Mpempe akwụkwọ dị iche iche dị iche iche
Na-arụ ọrụ
Usoro teknụzụ
Atụmatụ Ọrụ
● Coquencing na Novaseq na pe150.
● Iji akwụkwọ a na-akwado nzụkọ ọba akwụkwọ nwere okpukpu abụọ, na-eme ka ọnyà karịrị 1000.
Enwere ike iji usoro a mee ihe ma ọ bụ na-enweghị nkọwa mkpụrụ ndụ, ya na pioinnatic pipenines dị iche iche maka ikpe nke ọ bụla:
Site na Pretụ aka Genome: Nchọpụta Indel
Enweghị akwụkwọ ọgụgụ Genome: Sample Cursting na SNP nchọpụta
● nana silicoEserese chepụtara usoro mmachi Enzyme bụ nyocha nke ndị na-ebute ndị na-emepụta ihe na-edoghị anya na ihe ọmụmụ.
N'oge nnwale ahụ, a na-anwale njikọta nke afọ atọ na nyocha 3 iji mepụta ọbá akwụkwọ 9 SlaF, ozi a na-ejikwa ezigbo mmachi mma maka ọrụ ahụ.
Uru bara uru
●Nchọpụta nke mkpụrụ ndụ nke mkpụrụ ndụ: Mgbakọ na-eme ka usoro ọnụọgụ abụọ dị elu na-enye ohere maka otu ọnụ ọgụgụ dị ukwuu, na mpaghara Aclution na-eme ka usoro mkpado na-eme ka ihe ndị dị na ya dị iche iche.
● Ala dị ala na ihe ọmụmụ: Enwere ike itinye ya na ụdị na ma ọ bụ na-enweghị nkọwapụta Kenome.
●Atụmatụ Atụmatụ Na-agbanwe agbanwe: Single-enzyme, Dual-enzyme, Ngalaba Enzi-Enzyme, na ụdị njikọ dị iche iche enwere ike ịhọrọ ihe mgbaru ọsọ nchọpụta dị iche iche ma ọ bụ ụdị nyocha dị iche iche. Oseihe nwokena silicoA na-eme pre-ka iji hụ na njiri mara mma e enzyme.
● Arụmọrụ dị elu na mgbaze mgbaze enzymatic: Nhazi nkena silicoIkike izizi na nnwale zuru ezu na-enwe ezigbo njiri mara na chromosome (1 Slaf Tag / 4KB) ma belata usoro a na-emegharị (<5%).
●Nnukwu nkasi ike: Ndị otu anyị na-eweta ọtụtụ ahụmịhe na ọrụ ọ bụla, yana ndekọ egwu nke mmechi ihe karịrị 5000 Slaf-seq slaf-seq slaf-seq.
● Onwe ya na-eme ka ihe omumu di iche: BMKGEE mepụtara arụmụka bionieinformatic maka slaf-seq iji hụ na ntụkwasị obi na izi ezi nke mmepụta ikpeazụ.
Nkọwapụta ọrụ
| Ofdị nyocha | Ogo ndị a tụrụ aro | Atụmatụ sequencing | |
| Omimi nke mkpado Sequence | Nọmba mkpado | ||
| Mapdị mkpụrụ ndụ ihe nketa | Ndị nne na nna na> 150 ụmụ | Ndị nne na nna: 20x WGS Iwepu: 10x | Ogo Genome: <400 MB: A na-atụ aro WGS <1GB: Tags 100k 1-2GB :: 200K Tags > 2GB: 300k Tags Max 500k Tags |
| Ihe ọmụmụ mmụta mkpụrụ osisi (Gwaras) | ≥200 nlele | 10x | |
| Okike okike | ≥30, ya na> 10 sample na subgroup ọ bụla | 10x | |
Ihe ị chọrọ
Ista ≥ 5 ng / μl
Ngụkọta ego ≥ 80 NG
Nanodrop OD260 / 280 = 1.6-2.5
Agarose gel: mba ma ọ bụ mmebi ma ọ bụ mmerụ ahụ
Nnyefe nlele tụrụ aro
Akpa: 2 ml centrifuge
(Maka ọtụtụ ihe atụ, anyị na-akwado ịghara ichebe ethanol)
Ihe nlele nlele: Egosiputara ihe nlere nke oma ma gosiputara udiri ozi nlele.
