16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Þjónustueiginleikar
● Röðunarvettvangur: Illumina NovaSeq.
● Mögnun á stuttum svæðum 16S, 18S og ITS, meðal annarra mögnunarmarkmiða.
● Sveigjanlegt val á amplicon.
● Fyrri verkefnareynsla með mörgum mögnunarmarkmiðum.
Þjónustukostir
●Einangrunarlaus:Hröð auðkenning á örverusamsetningu í umhverfissýnum.
●Há upplausn: Í hlutum sem lítið er af í umhverfissýnum.
●Víða við hæfi: Fjölbreytt örverusamfélagsrannsóknir.
●Alhliða lífupplýsingagreining: Nýjasti QIIME2 pakkinn (megindleg innsýn í örveruvistfræði) með fjölbreyttum greiningum hvað varðar gagnagrunn, athugasemd, OTU/ASV.
●Víðtæk sérfræðiþekking: Með 150 þúsund amplicon raðgreiningarverkefnum sem unnin eru árlega, færir BMKGENE yfir áratug af reynslu, mjög hæft greiningarteymi, alhliða efni og framúrskarandi stuðning eftir sölu.
Þjónustulýsingar
| Bókasafn | Röðunaráætlun | Mælt er með gögnum |
| Amplicon | Illumina PE250 | 50/100/300K merki (lespör) |
Þjónustukröfur
| Styrkur (ng/µL) | Heildarupphæð (ng) | Rúmmál (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Jarðvegur/leðja: 1-2g
● Þarmainnihald-dýr: 0,5-2g
● Þarmainnihald-skordýr: 0,1-0,25g
● Yfirborð plantna (auðgað set): 0,1-0,5g
● Gerjun seyði auðgað botnfall): 0,1-0,5g
● Saur (stór dýr): 0,5-2g
● Saur (mús): 3-5korn
● Lungnablöðruskolunarvökvi: síupappír
● Strokur frá leggöngum: 5-6 þurrkur
● Húð-/kynfæraþurrkur/munnvatn/mjúkvefur í munni/koki/endaþarmsþurrkur: 2-3 þurrkur
● Yfirborðsörverur: síupappír
● Vatnshlot/loft/líffilmur: síupappír
● Endófýtar: 1-2g
● Tannskjöldur: 0,5-1g
Þjónustuverkflæði
Sýnishorn afhending
Bókasafnsbygging
Röðun
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
Inniheldur eftirfarandi greiningu:
- Gæðaeftirlit með hráum gögnum
- OTU þyrping / De-noise (ASV)
- OTU athugasemd
- Alfa fjölbreytileikagreining: margar vísitölur, þar á meðal Shannon, Simpson og ACE.
- Beta fjölbreytni greining
- Millihópagreining
- Fylgnigreining: milli umhverfisþátta og OUT samsetningar og fjölbreytileika
- 16S hagnýtur genaspá
Vísitarit flokkunarfræðilegrar dreifingar
flokkunarfræðilegt magn þyrping hitakort
Alfa fjölbreytni greining: sjaldgæf kúrfa
beta fjölbreytileikagreining: NMDS
Millihópagreining: LEFSE lífmerki uppgötvun
Kannaðu framfarirnar sem BMKGene auðveldar raðgreiningarþjónustu með Illumina í gegnum safn rita.
Dong, C. o.fl. (2022) 'Samsetning, kjarna örvera og virkni jarðvegs jarðvegs og gelta í Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. o.fl. (2023) „Synthetic bacterial consortia transplantation for the treatment of Gardnerella vaginalis-induced bacterial vaginosis in mús“, Microbiome, 11(1), bls. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. og Liu, H. (2022) „Örverur af loftryki sem safnað var í jarðbundnu lokuðu lífendurnýjunarlífi „Lunar Palace 365““, Environmental Microbiomes, 17(1), bls. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/Myndir/8.
Yin, S. o.fl. (2022) „Fóðurháð gnægð starfrænna gena sem tengjast köfnunarefnisumbreytingu stjórnaði köfnunarefnistapi við jarðgerð“, Bioresource Technology, 361, bls. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
