-
Genomics atụnyere
Genomics atụnyere gụnyere nyocha na ntụnyere usoro genome dum na usoro n'etiti ụdị dị iche iche. Mpaghara a na-achọ ikpughe mmalite nke ụdị dị iche iche, kọwapụta ọrụ mkpụrụ ndụ ihe nketa, wee kọwapụta usoro usoro usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa site na ịchọpụta usoro echekwara ma ọ bụ dị iche iche na ihe dị iche iche. Ọmụmụ ihe ọmụmụ genomics comparative comparative agụnyere nyocha dị ka ezinụlọ mkpụrụ ndụ ihe nketa, mmepe evolushọn, ihe omume mpịakọta genome dum, na mmetụta nke nrụgide nhọrọ.
-
Genetics evolushọn
Ewubere usoro nyocha mkpụrụ ndụ ihe nketa nke evolushọn na-adabere na nnukwu ahụmịhe agbakọbara n'ime otu BMK R&D ruo ọtụtụ afọ. Ọ bụ ngwá ọrụ enyi na enyi karịsịa maka ndị na-eme nchọpụta na-adịghị etinye aka na bioinformatics. Ikpo okwu a na-enyere usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa n'ụzọ bụ isi metụtara nyocha nke gụnyere iwu osisi phylogenetic, nyocha disequilibrium njikọ, nyocha mkpụrụ ndụ dị iche iche, nyocha nke ahọpụtara, nyocha ndị ikwu, PCA, nyocha nhazi ọnụ ọgụgụ mmadụ, wdg.
-
Mgbakọ Genome dabere na Hi-C
Hi-C bụ usoro emebere iji weghara nhazi chromosome site na ijikọta mmekọrịta dabere na nso nso yana usoro ntinye dị elu. A na-ekwenye na ike mmekọrịta ndị a na-adịghị mma na anya anụ ahụ na chromosomes. Ya mere, a na-eji data Hi-C na-eduzi nchịkọta, nhazi, na nhazi nke usoro agbakọtara na mkpụrụ ndụ ihe nketa na itinye ndị ahụ na ọnụ ọgụgụ chromosomes. Nkà na ụzụ a na-enye ike mgbakọ genome-ọkwa chromosome na enweghị maapụ mkpụrụ ndụ ihe nketa dabere na ọnụ ọgụgụ mmadụ. Ọ bụla genome chọrọ Hi-C.
-
Osisi/Anụmanụ De Novo Genome Sequencing
De Novousoro n'usoro na-ezo aka n'iwupụta genome nke ụdị dị iche iche site na iji teknụzụ usoro n'usoro na enweghị genome ntụaka. Iwebata na nnabata nke usoro ọgbọ nke atọ, nke na-egosi ogologo ọgụgụ, emeela ka mgbakọ genome dịkwuo mma site n'ịbawanye ndakọrịta n'etiti ọgụgụ. Nkwalite a dị mkpa karịsịa mgbe a na-emeso genomes ndị na-ama aka, dị ka ndị na-egosipụta heterozygosity dị elu, ọnụ ọgụgụ dị elu nke mpaghara ugboro ugboro, polyploids, na mpaghara nwere ihe ndị na-emegharị ugboro ugboro, ọdịnaya GC na-adịghị mma, ma ọ bụ mgbagwoju anya dị elu nke a na-ezukọta nke ọma site na iji usoro ọgụgụ dị mkpirikpi. naanị ya.
Ihe ngwọta otu nkwụsị anyị na-enye ọrụ nhazi usoro na nyocha bioinformatic nke na-ebuga genome dị elu nke de novo kpọkọtara. Nnyocha genome nke mbụ na Illumina na-enye atụmatụ nke nha genome na mgbagwoju anya, a na-ejikwa ozi a na-eduzi usoro ọzọ nke usoro ọgụgụ ogologo oge na PacBio HiFi, sochiri ya.de novomgbakọ nke contigs. Ojiji nke mgbakọ HiC na-esote na-enyere aka ịkwado contigs na genome, nweta mgbakọ ọkwa chromosome. N'ikpeazụ, a na-akọwa genome ahụ site na amụma mkpụrụ ndụ ihe nketa na site n'usoro usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa egosipụtara, na-amalite na transcriptome nwere ọgụgụ dị mkpụmkpụ na ogologo.
