Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Banye

Ngwaahịa

Genetics evolushọn

Genetics evolushọn bụ ọrụ usoro nhazi zuru oke emebere iji nye nkọwa nghọta nke mgbanwe n'ime otu nnukwu mmadụ, dabere na mgbanwe mkpụrụ ndụ ihe nketa, gụnyere SNPs, InDels, SVs, na CNV. Ọrụ a gụnyere nyocha niile dị mkpa achọrọ iji kọwapụta mgbanwe mgbanwe evolushọn na njirimara mkpụrụ ndụ ihe nketa nke ndị mmadụ, gụnyere ntule nhazi ọnụ ọgụgụ mmadụ, ụdị mkpụrụ ndụ ihe dị iche iche, na mmekọrịta phylogenetic. Ọzọkwa, ọ na-abanye n'ime ọmụmụ ihe gbasara mkpụrụ ndụ ihe nketa, na-eme ka atụmatụ ọnụọgụ ọnụọgụgụ dị irè na oge dị iche iche. Ọmụmụ mkpụrụ ndụ ihe nketa evolushọn na-enye nghọta bara uru banyere mmalite na mgbanwe nke ụdị.

Na BMKGENE, anyị na-enye ụzọ abụọ maka iduzi ọmụmụ mkpụrụ ndụ ihe nketa evolushọn na ọnụ ọgụgụ buru ibu: iji usoro genome zuru oke (WGS) ma ọ bụ ịhọrọ usoro nhazi mkpụrụ ndụ mbelata, ụlọ-mepụtara Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Ọ bụ ezie na WGS dabara na genome dị obere, SLAF na-apụta dị ka ụzọ dị ọnụ ala maka ịmụ ọnụ ọgụgụ buru ibu nke nwere ogologo genome, na-ebelata ọnụ ahịa usoro.

Kpọtụrụ anyị

Nkọwa ọrụ

Bioinformatics

Nsonaazụ ngosi

Akwụkwọ ndị egosipụtara

Uru ọrụ

Takagi et al.,Akwụkwọ akụkọ osisi, 2013

●Nyocha bioinformatic zuru oke:na-eme ka ntule nke mkpụrụ ndụ ihe nketa dị iche iche, nke na-egosipụta ikike evolushọn nke ụdị dị iche iche, na-ekpughe mmekọrịta phylogenetic a pụrụ ịdabere na ya n'etiti ụdị dị iche iche nwere mmetụta dị ntakịrị nke evolushọn na-agbanwe agbanwe na evolushọn yiri ya.

●Nhọrọ ahaziri nyocha: dị ka ntule oge dị iche iche na ọsọ ọsọ dabere na ọdịiche dị na nucleotide na ọkwa amino acid.

●Ọkachamara sara mbara na ndekọ mbipụta: BMKGene achịkọtala oke ahụmahụ na onu ogugu na evolushọn genetics oru ngo ihe karịrị 15 afọ, na-ekpuchi puku kwuru puku ụdị, wdg ma nyere aka n'elu 1000 elu-larịị oru ngo e bipụtara na Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, wdg.

● Ndị otu bioinformatics nwere nkà dị ukwuu na okirikiri nyocha dị mkpirikpi: nwere ahụmịhe dị ukwuu na nyocha genomics dị elu, ndị otu BMKGene na-enye nyocha zuru oke na oge ntụgharị ngwa ngwa.

● Nkwado mgbe ọrịre ahịa:Nkwenye anyị ga-agafe karịa mmecha ọrụ yana oge ọrụ ọnwa 3 gachara. N'ime oge a, anyị na-enye nlebanya ọrụ, enyemaka nchọpụta nsogbu, yana oge ajụjụ & A iji zaa ajụjụ ọ bụla metụtara nsonaazụ ya.

Nkọwa ọrụ yana ihe achọrọ

Ụdị usoro

Ọnụ ọgụgụ ndị akwadoro

Usoro usoro

Nucleotide chọrọ

Usoro genome niile

≥ Ndị mmadụ 30, nwere ≥ 10 ndị mmadụ sitere na obere otu ọ bụla

10x

Ntinye uche: ≥ 1ng/µL

Ngụkọta ego≥ 30ng

Oke ma ọ bụ enweghị mmebi ma ọ bụ mmetọ

Iberibe Amplified Locus (SLAF) akọwapụtara nke ọma

Omimi mkpado:

10x

Ọnụọgụ mkpado:

