Osisi / anụmanụ devonono
De novoSequencing na-ezo aka na owuwu nke ụdị ụdị 'nke mkpụrụ edemede na-eji teknụzụ Sequences na enweghị mkpụrụ ndụ ọzọ. Okwu mmeghe na ntinye nke atọ zuru ebe niile, na-egosi ogologo nzukọ na-agụ, nwere nzukọ ọmụmụ ihe dị n'etiti ndị na-agụ. Nkwalite a dị oke mkpa mgbe ị na-emeso ihe ịma aka dị elu, dị ka ndị na-egosi usoro dị iche iche, ma ọ bụ ihe dị oke njọ na-adịkarị mkpa naanị ya.
Ngwọta anyị na-akwụsị na-aza ọrụ na-adịghị mma na nyocha nke bioiniinformatic na-ebugara Novo Lonvented Genome. Nyocha nke mkpụrụ ndụ nke mbụ na-enye atụmatụ nke nha nke mkpụrụ ndụ na mgbagwoju anya, a na-eji ozi a na-eduzi usoro nke ọzọ na pacbio HIFI, sochiride novoMgbakọ nke nzukọ. Ojiji nke nzukọ HIC na-enyere arịlịnaka nke ihe ọmụmụ ihe na Genome, na-enweta mgbakọ chromosome-larịị. N'ikpeazụ, amụma ọgụgụ mkpụrụ ndụ mkpụrụ ndụ mkpụrụ ndụ a na-egosipụta, na-emegharị ya na transcisimes na-agụ.
Atụmatụ Ọrụ
Itinye aka nke otutu uzo na oru dionimatic na otu uzo:
Nnyocha nke mkpụrụ ndụ mkpụrụ nke mkpụrụ ndụ Keyme nwere Lightlina na Uncialina Top nha na nduzi na-eduzi;
Ogologo oge gụrụ usoro makade novoMgbakọ nke nzukọ;
Hi-c sequing maka chromosome arịchomi;
Mrna usoro maka njikọta nke mkpụrụ ndụ ihe nri;
Nkwado nke Mgbakọ.
● Amụma na-arụpụta akwụkwọ ọgụgụ atọ ma ọ bụ ndozi nke mkpụrụ ndụ nke akwụkwọ ọgụgụ dị adị maka ụdị mmasị.
Uru bara uru
Mmepe nke nyiwe nke na - eme mkpọtụ na bioinformaticsde novoMgbakọ Keypome
(Amarasingheng sle et al.,Ihe omumu ihe omumu, 2020)
●Nnukwu ọrụ na ndekọ mbipụta: Bmknene enweela nnukwu ahụmịhe nke nzukọ nzukọ dị iche iche dị oke mkpa, gụnyere General General na ihe omimi dị mgbagwoju anya nke polyploid na oke ohia. Kemgbe afọ 2018, anyị ejirila aka ikeA na-ebipụta akwụkwọ ndị na-akpata nsogbu, na 20+ n'ime ha na mkpụrụ ndụ ihe nketa.
● Ngwọta otu: Anyị ga-ejikọ ọnụ ọgụgụ anyị na-ejikọta ọtụtụ teknụzụ sek na-ahụ maka teknụzụ na nyocha bionieinformatic dị ka ihe na-arụ ọrụ ọnụ, na-ebute ihe dị oke mma.
●Haziri mkpa gị: Ọrụ ndị ọrụ anyị bụ nhọrọ na-enweghị nkwenkwe, na-ekwe ka mmegharị maka mkpụrụokwu na njiri dị iche iche na mkpa nyocha ụfọdụ. Nke a gụnyere ebe obibi nke ukwuu, polyploid Genomynous, nke dị elu, na ndị ọzọ.
●Bionatics nwere nnukwu ọrụ na ndị otu ọrụ: Site na nnukwu ahụmịhe na nnwale na nke bioinformatics n'ihu dị mgbagwoju anya nke mkpụrụ ndụ ihe dị mgbagwoju anya na ọtụtụ usoro na ikikere ngwanrọ.
●Nkwado Azụmaahịa:Nraranye anyị na-agbatị gafere ọrụ na-emecha na oge ọrụ ọnwa atọ. N'oge a, anyị na-enye enyemaka na-esochi, enyemaka nsogbu, na Q & A na-ekwu maka ajụjụ ọ bụla metụtara nsonaazụ ya.
