De novo sveppalengjamengi
BMKGENE býður upp á fjölhæfar lausnir fyrir sveppamengi, veitingar fyrir fjölbreyttar rannsóknarþarfir og æskilegan erfðamengi. Með því að nota stuttlestur Illumina raðgreiningar ein og sér gerir það að verkum að myndun drög að erfðamengi. Stuttar lestir og langlestrar raðgreiningar með Nanopore eða PacBio eru sameinuð fyrir fágaðara sveppamengi með lengri contigs. Ennfremur, að samþætta HI-C raðgreining, eykur enn frekar getu, sem gerir kleift að ná fullkomnu litningi á erfðamengi.
Þjónustuaðgerðir
Með þremur mögulegum valkostum til að velja úr eftir því sem óskað er eftir heilleika erfðamengis:
● Drög að erfðamengi: Stutt-lesin raðgreining með Illumina Novaseq PE150.
● Fínn erfðamengi í sveppum:
Erfðakönnun: Illumina Novaseq PE150.
Erfðamengi: Pacbio Revio (HiFi Reads) eða Nanopore Promethion 48.
● Litningsstig sveppamengi:
Erfðakönnun: Illumina Novaseq PE150.
Erfðamengi: Pacbio Revio (HiFi Reads) eða Nanopore Promethion 48.
Contig fest með Hi-C samsetningu.
Þjónustu kostir
●Margfeldi raðgreiningaraðferðir í boði: Fyrir mismunandi rannsóknarmarkmið og kröfur um heilleika erfðamengis
●Heill verkflæði lífupplýsinga:Þetta felur í sér erfðamengissamsetningu og spá margra erfðafræðilegra þátta, virkni genamagns og festingar.
●Víðtæk sérfræðiþekking: Með yfir 12.000 örveru genamengi settum saman, komum við yfir áratug af reynslu, mjög hæfu greiningarteymi, yfirgripsmiklu efni og framúrskarandi stuðningi eftir sölu.
●Stuðningur eftir sölu:Skuldbinding okkar nær út fyrir lokun verkefnisins með þriggja mánaða þjónustutímabili eftir sölu. Á þessum tíma bjóðum við upp á eftirfylgni verkefnis, vandræðaleit og spurningar og spurningar til að takast á við allar fyrirspurnir sem tengjast niðurstöðunum.
Þjónustusneiðbeiningar
| Þjónusta | Röðunarstefna | Gæðaeftirlit |
| Drög að erfðamengi | Illumina PE150 100X | Q30 ≥85% |
| Fínt erfðamengi | Erfðakönnun: Illumina PE150 50 x Samsetning: Pacbio HiFi 30x eða Nanopore 100x | contig n50 ≥1mb （Pacbio unicellular） contig n50 ≥2mb （ont unicellular） contig n50 ≥500kb （aðrir） |
| Erfðamengi litninga | Erfðakönnun: Illumina PE150 50 x Samsetning: Pacbio HiFi 30x eða Nanopore 100x HI-C Assembly 100x | Contig festingarhlutfall> 90%
|
Þjónustuþörf
| Styrkur (ng/µL) | Heildarmagn (µg) | Rúmmál (µl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Unicellular sveppur: ≥3,5x1010 frumur
Macro sveppur: ≥10 g
Þjónustuvinnuflæði
Sýnishorn
Bókasafnsbygging
Raðgreining
Gagnagreining
Eftir sölu þjónustu
Inniheldur eftirfarandi greiningu:
Erfðakönnun:
- Röðun gæðaeftirlits gagna
- Genamat: Stærð, arfblendni, endurteknar þættir
Fínt erfðamengi:
- Röðun gæðaeftirlits gagna
- De novoSamsetning
- Erfðamengisgreining: Spá um geisladiska og marga erfðaefni
- Hagnýtur athugasemd með mörgum almennum gagnagrunnum (GO, KEGG osfrv.) Og háþróuðum gagnagrunnum (kort, VFDB osfrv.)
Hi-C þing:
- Hi-C bókasafnsmat.
- Contigs festingarþyrping, röðun og stefnumörkun
- Mat á HI-C samsetningu: Byggt á tilvísunargenamengi og hitakorti
Erfðakönnun: K-mer dreifing
Erfðamengissamsetning: Gen einsleitar athugasemdir (NR gagnagrunnur)
Erfðamengi: Virk genaskýring (GO)
Kannaðu framfarir sem auðveldar með sveppa erfðamengisþjónustu BMKGENE með safnaðri safni ritanna.
Hao, J. o.fl. (2023) 'Samþætt OMIC snið á lyfjasveppum inonotus obliquus við kafi aðstæður',BMC erfðafræði, 24 (1), bls. 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/tölur/3.
Lu, L. o.fl. (2023) 'Erfðamengun sýnir þróun og sjúkdómsvaldandi fyrirkomulag hveiti skarps augnpottasýkingar Rhizoctonia Cerealis',Uppskerublaðið, 11 (2), bls. 405–416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. o.fl. (2023) 'Erfðamengi fyrir fjórar clarireedia tegundir sem valda dollara blettinum á fjölbreyttum torfgrösum',Plöntusjúkdómur, 107 (3), bls. 929–934. doi: 10.1094/pdis-08-22-1921-a
Zhang, SS o.fl. (2023) 'Erfðafræðilegar og sameindar vísbendingar um tetrapolar pörunarkerfi í ætum sveppum Grifola Frondosa',Journal of Fungi, 9 (10), bls. 959. DOI: 10.3390/JOF9100959/S1.
