MRNA raðgreining í fullri lengd.
Eiginleikar
● CDNA myndun frá fjöl-A mRNA og síðan undirbúningur bókasafns
● Röðun í CCS ham, búa til HiFi Reads
● Röðun afritanna í fullri lengd
● Greiningin þarf ekki tilvísunargenamengi; þó getur það verið starfandi
Sett
Þjónustu kostir
●Mikil nákvæmni: HiFi les með nákvæmni> 99,9% (Q30), sambærilegt við NGS
● Valgreining: raðgreining á öllu afritunum gerir kleift að bera kennsl á ísóform og persónusköpun
●Víðtæk sérfræðiþekking: Með afrekaskrá yfir að klára yfir 1100 Pacbio í fullri lengd afritunarverkefnum og vinnslu yfir 2300 sýni, fær teymið okkar mikla reynslu í hvert verkefni.
●Stuðningur eftir sölu: Skuldbinding okkar nær út fyrir lokun verkefnis með 3 mánaða þjónustutímabili eftir sölu. Á þessum tíma bjóðum við upp á eftirfylgni verkefnis, vandræðaleit og spurningar og spurningar til að takast á við allar fyrirspurnir sem tengjast niðurstöðunum.
Dæmi um kröfur og afhendingu
| Bókasafn | Röðunarstefna | Mælt er með gögnum | Gæðaeftirlit |
| Polya auðgað mRNA CCS bókasafn | Pacbio framhald II Pacbio Revio | 20/40 GB 5/10 M CCS | Q30 ≥85% |
Dæmi um kröfur:
Nucleotides:
● Plöntur:
Rót, stilkur eða petal: 450 mg
Lauf eða fræ: 300 mg
Ávöxtur: 1,2 g
● Dýr:
Hjarta eða þörmum: 300 mg
Viscera eða heila: 240 mg
Vöðvi: 450 mg
Bein, hár eða húð: 1G
● liðdýr:
Skordýr: 6g
Crustacea: 300 mg
● Heilblóð: 1 rör
● Frumur: 106 frumur
| Conc. (Ng/μl) | Magn (μg) | Hreinleiki | Heiðarleiki |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Takmarkað eða ekkert prótein eða DNA mengun sýnd á hlaupi. | Fyrir plöntur: rin≥7,5; Fyrir dýr: rin≥8,0; 5,0 ≥ 28s/18s≥1,0; Takmörkuð eða engin upphæð grunnlínu |
Mælt með afhendingu sýnisins
Ílát: 2 ml skilvindu rör (ekki er mælt með tini filmu)
Dæmi um merkingu: Hópur+endurtaka EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Sending:
1. Dry-Iice: Sýnishorn þarf að pakka í töskur og grafin í þurru.
2. RNASTABLE rör: RNA sýni er hægt að þurrka í RNA stöðugleika rör (td RNAntable®) og send í stofuhita.
Þjónustuvinnuflæði
Tilraunahönnun
Sýnishorn
RNA útdráttur
Bókasafnsbygging
Raðgreining
Gagnagreining
Eftir sölu þjónustu
Inniheldur eftirfarandi greiningu:
● Hrá gæði gæðaeftirlits
● Önnur pólýadenýleringargreining (APA)
● Fusion Transcript greining
● Valgreining
● Viðmiðun alhliða eintaksfrumna (BUSCO) greiningar
● Ný afritagreining: Spá um kóðunarröð (CDS) og hagnýtur athugasemd
● LNCRNA greining: Spá um lncRNA og markmið
● Microsatelite Identification (SSR)
Busco greining
Önnur sundrunargreining
Önnur pólýadenýleringargreining (APA)
Hagnýtur umsögn nýs afrits
Kannaðu framfarir sem auðveldar með Nanopore BMKGene í fullri lengd mRNA raðgreiningarþjónustu í þessari útgáfu.
MA, Y. o.fl. (2023) 'Samanburðargreining á Pacbio og ONT RNA raðgreiningaraðferðum fyrir Nemopilema Nomurai Venom Identification', Genomics, 115 (6), bls. 110709. DOI: 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
Chao, Q. o.fl. (2019) 'The Developmental Dynamics of the Populus STEM Transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17 (1), bls. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. o.fl. (2022) „Kraftmiklar breytingar á askorbínsýruinnihaldi við þróun ávaxta og þroska actinidia latifolia (askorbat-ríkur ávaxtauppskera) og tilheyrandi sameindaaðferðir“, International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), bls. 5808. DOI: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. o.fl. (2022) 'Árangursrík spá um gen í líffræðilegum leiðum sem taka þátt í lífvirkum pólýfyllínum í París Polyphylla', samskiptalíffræði 2022 5: 1, 5 (1), bls. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. o.fl. (2023) 'Sameinað Pacbio ISO-seq og Illumina RNA-seq greining á Tuta Absoluta (Meyrick) umritun og cýtókróm P450 genum', skordýr, 14 (4), bls. 363. Doi: 10.3390/skordýr14040363/s1.
Wang, Lijun o.fl. (2019) 'Könnun á margbreytileika transkriptome með því að nota PacBio eins sameind rauntíma greiningu ásamt Illumina RNA raðgreiningu til að fá betri skilning á lífmyndun ricinoleic sýru í Ricinus communis', BMC Genomics, 20 (1), bls. 1–17. doi: 10.1186/s12864-019-5832-9.