Nkọwapụta ọrụ
| Nnyocha Mmeghari | Mgbakọ Keypome | Chromosome-larịị | Kenome dennetation |
| 50x Why Liminah Novaseq pe150
| 30x Pacbio CCS Hifi Na-agụ | 100x hi-c | RNA-SOL Wind Mott150 10 GB + (Nhọrọ) Zuru oke RNA-SEQ Pacbio 40 GB ma ọ bụ Nanopore 12 GB |
Ihe ị chọrọ
Maka nyocha mkpụrụ edemede, nzukọ Generime na Hi-C CA:
| Anụ ahụ ma ọ bụ wepụta nucleic acid | Nnyocha Mmeghari | Mgbakọ Keybio na pacbio | Nnọkọ Hi-C |
| Anumanu viscera | 0.5-1 g
| ≥ 35 g | ≥2 g |
| Akwara anụmanụ | 5 g | ||
| Ọbara mammalian | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Ọkọlọ ọkụkọ / azụ | ≥ 0,5 ml | ||
| Osisi dị ọhụrụ | 1-2 g | 5 g | ≥ 4 g |
| Mkpụrụ ndụ ndị ọzọ |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Ahuhu | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Ewepụtara DNA | Intata: ≥1 NG / μl Ego ≥ 30 ng Amachi ma ọ bụ enweghị mmerụ ahụ ma ọ bụ mmerụ ahụ | Intata: ≥ 50 ng / μl Ọnụ ego: 10 μg / Flow Cell / Nlele OD260 / 280 = 1.7-2.2 OD260 / 230 = 1.8-2.5 Amachi ma ọ bụ enweghị mmerụ ahụ ma ọ bụ mmerụ ahụ |
-
|
Maka mkpụrụ ndụ mkpụrụokwu na transcriptics:
| Anụ ahụ ma ọ bụ wepụta nucleic acid | Redry Limicome | Pacbio transcrame | Nanopore transcriptio |
| Osisi / azuokokoosisi / petal | 450 mg | 600 mg | |
| Osisi - akwukwo / Mfri | 300 mg | 300 mg | |
| Osisi - Mkpụrụ | 1.2 g | 1.2 g | |
| Obi anụmanụ / eriri afọ | 300 mg | 300 mg | |
| Anụmanụ viscera / ụbụrụ | 240 mg | 240 mg | |
| Akwara anụmanụ | 450 mg | 450 mg | |
| Ọkpụkpụ anụmanụ / ntutu / akpụkpọ ahụ | 1 g | 1 g | |
| Arythpod - ahụhụ | 6 | 6 | |
| Arthropod -cristacea | 300 mg | 300 mg | |
| Ọbara niile | 1 tube | 1 tube | |
| Ewepụta rna | Ileda: ≥ 20 ng / μl Ọnụ ego ≥ 0.3 μg OD260 / 280 = 1.7-25 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 6 5≥28s / 18s≥1 | Ileda: ≥ 100 ng / μl Ọnụ ego ≥ 0.75 μg OD260 / 280 = 1.7-25 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 8 5≥28s / 18s≥1 | Ileda: ≥ 100 ng / μl Ọnụ ego ≥ 0.75 μg OD260 / 280 = 1.7-25 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin7.5 5≥28s / 18s≥1 |
Nnyefe nlele tụrụ aro
Akpa: 2 ml centrifuge (tuhi anaghị atụ aro ya)
(Maka ọtụtụ ihe atụ, anyị na-akwado ka anyị ghara ichebe Ethanol.)
A na-eme nyocha nlele: Ihe nlele ga-abụrịrị aha ya nke ọma ma mekwaa ụdị ozi nlele nyefere.
Mbupu: Ahịa-ice: A ga-enwerịrị ihe ndị dị na akpa mbụ ma lie ya na ice.