Mbupu: Ahịa-ice: A ga-enwerịrị ihe ndị dị na akpa mbụ ma lie ya na ice.
Ọrụ Ọrụ
Nlele QC
Nnwale nnwale
Slaf-nnwale
Nkwadebe Ọb
Sequencing
Nyocha data
Ọrụ Ahịa
Gụnyere nyocha ndị a:
- Sequencing data QC
- Ndofo slaf
Manye gosiputa ihe omumu
Enweghị akwụkwọ ọgụgụ na-enweghị isi: custary
- Nyocha nke slaf Tags.: Ọnụ ọgụgụ, nkesa na-adịkarị
- Nchọpụta Marker: SNP, indel, SNV, CV na-akpọ CV na ịmatation
Nkesa nke Slaf Tags na Chromosomes:
Nkesa Snaps na Chromosomes:
SNP na-egosi
| Afo | Jonaal | IF | Aha | Ngwa |
| 2022 | Nkwupụta nke okike | 17.694 | Genic ndabere nke Goga-chromosomes na Giga-Genome nke osisi peony Peonalia Ostai | Slaf-gwas |
| 2015 | Ọkà mmụta sayensị ọhụụ | 7.433 | Itinye aka na ụkwụ ọdụ ụgbọ anchorgic mpaghara nke mkpa dị mkpa na soybeans | Slaf-gwas |
| 2022 | Journal nke nyocha di elu | 12.822 | Ihe omumu ihe omumu ihe omumu banyere ihe omuma nke genlifium bardium na g. Hirssutumum kpughee ebe obibi dị elu nke otu ndozi nke eriri akwa na mkpụrụ eduhie | Mkpụrụ ndụ mkpụrụ ndụ |
| 2019 | Molular osisi | 10.81 | Nyocha ndị na-ahụ maka mkpokọta ọnụ na Devo Mgbakọ na-egosi mbido Weedy Osikapa dị ka egwuregwu evolushọn | Mkpụrụ ndụ mkpụrụ ndụ |
| 2019 | Okike mkpụrụ ndụ | 31.616 | Usoro ọdịdị na mkpụrụ ndụ ihe nke mkpụrụ ndụ na-ahụkarị, cyprinus Carpio | Slaf-Linditage Map |
| 2014 | Okike mkpụrụ ndụ | 25.455 | Akwukwo nri a na-ewu ewu na-eme ka ihe omuma banyere Leyootypes, polyploid Evolushọn na onye ọkụkụ. | Slaf-Linditage Map |
| 2022 | Akuko biotechnology Jource | 9.803 | Nchọpụta nke ST1 na-ekpughe nhọrọ na-emetụta na-agagharị na mkpụrụ osisi morphology Na Mmanụ Mmiri N'oge Soybean | Slaf-Marter mmepe |
| 2022 | Akwụkwọ akụkọ mba ụwa | 6.208 | Njirimara na Ntanetị Ntanetị Njirimara DNA Nchikota Chromosome | Slaf-Marter mmepe |
| Afo | Jonaal | IF | Aha | Ngwa |
| 2023 | Fronts na Science Science | 6.735 | QTL mappy na nyocha nke transcriptor nke shuga na-amị mkpụrụ n'oge mkpụrụ osisi pyrus pyrifolite | Map |
| 2022 | Akuko biotechnology Jource | 8.154 | Nchọpụta nke ST1 na-ekpughe nhọrọ nke na-emetụta Hithhiking nke mkpụrụ morphology na mmanụ dị na Mmiri Oge
| SNP na-akpọ |
| 2022 | Fronts na Science Science | 6.623 | Njikọ nri mkpụrụ ndụ mkpụrụ ndụ mkpụrụ osisi mkpụrụ onyinye mkpụrụ osisi phenottypes na gburugburu unwu.
| Gwas |
