BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Eiginleikar
● Upplausn: 5 µM
● Blettþvermál: 2,5 µM
● Fjöldi bletta: um það bil 2 milljónir
● 3 möguleg snið fyrir myndatökusvæði: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm eða 15 mm * 20 mm
● Hver strikamerkt perla er hlaðin grunnur sem samanstendur af 4 hlutum:
poly(dT) hali fyrir mRNA frumun og cDNA myndun
Unique Molecular Identifier (UMI) til að leiðrétta mögnunarskekkju
Staðbundið strikamerki
Bindingaröð hluta af lesnum 1 raðgreiningargrunni
● H&E og flúrljómandi litun á köflum
● Möguleiki á notkunfrumuskiptingartækni: samþætting H&E litunar, flúrljómunarlitunar og RNA raðgreiningar til að ákvarða mörk hverrar frumu og úthluta genatjáningu rétt á hverja frumu.
Kostir BMKMANU S1000
●Upplausn undir frumu: Hvert fangsvæði innihélt >2 milljónir staðbundinna strikamerkja bletta með 2,5 µm þvermál og 5 µm bil á milli blettamiðja, sem gerir staðbundinni umritagreiningu kleift með upplausn undir frumu (5 µm).
●Fjölþrepa upplausnargreining:Sveigjanleg fjölþrepa greining á bilinu 100 μm til 5 μm til að leysa fjölbreytta vefjaeiginleika í bestu upplausn.
● Möguleiki á að nota „Þrír í einni glæru“ frumuskiptingartækni:Með því að sameina flúrljómunarlitun, H&E litun og RNA raðgreiningu á einni glæru, gerir „þriggja-í-einn“ greiningarreikniritið okkar kleift að bera kennsl á frumumörk fyrir síðari frumuundirritaða umritun.
●Samhæft við marga raðgreiningarpalla: Bæði NGS og langlestur raðgreining í boði.
●Sveigjanleg hönnun á 1-8 Active Capture Area: Stærð tökusvæðisins er sveigjanleg þar sem hægt er að nota 3 snið (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm og 15 mm * 20 mm)
●Þjónusta á einum stað: Það samþættir öll þrep sem byggjast á reynslu og færni, þar með talið cryo-sectioning, litun, fínstillingu vefja, staðbundin strikamerki, undirbúningur bókasafns, raðgreiningu og lífupplýsingafræði.
●Alhliða lífupplýsingafræði og notendavæn sýn á niðurstöður:pakkinn inniheldur 29 greiningar og 100+ hágæða tölur, ásamt notkun á innbyggðum hugbúnaði til að sjá og sérsníða frumuskiptingu og blettaþyrping.
●Sérsniðin gagnagreining og sjónræning: í boði fyrir mismunandi rannsóknarbeiðnir
●Mjög hæft tækniteymi: með reynslu í yfir 250 vefjagerðum og 100+ tegundum þar á meðal mönnum, músum, spendýrum, fiskum og plöntum.
●Rauntímauppfærslur á öllu verkefninu: með fullri stjórn á tilraunaframvindu.
●Valfrjáls sameiginleg greining með einfrumu mRNA raðgreiningu
Þjónustulýsingar
|
Sýnishorn Kröfur
| Bókasafn |
Röðunarstefna
| Mælt er með gögnum | Gæðaeftirlit |
| OCT-innfelld cryo sýni, 3 blokkir á sýni | S1000 cDNA bókasafn | Illumina PE150 (aðrir pallar í boði) | 100K PE les á 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Fyrir frekari upplýsingar um leiðbeiningar um undirbúning sýnishorns og þjónustuvinnuflæði, vinsamlegast ekki hika við að tala við aBMKGENE sérfræðingur
Þjónustuvinnuflæði
Í undirbúningsfasa sýnisins er frumraun RNA-útdráttar í magni gerð til að tryggja að hægt sé að fá hágæða RNA. Á fínstillingarstigi vefja eru hlutar litaðir og sýndir og gegndræpiskilyrði fyrir losun mRNA úr vefjum eru fínstillt. Bjartsýni samskiptareglunum er síðan beitt við byggingu bókasafns, fylgt eftir með raðgreiningu og gagnagreiningu.
Heildarverkflæði þjónustunnar felur í sér rauntímauppfærslur og staðfestingar viðskiptavina til að viðhalda móttækilegri endurgjöf, sem tryggir hnökralausa framkvæmd verksins.
Gögnin sem myndast af BMKMANU S1000 eru greind með því að nota hugbúnaðinn „BSTMatrix“ sem er sjálfstætt hannaður af BMKGENE og býr til genatjáningarfylki. Þaðan er búin til staðlað skýrsla sem inniheldur gæðaeftirlit með gögnum, greiningu á innra sýni og greiningu á milli hópa.
● Gagnagæðaeftirlit:
Gagnaúttak og dreifing gæðastiga
Gengreining á bletti
Vefjaþekju
● Innri sýnisgreining:
Genaauðgi
Blettaþyrping, þar á meðal minni víddargreining
Mismunatjáningargreining milli klasa: auðkenning merkja gena
Virk skýring og auðgun merkja gena
● Millihópagreining:
Endursamsetning bletta úr bæði sýnum (td sjúkum og viðmiðunarsýnum) og endurþyrpingum
Auðkenning merkja gena fyrir hvern klasa
Virk skýring og auðgun merkja gena
Mismunandi Tjáning sama klasa milli hópa
Að auki þróaði BMKGENE „BSTViewer“ er notendavænt tól sem gerir notandanum kleift að sjá tjáningu gena og blettaþyrpingar í mismunandi upplausnum.
BMKGene þróaði hugbúnað fyrir notendavæna myndgerð
BSTViewer blettaþyrping í fjölþrepa upplausn
BSTcellViewer: sjálfvirk og handvirk frumuskipting
Greining innra sýnis
Blettaþyrping:
Auðkenning merkja gena og staðbundin dreifing:
Millihópagreining
Gagnasamsetning frá báðum hópum og endurþyrping:
Merki gen nýrra klasa:
Kannaðu framfarirnar sem BMKGene auðveldar staðbundna umritunarþjónustu með BMKManu S1000 tækninni í þessu úrvalsriti:
Song, X. o.fl. (2023) „Staðbundin umritun sýnir ljósvöldum klórenchyma frumur sem taka þátt í að stuðla að endurnýjun sprota í tómatakalli“,Málefni National Academy of Sciences í Bandaríkjunum120(38), bls. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Þú, Y. o.fl. (2023) „Kerfisbundinn samanburður á raðgreiningu byggðum staðbundnum umritunaraðferðum“,bioRxiv, bls. 2023.12.03.569744. Doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
