Amplicon röð (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) raðgreining með Illumina er aðferð til að greina fjölbreytileika örvera með því að greina örverusnið í samræmi við röð þeirra og reyna síðan að ráða auð og fjölbreytileika samfélagsins innan hvers sýnis og á milli sýna. BMKCloud Amplicon (NGS) leiðslan gerir kleift að greina 16S, 18S, ITS og mörg starfhæf gena. Það byrjar með lestri klippingu, pöruðum enda lestrarsamsetningu og gæðamati, fylgt eftir með þyrpingu svipaðra lestra til að búa til rekstrarflokkunareiningar (OTU) sem notaðar eru í sex mismunandi greiningarhlutum. Flokkunarfræðiskýring veitir upplýsingar um hlutfallslegt magn og samsetningu hvers sýnis, en alfa- og beta-fjölbreytileikagreiningar einbeita sér að örverufjölbreytileika innan og á milli sýna, hvort um sig. Mismunagreining milli hópa finnur OTU sem eru mismunandi með því að nota bæði parametrisk og non-parametric próf, en fylgnigreining tengir þennan mun við umhverfisþætti. Að lokum er spáð fyrir um starfrænan genafjölda byggt á gnægð merkigena, sem veitir innsýn í virkni og vistfræði í hverju sýni.