Exclusive Agency for Korea

Vörur

Þróun erfðafræði

Þróunar erfðafræði er yfirgripsmikil raðþjónusta sem er hönnuð til að bjóða upp á innsæi túlkun á þróuninni innan stórs hóps einstaklinga, byggð á erfðabreytileika, þar á meðal SNP, Indels, SVS og CNV. Þessi þjónusta nær yfir allar nauðsynlegar greiningar sem þarf til að skýra þróunarbreytingar og erfðaeinkenni íbúa, þar með talið mat á íbúafjölda, erfðafræðilegum fjölbreytileika og blöðrufræðilegum tengslum. Ennfremur kippir það í rannsóknir á genaflæði, sem gerir kleift að meta árangursríka íbúastærð og frávikstíma. Þróunarrannsóknir á erfðafræði skila dýrmætri innsýn í uppruna og aðlögun tegunda.

Við hjá BMKGENE bjóðum við upp á tvær leiðir til að framkvæma þróunar erfðafræði rannsóknir á stórum stofnum: að nota raðgreiningar á heilum erfðamengi (WGS) eða kjósa um minni framsetning erfðamengisaðferðar, innanhúss þróaða sértækra-magnaðan brot (SLAF). Þó að WGS hentar minni genum, kemur SLAF fram sem hagkvæmur valkostur til að rannsaka stærri íbúa með lengri genamengi og lágmarka raðgreiningarkostnað í raun.

Hafðu samband

Þjónustuupplýsingar

Bioinformatics

Niðurstöður kynningar

Lögun rit

Þjónustu kostir

Takagi o.fl.,Plöntubókin, 2013

●Alhliða lífupplýsingagreining:Að gera kleift að meta erfðafræðilegan fjölbreytileika, sem endurspeglar þróunarmöguleika tegunda, og afhjúpar áreiðanlegar blöðrufræðilegar tengsl milli tegunda með lágmarks áhrif á samleitni þróun og samsíða þróun

●Valfrjáls sérsniðin greining: svo sem mat á frávikstíma og hraða út frá breytileika á núkleótíð og amínósýrum.

●Umfangsmikil þekking og birtingarskrár: BMKGENE hefur safnað gríðarlegri reynslu af íbúafjölda og þróunar erfðafræðiverkefnum í yfir 15 ár og fjallað um þúsundir tegunda o.s.frv. Og stuðlað að yfir 1000 háu stigi verkefna sem birt voru í Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, ETC.

● Mjög hæft lífupplýsingateymi og stutt greiningarferill: Með frábærri reynslu í háþróaðri erfðagreiningu skilar teymi BMKGENE alhliða greiningar með skjótum afgreiðslutíma.

● Stuðningur eftir sölu:Skuldbinding okkar nær út fyrir lokun verkefnisins með þriggja mánaða þjónustutímabili eftir sölu. Á þessum tíma bjóðum við upp á eftirfylgni verkefnis, vandræðaleit og spurningar og spurningar til að takast á við allar fyrirspurnir sem tengjast niðurstöðunum.

Þjónustuspor og kröfur

Gerð raðgreiningar

Mælt er með íbúafjölda

Röðunarstefna

Kröfur um núkleótíð

Allt erfðamengi raðgreiningar

≥ 30 einstaklingar, með ≥ 10 einstaklinga úr hverjum undirhópi

10x

Styrkur: ≥ 1 ng/ µL

Heildarupphæð ≥ 30 ng

Takmarkað eða ekkert niðurbrot eða mengun

Sérstakur staðbundið brot (SLAF)

Merkisdýpt:

10x

Fjöldi merkja:

<400 MB: Mælt er með WGS

<1GB: 100K merki

1GB

> 2GB: 300K merki

Max 500K merki

Styrkur ≥ 5 ng/µL

Heildarfjárhæð ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280 = 1,6-2.5

