BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
BMKMANU S3000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Eiginleikar
- Upplausn: 3,5 µM
- Blettþvermál: 2,5 µM
- Fjöldi staða: um það bil 4 milljónir
- 3 möguleg snið fyrir myndatökusvæði: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm eða 15 mm * 20 mm
- Hver strikamerkt perla er hlaðin grunnur sem samanstendur af 4 hlutum:
• fjöl(dT) hali fyrir mRNA frumun og cDNA myndun,
• Unique Molecular Identifier (UMI) til að leiðrétta mögnunarskekkju
• Staðbundið strikamerki
• Bindingaröð hluta af lesnum 1 raðgreiningargrunni
- H&E og flúrljómandi litun á köflum
- Möguleiki á að nota frumuskiptingartækni: samþættingu H&E litunar, flúrljómunarlitunar og RNA raðgreiningar til að ákvarða mörk hverrar frumu og úthluta genatjáningu rétt á hverja frumu. Vinnsla downstream Landfræðileg sniðgreining byggt á frumuboxi.
- Mögulegt að ná greiningu á fjölþrepa upplausn: Sveigjanleg fjölþrepa greining á bilinu 100um til 3,5 um til að leysa fjölbreytta vefjaeiginleika í bestu upplausn.
Kostir BMKMANU S3000
-Tvöföldun á fangstöðum í 4 milljónir: með bættri upplausn upp á 3,5 uM, sem leiðir til hærri gena og UMI uppgötvunar á hverja frumu. Þetta leiðir til bættrar þyrpingar frumna byggt á umritunarsniðum, með fínni smáatriðum sem passa við uppbyggingu vefja.
- Upplausn undir frumu:Hvert fangasvæði innihélt >2 milljónir staðbundinna strikamerktra bletta með 2,5 µm þvermál og 5 µm bil á milli blettamiðja, sem gerir staðbundna umritagreiningu kleift með upplausn undir frumu (5 µm).
-Fjölþrepa upplausnargreining:Sveigjanleg fjölþrepa greining á bilinu 100 μm til 5 μm til að leysa fjölbreytta vefjaeiginleika í bestu upplausn.
-Möguleiki á að nota „Three in one slide“ frumuskiptingartækni:með því að sameina flúrljómunarlitun, H&E litun og RNA raðgreiningu á einni glæru, gerir „þriggja í einni“ greiningarreikniritinu okkar kleift að bera kennsl á frumumörk fyrir síðari frumuundirritaða umritun.
-Samhæft við marga raðgreiningarpalla: bæði NGS og langlestur raðgreining í boði.
-Sveigjanleg hönnun á 1-8 virku fangsvæði: Stærð tökusvæðisins er sveigjanleg, hægt er að nota 3 snið (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm og 15 mm * 20 mm)
-Þjónusta á einum stað: samþættir öll þrep sem byggjast á reynslu og færni, þar með talið cryo-sectioning, litun, fínstillingu vefja, staðbundin strikamerki, undirbúningur bókasafns, raðgreiningu og lífupplýsingafræði.
-Alhliða lífupplýsingafræði og notendavæn sýn á niðurstöður:pakkinn inniheldur 29 greiningar og 100+ hágæða tölur, ásamt notkun á innbyggðum hugbúnaði til að sjá og sérsníða frumuskiptingu og blettaþyrping.
-Sérsniðin gagnagreining og sjónun: í boði fyrir mismunandi rannsóknarbeiðnir
-Mjög hæft tækniteymi: með reynslu í yfir 250 vefjagerðum og 100+ tegundum þar á meðal mönnum, músum, spendýrum, fiskum og plöntum.
-Rauntímauppfærslur á öllu verkefninu: með fullri stjórn á tilraunaframvindu.