<400 Mb: WGS ka akwadoro

<1Gb: mkpado 100k

1Gb

> 2Gb: mkpado 300k

Mkpado kacha 500k

Ntinye uche ≥ 5 ng/µL

Mkpokọta ego ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280=1.6-2.5

Agarose gel: enweghị ma ọ bụ oke mmebi ma ọ bụ mmetọ

Usoro ọrụ ọrụ

Nnwale imewe

Nbufe ihe atụ

Ịrụ ụlọ akwụkwọ

Usoro

Nyocha data

Mgbe-ire ọrụ

Nke gara aga: Nnukwu nyocha Segregant

Osote: Metabolomics

Ọrụ gụnyere nyocha nke nhazi ọnụ ọgụgụ mmadụ (osisi phylogenetic, PCA, chaatị ọnụ ọgụgụ mmadụ), ụdị dị iche iche nke ndị mmadụ, na nhọrọ ọnụọgụgụ (njikọ na-adịghị mma, nhọrọ-nhọrọ nke saịtị ndị bara uru). Ọrụ ahụ nwekwara ike ịgụnye nyocha ahaziri ahazi (dịka oge mgbanwe, mkpụrụ ndụ ihe nketa).

*Nsonaazụ ngosi egosiri ebe a sitere na genome bipụtara ya na BMKGENE

1.Evolution analysis nwere owuwu nke phylogenetic osisi, onu ogugu mmadu Ọdịdị na PCA dabeere na mkpụrụ ndụ ihe nketa ọdịiche.

Osisi Phylogenetic na-anọchite anya mmekọrịta taxonomic na evolushọn n'etiti ụdị ndị nwere nna ochie.
PCA chọrọ iji anya nke uche hụ ịdị nso n'etiti ndị obodo.
Ọdịdị ọnụ ọgụgụ mmadụ na-egosi ọnụnọ nke mkpụrụ ndụ ihe nketa dị iche iche n'usoro nke ugboro ole.

3-1 Phylogenetic-osisi 3-2 PCA 3-3 Ndị mmadụ-ihe owuwu

Chen, et. al.,PNAS, 2020

2.Nhọrọ ihicha

Ntucha nhọrọ na-ezo aka na usoro nke ahọpụtara saịtị bara uru yana mmụba ugboro nke saịtị na-anọpụ iche jikọtara ọnụ yana belata nke saịtị enweghị njikọ, na-ebute mbelata mpaghara.

A na-ahazi nchọpụta genome-obosara na mpaghara mkpochapụ ahọpụtara site na ịgbakọ mkpụrụ ndụ mkpụrụ ndụ mmadụ (π, Fst, Tajima's D) nke SNP niile n'ime windo na-amị amị (100 Kb) n'oge ụfọdụ (10 Kb).

Nucleotide di iche iche (π)
4Nucleotide-diversity (π)

Tajima's D
5 Tajima-D

Ndekọ ndozi (Fst)

6 Mmezi-index (Fst)

Wu, et. al.,Osisi Molecular, 2018

3.Gene Flow

7Gene-eruba

Wu, et. al.,Osisi Molecular, 2018

4.Demographic akụkọ ihe mere eme

8 Akụkọ igwe mmadụ-akụkọ

Zhang, et. al.,Nature Ecology&Evolution, 2021

5.Divergence oge

9 Oge ọdịiche

Zhang, et. al.,Nature Ecology&Evolution, 2021

Nyochaa ọganihu nke ọrụ mkpụrụ ndụ ihe nketa evolushọn BMKGene kwadoro site na nchịkọta akwụkwọ ndị echekwabara:

Hassanyar, AK et al. (2023) 'Nchọpụta nke SNP Molecular Markers na Candidate Genes jikọtara ya na Sacbrood Virus Resistance na Apis cerana cerana Larvae site na dum-Genome Resequencing',Akwụkwọ akụkọ ụwa nke sayensị molecular, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.

Chai, J. et al. (2022) 'Nchọpụta nke ọhịa, mkpụrụ ndụ ihe nketa dị ọcha nnukwu salamander nke China na-emepụta ohere nchekwa ọhụrụ',Nchọpụta Zoological, 2022, Vol. 43, Isi nke 3, Ibe: 469-480, 43(3), p. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.

Han, M. et al. (2022) 'Ụkpụrụ Phylogeographical na Population Evolution History of Indigenous Elymus sibiricus L. na Qinghai-Tibet Plateau',Oke na sayensị osisi, 13, p. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.

Wang, J. et al. (2022) 'Nghọta Genomic n'ime evolushọn ogologo oge site na mgbakọ chromosome-larịị genome na mkpụrụ ndụ ọnụ ọgụgụ mmadụ nke longan accessions',Nnyocha Horticulture, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.