Agarósagel: ekkert eða takmarkað niðurbrot eða mengun

Þjónustuvinnuflæði

Tilraunahönnun

Sýnishorn

Bókasafnsbygging

Raðgreining

Gagnagreining

Eftir sölu þjónustu

Fyrri: Magnað aðgreiningargreining

Næst: Umbrotsefni

Þjónustan felur í sér greiningu á íbúafjölda (blöðrufræðilegu tré, PCA, lagskiptingartöflu íbúa), fjölbreytni íbúa og val á íbúum (ójafnvægi tenginga, sértækt sópa á hagstæðum stöðum). Þjónustan getur einnig innihaldið sérsniðna greiningu (td frávikstími, genaflæði).

*Niðurstöður kynningar sem sýndar hér eru allar frá genum sem birt er með BMKGENE

1. Greining á þróun inniheldur smíði á blöðrufræðilegu tré, íbúafjölda og PCA byggð á erfðabreytileika.

Blóðgreiningartré táknar flokkunarfræðileg og þróunarsambönd meðal tegunda með sameiginlegan forföður.
PCA miðar að því að sjá nálægð á milli undirfjölda.
Mannfjöldi sýnir tilvist erfðafræðilega aðgreindrar undirfjölgun hvað varðar samsætutíðni.

3-1Phylogenetic-tré 3-2pca 3-3 íbúa-uppbygging

Chen, o.fl. al.,Pnas, 2020

2.SELECTICE STEP

Sértækt sópa vísar til ferlis þar sem hagstæður staður er valinn og tíðni tengdra hlutlausra staða er aukin og þau sem eru ótengd stöðum minnkuð, sem leiðir til minnkunar svæðisbundinna.

Erfðamengi uppgötvun á sértækum sópa svæðum er unnin með því að reikna út erfðafræðilega vísitölu íbúa （π ， FST, tajima d) allra SNP innan rennibrautar (100 kb) við ákveðið skref (10 kb).

Fjölbreytni núkleótíða (π）
4Nucleotide-fjölbreytileiki (π）

Tajima d
5tajima'S-d

Festingarvísitala (FST)

6Fixation-Indi (FST)

Wu, et. al.,Sameindaverksmiðja, 2018

3. Gene flæði

7gene-rennsli

Wu, et. al.,Sameindaverksmiðja, 2018

4. Læknarsaga

8Demographic-History

Zhang, o.fl. al.,Náttúru vistfræði og þróun, 2021

5. Divergence tími

9Divergence-Time

Zhang, o.fl. al.,Náttúru vistfræði og þróun, 2021

Kannaðu framfarir sem auðvelda þróunar erfðafræði BMKGENE með sýningarstýrðu safni ritefna:

Hassanyar, Ak o.fl. (2023) 'Uppgötvun SNP sameindamerkja og frambjóðenda gena í tengslum við ónæmi fyrir sacbrood veiru í Apis Cerana Cerana lirfum með því að endursenda heilamengið',International Journal of Molecular Sciences, 24 (7). doi: 10.3390/ijms24076238.

Chai, J. o.fl. (2022) „Uppgötvun villtra, erfðafræðilega hreinu kínverska risastórs salamandans skapar ný náttúruverndartækifæri“,Dýrafræðirannsóknir, 2022, bindi. 43, mál 3, bls.: 469-480, 43 (3), bls. 469–480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.

Han, M. o.fl. (2022) 'Phylogeographical mynstur og íbúafjöldi sögu frumbyggja Elymus Sibiricus L. Á Qinghai-Tibetan hásléttu',Landamæri í plöntuvísindum, 13, bls. 882601. DOI: 10.3389/fpls.2022.882601/bibtex.

Wang, J. o.fl. (2022) 'Erfðafræðileg innsýn í þróun Longan frá litningum á erfðamengi og erfðafræði íbúa Longan aðgengi',Rannsóknir á garðyrkju, 9. doi: 10.1093/klst./UHAC021.