-Valfrjáls samgreining með einfrumu mRNA raðgreiningu
Þjónustulýsingar
| Dæmi um kröfur | Bókasafn | Röðunaráætlun | Mælt er með gögnum | Gæðaeftirlit |
| OCT-innfelld cryo sýni (Ákjósanlegur þvermál: ca. 6×6×6 mm³) 2 blokkir á sýni 1 fyrir tilraun, 1 fyrir öryggisafrit | S3000 cDNA bókasafn | Illumina PE150 | 160K PE lestur á 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Fyrir frekari upplýsingar um leiðbeiningar um undirbúning sýnishorns og þjónustuvinnuflæði, vinsamlegast ekki hika við að tala við aBMKGENE sérfræðingur
Þjónustuverkflæði
Í undirbúningsfasa sýnisins er frumraun RNA-útdráttar í magni gerð til að tryggja að hægt sé að fá hágæða RNA. Á fínstillingarstigi vefja eru hlutar litaðir og sýndir og gegndræpiskilyrði fyrir losun mRNA úr vefjum eru fínstillt. Bjartsýni samskiptareglunum er síðan beitt við byggingu bókasafns, fylgt eftir með raðgreiningu og gagnagreiningu.
Heildarverkflæði þjónustunnar felur í sér rauntímauppfærslur og staðfestingar viðskiptavina til að viðhalda móttækilegri endurgjöf, sem tryggir hnökralausa framkvæmd verksins.
Gögnin sem myndast af BMKMANU S3000 eru greind með því að nota hugbúnaðinn „BSTMatrix“, sem er sjálfstætt hannaður af BMKGENE, sem býr til frumustig og fjölþrepa upplausn Gen Expression Matrix. Þaðan er búin til staðlað skýrsla sem inniheldur gæðaeftirlit með gögnum, greiningu á innra sýni og greiningu á milli hópa.
- Gagnagæðaeftirlit:
- Gagnaúttak og dreifing gæðastiga
- Gengreining á bletti
- Vefjaþekju
- Innra sýnisgreining:
- Genaauðgi
- Blettaþyrping, þ.mt minni víddargreining
- Mismunatjáningargreining milli klasa: auðkenning merkja gena
- Virk skýring og auðgun merkja gena
- Millihópagreining
- Endursamsetning bletta úr bæði sýnum (td sjúkum og viðmiðunarsýnum) og endurþyrpingum
- Auðkenning merkja gena fyrir hvern klasa
- Virk skýring og auðgun merkja gena
- Mismunandi Tjáning sama klasa milli hópa
Að auki, BMKGene þróað „BSTViewer“ er notendavænt tól sem gerir notandanum kleift að sjá tjáningu gena og blettaþyrpingar í mismunandi upplausnum.
BMKGene býður upp á staðbundna sniðaþjónustu með nákvæmri einfrumuupplausn (byggt á klefaboxi eða ferningahólfi á mörgum hæðum frá 100um til 3,5um).
Staðbundin sniðgreiningargögn úr vefjaskurði á S3000 glæru gengu vel eins og hér að neðan.
Dæmi 1: Músarheili
Greining á músarheilahluta með S3000 leiddi til auðkenningar á ~94 000 frumum, með miðgildi raðgreiningar upp á ~2000 gena á hverja frumu. Bætt upplausn 3,5 uM leiddi til mjög nákvæmrar þyrpingar frumanna á grundvelli umritunarmynstra, þar sem frumuklasarnir líkja eftir heilaaðgreindum byggingum. Þetta er auðvelt að sjá með því að sjá dreifingu frumna í þyrpingum sem fákorna og örfrumna, sem eru nánast eingöngu staðsettar í gráu og hvítu efni, í sömu röð.
Tilviksrannsókn 2: Músafósturvísir
Greining á hluta músafósturvísa með S3000 leiddi til auðkenningar á ~2200.000 frumum, með miðgildi raðgreiningar upp á ~1600 gena á hverja frumu. Bætt upplausn 3,5 uM leiddi til mjög nákvæmrar þyrpingar frumanna á grundvelli umritunarmynstra, með 12 þyrpingum á augnsvæðinu og 28 þyrpingum á heilasvæðinu.
Innra sýnisgreining Frumuþyrping:
Auðkenning merkja gena og staðbundin dreifing:
- hærri undirfrumuupplausn: Í samanburði við S1000 glæru, innihélt hvert fangasvæði á S3000 >4 milljónir strikamerkta staðbundinna bletti með 2,5 µm þvermál og 3,5 µm fjarlægð á milli blettamiðja, sem gerir staðbundna umritagreiningu kleift með hærri undirfrumuupplausn (ferningur bakki: 3,5 µm).
- Meiri töku skilvirkni: samanborið við S1000 glæru, Median_UMI hækkun úr 30% í 70%, Median_Gene aukning úr 30% í 60%
Skipulag S1000 flísar:
Skipulag S3000 flísar:
