Samanburður erfðafræði
Þjónustukostir
●Víðtæk sérfræðiþekking og útgáfuskrár: með uppsöfnuðum hefur BMKGene lokið yfir 90 samanburðarverkefnum í erfðafræði, þar sem uppsafnaður áhrifaþáttur náði 900.
●Alhliða lífupplýsingagreining: Greiningarpakkinn inniheldur átta algengustu greiningarnar, sem gefur vel útfærðar tölur tilbúnar til birtingar og gerir kleift að túlka niðurstöðurnar auðveldlega
●Mjög hæft lífupplýsingateymi og stutt greiningarlota: með mikla reynslu í samanburðarrannsókn á erfðafræði, uppfyllir teymi BMKGene fjölbreyttar persónulegar greiningarkröfur á stuttum afgreiðslutíma
●Stuðningur eftir sölu:Skuldbinding okkar nær út fyrir verklok með 3ja mánaða þjónustutíma eftir sölu. Á þessum tíma bjóðum við upp á verkefni eftirfylgni, aðstoð við bilanaleit og spurningar og svör til að svara öllum fyrirspurnum sem tengjast niðurstöðunum.
Þjónustulýsingar
| Áætlaður afgreiðslutími | Fjöldi tegunda | Greiningar |
| 30 virkir dagar | 6 - 12 | Genafjölskylduþyrping Stækkun genafjölskyldu og samdráttur Sýklafræðileg trébygging Áætlun um frávikstíma (steingerðarkvörðun krafist) LTR innsetningartími (Fyrir plöntur) Fjölföldun alls erfðamengis (fyrir plöntur) Valþrýstingur Synteny greining |
Lífupplýsingagreiningar
● Genfjölskylda
● Sýklafræði
● Frávikstími
● Valþrýstingur
● Synteny greining
Dæmi um kröfur og afhending
Dæmi um kröfur:
Vefur eða DNA fyrir erfðamengisraðgreiningu og samsetningu
Fyrir vefja
| Tegundir | Vefur | Könnun | PacBio CCS |
| Dýr | Innyfjuvefur | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Vöðvavefur | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Spendýrablóð | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Alifugla/fiskablóð | |||
| Planta | Ferskt lauf | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Krónublað/stilkur | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Rót/fræ | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Frumur | Ræktuð fruma | - | ≥ 1 x 108 |
Gögn
Erfðamengisraðaskrár (.fasta) og athugasemdaskrár (.gff3) af náskyldum tegundum
Þjónustuverkflæði
Hönnun tilrauna
Sýnishorn afhending
Bókasafnsbygging
Röðun
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
*Sýningarniðurstöður sem sýndar eru hér eru allar úr erfðamengi sem birt er með Biomarker Technologies
1.LTR innsetningartímamat: Myndin sýndi einstaka tvímóta dreifingu í innsetningartíma LTR-RTs í erfðamengi Weining rúg, samanborið við aðrar tegundir. Nýjasti toppurinn birtist fyrir um 0,5 milljón árum síðan.
Li Guang o.fl.,Náttúruerfðafræði, 2021
2. Fræðslu- og genafjölskyldugreining á chayote (Sechium edule): Með því að greina chayote og hinar 13 skyldar tegundirnar í genafjölskyldunni, kom í ljós að Chayote var náskyldastur snákagrauts (Trichosanthes anguina). Chayote upprunnin úr snákagraut í um 27-45 Mya og fjölföldun í heilu erfðamengi (WGD) sást í Chayote í 25±4 Mya, sem er þriðji WGD atburðurinn í cucuibitaceae.
Fu A o.fl.,Garðyrkjurannsóknir, 2021
3.Synteny greining: Sum gen sem tengjast plöntuhormónum í ávaxtaþroska fundust í chayote, snákagraut og leiðsögn. Fylgni milli chayote og leiðsögn er aðeins meiri en milli chayote og snákagrauts.
Fu A o.fl.,Garðyrkjurannsóknir, 2021
4.Gene fjölskyldugreining: KEGG auðgun á genafjölskyldu stækkun og samdrætti í G.thurberi og G.davidsonii erfðamengi sýndi að stera lífmyndun og brassinosteroid biosynthese tengd gen voru stækkuð.
Yang Z o.fl.,BMC líffræði, 2021
5. Tvíföldunargreining á heilu erfðamengi: 4DTV og Ks dreifingargreining sýndi fjölföldunaratburð í heilu erfðamengi. Toppar innantegunda sýndu fjölföldunaratburði. Tinda milli tegunda sýndir tegundatilburðir. Greiningin gaf til kynna að í samanburði við hinar þrjár náskyldar tegundirnar hafi O. europaea gengið í gegnum stórfellda genafritun nýlega.
Rao G o.fl.,Garðyrkjurannsóknir, 2021
BMK mál
Rós án prickle: erfðafræðileg innsýn sem tengist rakaaðlögun
Birt: National Science Review, 2021
Röðunarstefna:
„BasyeÞornlaus' (R.Wichurainan) erfðamengi:
U.þ.b. 93 X PacBio + ca. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Helstu niðurstöður
1. Hágæða R.wichuraiana erfðamengi var smíðað með langlestri raðgreiningaraðferðum, sem skilar samsetningu upp á 530,07 Mb (Áætluð erfðamengisstærð var um það bil 525,9 Mb með frumflæðisgreiningu og 525,5 með erfðamengiskönnun; Arfböðun var um 1,03%). BUSCO áætlað skor var 93,9%. Samanborið við „Gamla kinnalit“ (haploOB) var gæði og heilleiki þessa erfðamengis staðfest með grunnnákvæmni í einum grunni og LTR samsetningarvísitölu (LAI=20,03). Erfðamengi R.wichuraiana inniheldur 32.674 próteinkóða gen.
2.Multi-omics sameiginleg greining, sem samanstendur af samanburði erfðafræði, transcriptomics, QTL greiningu á erfðafræðilegum þýði, leiddi í ljós mikilvæga tegundagerð milli R. wichuraiana og Rosa chinensis. Einnig var líklegt að tjáningarbreytileiki skyldra gena í QTL tengdist stofnmynstri.
Samanburðargreining á erfðafræði milli Basye's Thornless og Rosa chinensis, þ.mt samsetningagreining, genafjölskylduklasa, stækkun og samdráttargreining, leiddi í ljós mikinn fjölda afbrigða, sem tengdust mikilvægum eiginleikum í rósum. Einstök stækkun í NAC og FAR1/FRS genafjölskyldunni var mjög líkleg til að tengjast ónæmi fyrir svörtum bletti.
Samanburðarfræðileg erfðafræðigreining milli BT og haploOB erfðamengis.
Zhong, M., o.fl. „Rós án pricks: erfðafræðileg innsýn tengd rakaaðlögun“National Science Review, 2021;, nwab092.