Na-arụ ọrụ
Ọrụ Ọrụ
Nchọpụta nnwale
Nyefe Inye Aka
Mmịpụta DNA
Ọbá Akwụkwọ Ewu
Sequencing
Nyocha data
Ọrụ Ahịa
Nyocha Bioininformatic zuru ezu, kewapụrụ ya na usoro 4:
1) nyocha mkpụrụ osisi mkpụrụ edemede, dabere na nyocha K-Mer na NGS na-agụ:
Na-atụ atụmatụ nha mkpụrụ ndụ
Ntule nke heterozygossos
Atụmatụ nke mpaghara mpaghara
2) Genome nzukọ nwere pacbio Hifi:
De novomkpokota
Nnyocha nzukọ: tinyere nyocha nke Busco maka izu oke na ịhazi azụ NGS na Pacbio Hifi Na-agụ
3) Hi-C Assembly:
Ndewo Li-C. CC: Atụmatụ nke mmekọrịta dị mma Hi-C
Nkọ Bo-C nke Con: Corligigs na Otu dị iche iche, na-esochi n'usoro nke ọ bụla na kenye usoro nchịkọta
Ndewo Nnyocha
4) Echiche Genome:
Amụma na-abụghị nkọwa
Achịkọta Usoro Omume Ọnọdụ (Nbugharị na Tandem ugboro)
Amụma Amụma
KeDe novo: ABAME MGBE
Dabere na Honology
Site na transcrcome, na ogologo ma dị mkpụmkpụ: ndị na-agụ bụde novogbakọtara ma ọ bụ nke a dọtara
§ extation nke mkpụrụ ndụ ihe nketa na ọtụtụ ọdụ data
1) ihe omumu ihe omumu ihe omumu
2)
2) Nzukọ Genebome - Pacbio HIFI na-agụ akwụkwọ itinye aka na mgbakọ
2) Hi-C Nzukọ - Atụmatụ nke Hi-C
3) Hi-c post-Mbido Mgbakọ
4) Genome edemede - njikọta nke mkpụrụ ndụ ihe nketa
4) Echiche Genome - Olu nke ihe nketa mkpụrụ ndụ ihe nketa
Nyochaa ọdụ ahụ na-eme ka ọganihu dị na Ọrụ Nnọkọ BMKGOME na-aga n'ihu site na nchịkọta nke akwụkwọ:
Li, C. et al. (2021) 'Usoro usoro mkpụrụ ndụ mkpụrụokwu na-ekpughe ụzọ mkpụrụ ndụ ụwa na-atụ aro ka mmegharị mkpụrụ ndụ ụwa niile na-atụ aro na Senionsher Evolution', nkwukọrịta nke okike, 12 (1). DI: 10.1038 / S41467-021-21379-x.
Li, y. et al. (2023) 'Mgbanwe Nnukwu chromoSomal na-eduga na mgbanwe nke mkpụrụokwu mkpụrụokwu, mmegharị gburugburu ya, na Fadacularis)', usoro mmụta ihe omimi nke ihe ọmụmụ na evolushọn, 40 (1). DOI: 10.1093 / Molbev / Msad006.
Tian, t. e et al. (2023) 'Nzukọ General na mkpụrụ ndụ ihe nketa nke ụkọ mmiri na-eguzogide ọgwụ na-eguzogide ọgwụ ọnụ', nke mkpụrụ ndụ mkpụrụ ndụ 2023: 3, 55 (3), pp. 496-506. DI: 10.1038 / S41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Na-ekpughe mmalite nke Bookynthes alkaloyo site na inyocha ihe abụọ na ezinụlọ Solanaceae', onye na-ahụ maka okike 2023: 1, 14 (1), pp. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Ihe omumu okwu ikpe:
Njedebe nke Tolomere:FU, A. et al. (2023) 'Nzukọ Genomere to-telome nke telome nke telomen (Momordica Charial L. Va. Nchịkọta ndenye ihe ọmụmụ nke mkpụrụ ndụ, 10 (1). DOI: 10.1093 / hr / uhac228.
Mgbakọ HAPLOTYE:HU, W. e. (2021) 'Alese-akọwapụtara iche na-ekpughe ọdịiche na-ekpughe ihe dị iche iche n'oge cassava Evolution, ihe ọkụkụ, 14 (PP 851-854. DI: 10.1016 / J.molp.2021.04.009.
Mgbakọ Geniptome:Yuan, J. et al. (2022) 'Ihe ngosi nke Gega-chromosomes na Giga-Onome nke osisi peony paonia ostii', nkwukọrịta nke okike 2022: 1, 13 (1), pp. 1-16. DI: 10.1038 / S41467-022-35063-1.
Mgbakọ Polyploid:Zhang, Q. et al. (2023 DOI: 10.1038 / S41588-022-01084-1.
