Exclusive Agency for Korea

Vörur

16S/18S/Amplicon raðgreining-pacbio

16S/18S/Amplicon Sequencing-Pacbio lögun mynd

16S og 18S rRNA genin, ásamt innra umrituðu bilinu (ITS) svæðinu, þjóna sem lykilatriði sameinda fingrafaramerkja vegna samsetningar þeirra af mjög varðveittum og ofvirkum svæðum, sem gerir þau ómetanleg tæki til að einkenna fræðimennsku og heilkjörnunga lífverur. Mögnun og raðgreining þessara svæða bjóða upp á einangrunarlausa nálgun til að rannsaka örverusamsetningu og fjölbreytni í ýmsum vistkerfi. Þó að Illumina raðgreining miði venjulega við stutt svæðisbundin svæði eins og V3-V4 af 16S og ITS1, hefur verið sýnt fram á að yfirburða taxonomic athugasemd er möguleg með því að raðgreina í fullri lengd 16S, 18S og ITS. Þessi yfirgripsmikla nálgun leiðir til hærri prósenta af nákvæmum flokkuðum röð og nær stig upplausnar sem nær til tegundargreiningar. Ein sameind PacBio í rauntíma (SMRT) raðgreiningarpallur stendur upp úr með því að bjóða upp á mjög nákvæmar langa upplestur (HiFi) sem ná yfir amplicons í fullri lengd og keppa við nákvæmni Illumina raðgreiningar. Þessi hæfileiki gerir vísindamönnum kleift að ná ósamþykktum yfirburði - útsýni yfir erfðalandslagið. Útvíkkuð umfjöllun hækkar verulega upplausnina í umsögn tegunda, sérstaklega innan bakteríu- eða sveppasamfélaga, sem gerir kleift að fá dýpri skilning á flækjum örverumanna.

Hafðu samband

Þjónustuupplýsingar

Bioinformatics

Niðurstöður kynningar

Lögun rit

Þjónustuaðgerðir

● Röðunarpallur: Pacbio Revio

● Röðunarstilling: CCS (HiFi les)

● Mögnun markmiðssvæðisins og síðan tengsl við Amplicons fyrir undirbúning HiFi SMRT Bell bókasafns

Þjónustu kostir

●Hærri flokkunarfræðileg upplausn: tHan Short-Amplicon raðgreining,sem gerir hærra OTU flokkunarhlutfall á tegundastigi.

●Mjög nákvæm grunnköllun: Pacbio CCS Mode raðgreining (HiFi Reads).

●Einangrunarlaus: Hröð auðkenning örverusamsetningar í umhverfissýnum.

●Við á víða: Fjölbreyttar rannsóknir á örveru samfélaginu.

●Alhliða lífupplýsingagreining: Nýjasta QIIME2 pakkinn (megindleg innsýn í örveru vistfræði) með fjölbreyttum greiningum hvað varðar gagnagrunn, athugasemd, OTU/ASV.

●Víðtæk sérfræðiþekking: Með þúsundum Amplicon raðgreiningarverkefna sem gerð voru árlega færir BMKGENE yfir áratug reynslu, mjög hæft greiningarteymi, yfirgripsmikið efni og framúrskarandi stuðning eftir sölu.

Þjónustusneiðbeiningar

Bókasafn	Röðunarstefna	Mælt er með gögnum
Amplicon	Pacbio Revio	10/30/50 k Tög (CCS)

Dæmi um kröfur

Styrkur (ng/µL)	Heildarmagn (µg)	Rúmmál (µl)
≥5	≥0.3	≥20

Mælt með afhendingu sýnisins

Fryst sýnin í fljótandi köfnunarefni í 3-4 klukkustundir og geymdu í fljótandi köfnunarefni eða -80 gráðu til langs tíma fyrirvara. Sýnisflutning með þurrum ís er krafist.

Þjónustuvinnuflæði

Sýnishorn

Bókasafnsbygging

Raðgreining

Gagnagreining

Eftir sölu þjónustu

Fyrri: 16S/18S/Amplicon raðgreining-ngs

Næst: Greining á transposase aðgengilegu krómatíni með mikla afköst raðgreiningar (ATAC-seq)

Inniheldur eftirfarandi greiningu:

● Hrá gæði gæðaeftirlits

● OTU þyrping/de-hávaði (ASV)

● OTU athugasemd

● Alfa fjölbreytni greining: Margar vísitölur, þar á meðal Shannon, Simpson og Ace.

● Beta fjölbreytileikagreining

● Greining milli hópa

● Fylgnagreining: Milli umhverfisþátta og samsetningar og fjölbreytni

● 16S virkni genspá

Súlurit af flokkunarfræðilegri dreifingu

Dreifingartré samfélagsins

Alfa fjölbreytileikagreining: Ace

Vísitala

Beta fjölbreytileikagreining: PCOA

Greining milli hópa: ANOVA

Kannaðu framfarir sem auðveldar Amplicon raðgreiningarþjónustu BMKGENE með PacBio í gegnum safnað safn af ritum.

Gao, X. og Wang, H. (2023) 'Samanburðargreining á bakteríusniðum og aðgerðum við aðlögun að mismunandi fyrirbærafræði (Ritheen vs. Grassy) í alpíni Merino sauð 1), bls. 16. doi: 10.3390/gerjun9010016/s1.

Li, S. o.fl. (2023) „Að ná örveru dökku efni í eyðimerkur jarðvegi með því að nota menningarfræðilegan byggðan metagenomics og háupplausnargreiningu“, NPJ líffilms og örverur 2023 9: 1, 9 (1), bls. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. o.fl. (2022) 'Áhrif fitusýru sölt á gerjun einkenna, fjölbreytileika baktería og loftháð stöðugleika blandaðs votheys unnin með alfalfa, hrísgrjónum og hveiti bran', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102 (4), bls. 1475– 1487. doi: 10.1002/jsfa.11482.

Yang, J. o.fl. (2023) 'Samspil milli oxunarálags lífmerkja og örveru í meltingarvegi í andoxunaráhrifum útdrætta frá Sonchus brachyotus DC. Í oxazólón af völdum oxunar oxunarálags hjá fullorðnum sebrafiski ', andoxunarefnum 2023, bindi. 12, bls. 192, 12 (1), bls. 192. DOI: 10.3390/andoxun12010192.