-
Usoro ihe omume mmadụ dum
Human Whole exome sequencing (hWES) bụ nke a nabatara n'ọtụtụ ebe dị ka usoro usoro dị oke ọnụ na nke siri ike maka ịkọwa mmụkọ na-ebute ọrịa. N'agbanyeghị na ọ bụ naanị 1.7% nke genome niile, exons na-arụ ọrụ dị mkpa site n'igosipụta profaịlụ nke ọrụ protein niile. N'ụzọ doro anya, na genome mmadụ, ihe karịrị 85% nke mmụgharị metụtara ọrịa na-apụta n'ime mpaghara nzuzo protein. BMKGENE na-enye ọrụ zuru oke na mgbanwe mmadụ dum exome sequencing ọrụ nwere ụzọ abụọ dị iche iche exon na-ejide atụmatụ dị iji zute ebumnuche nyocha dị iche iche.
-
Usoro Mpempe Mpempe Akọwapụtara kpọmkwem-Locus (SLAF-Seq)
Genotyping dị elu, karịsịa na ọnụ ọgụgụ buru ibu, bụ nzọụkwụ dị mkpa na ọmụmụ ihe ọmụmụ mkpụrụ ndụ ihe nketa ma na-enye ndabere mkpụrụ ndụ ihe nketa maka nchọpụta mkpụrụ ndụ na-arụ ọrụ, nyocha evolushọn, wdg. Kama nke ukwuu genome re-sequencing.Mbelata nnochite anya Genome Sequencing (RRGS)A na-ejikarị ya n'ọrụ na ọmụmụ ihe ndị a iji belata ọnụ ahịa usoro n'otu n'otu ma na-ejigide arụmọrụ ezi uche dị na ya na nchọpụta mkpụrụ ndụ ihe nketa. RRGS na-enweta nke a site na iji enzymes mmachi gbarie DNA na ilekwasị anya n'ụdị nha nha, si otú a na-ahazi naanị obere akụkụ nke genome. N'ime usoro RRGS dị iche iche, Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF) bụ usoro a na-ahazi na nke dị elu. Usoro a, nke BMKGene mepụtara n'onwe ya, na-ebuli mmachi mmachi etinyere maka ọrụ ọ bụla. Nke a na-eme ka ọgbọ nke mkpado SLAF dị ukwuu (mpaghara 400-500 bps nke genome na-ahazi) bụ nke a na-ekesa n'otu n'otu n'ofe genome ka ọ na-ezere mpaghara ugboro ugboro nke ọma, si otú a na-emesi ike nchọpụta mkpụrụ ndụ ihe nketa kacha mma.
-
Illumina emeburu ọba akwụkwọ
Teknụzụ usoro nke Illumina, dabere na Sequencing site Synthesis (SBS), bụ ihe ọhụrụ NGS nabatara n'ụwa niile, na-ahụ maka imepụta ihe karịrị 90% nke data usoro usoro ụwa. Ụkpụrụ nke SBS na-agụnye ịse foto n'ụdị fluorescent nke a na-akpọ reversible terminators ka agbakwunyere dNTP ọ bụla, ma mesịa kewaa iji kwe ka ntinye nke ntọala na-esote. N'ebe dNTP anọ niile na-atụgharị akwụsị akwụsị dị na usoro usoro nke ọ bụla, asọmpi eke na-ebelata mbuso agha. Teknụzụ a na-agbanwe agbanwe na-akwado ma ụlọ akwụkwọ ọbá akwụkwọ na-agụ otu na nke jikọtara ọnụ, na-enye ọtụtụ ngwa genomic. Ikike dị elu nke Illumina sequencing na nke ziri ezi tinye ya dị ka isi nkuku na nyocha nke genomics, na-enye ndị ọkà mmụta sayensị ike ka ha kpughee mgbagwoju anya nke genome nwere nkọwa na arụmọrụ enweghị atụ.
Ọrụ usoro ọba akwụkwọ anyị emeburu na-enyere ndị ahịa aka ịkwadebe ọba akwụkwọ usoro sitere na isi mmalite dị iche iche (mRNA, genome dum, amplicon, ọba akwụkwọ 10x, na ndị ọzọ). N'ikpeazụ, enwere ike ibuga ọba akwụkwọ ndị a gaa na ebe a na-ahazi usoro anyị maka njikwa mma na nhazi usoro na nyiwe Illumina.