsýn í mörg rannsóknarverkefni.
Þjónustusneiðbeiningar
| Undirbúningur bókasafns | Röðunarstefna | Mælt með gagnaafköst | Gæðaeftirlit |
| Hi-C bókasafn | Illumina Novaseq PE150 | 100X | Q30 ≥ 85% |
Dæmi um kröfur
| Vefjum | Nauðsynleg upphæð |
| Viscera dýra | ≥ 2 g |
| Dýravöðvi | |
| Blóð spendýra | ≥ 2 ml |
| Alifugla/fiskblóð | |
| Plant- ferskt lauf | ≥ 3 g |
| Ræktaðar frumur | ≥ 1x107 |
| Skordýr | ≥ 2 g |
Þjónustuvinnuflæði
Tilraunahönnun
Sýnishorn
Bókasafnsbygging
Raðgreining
Gagnagreining
Eftir sölu þjónustu
1) Hrá gögn QC
2) Hi-C Library QC: Mat á gildum HI-C samskiptum
3) Hi-C samsetning: þyrping contigs í hópum, fylgt eftir með röðun innan hvers hóps og úthlutar stefnumörkun
4) Hi-C Mat
HI-C Library QC-Mat á HI-C gildum samskiptapörum
HI-C þing-tölfræði
Mat eftir samsetningu-Hitakort merkisstyrks milli ruslafata
Kannaðu framfarir sem auðveldar Hi-C samsetningarþjónustu BMKGENE með sýningarstjórnunarsafni.
Tian, T. o.fl. (2023) 'Erfðamengi og erfðafræðileg krufning á áberandi þurrkþolnum maísspípum', Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), bls. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl o.fl. (2020) 'A litningamælikvarði samsetningar asískra hunangsbítar Apis Cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, bls. 524140. DOI: 10.3389/fgene.2020.00279/Bibtex.
Zhang, F. o.fl. (2023) 'Sýnir þróun tropan alkalóíðs lífmyndunar með því að greina tvö genamengi í Solanaceae fjölskyldunni', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), bls. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. o.fl. (2020) „Erfðamengi banyan trésins og frævandi geitungsins veita innsýn í fíkju-wasp coevolution“, Cell, 183 (4), bls. 875-889.e17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
