Illumina emeburu ọba akwụkwọ
Atụmatụ
●Platform:Illumina NovaSeq 6000 na NovaSeq X Plus
●Ụdị usoro:PE150 na PE250
●Njikwa ogo nke ọba akwụkwọ tupu usoro
●Usoro data QC na nnyefe:nnyefe nke akụkọ QC na data raw na usoro fastq mgbe demultiplexing na nzacha Q30 na-agụ
Uru ọrụ
●Ọdịiche nke ọrụ usoro:onye ahịa nwere ike họrọ usoro n'usoro site n'okporo ụzọ, cell flow cell, ma ọ bụ site na ọnụọgụ data achọrọ (usoro nke akụkụ ụzọ).
●Ahụmahụ dị ukwuu na ikpo okwu usoro usoro Illumina:na ọtụtụ puku ọrụ mechiri emechi nwere ụdị dị iche iche.
●Mbufe nke usoro QC akụkọ:ya na metrik dị mma, izi ezi data na ịrụ ọrụ n'ozuzu nke usoro nhazi.
●Usoro usoro nke tozuru oke:na obere oge mgbanwe.
●Njikwa ogo siri ike: anyị na-emejuputa iwu QC siri ike iji kwe nkwa ịnye nsonaazụ dị elu mgbe niile.
Ihe atụ Platform
| Platform | Cell eruba | Usoro usoro | Nkeji | Mbupute echere |
| NovaSeq X | 10B (ụzọ 8) | PE150 | Otu ụzọ Akụkụ akụkụ | 375Gb / uzo |
| 25B (ụzọ 8) | PE150 | Otu ụzọ Akụkụ akụkụ | 1000 Gb/Ụdị | |
| NovaSeq 6000 | SP Flow cell (ụzọ abụọ) | PE250 | Cell eruba Otu ụzọ Akụkụ akụkụ | 325-400 M na-agụ / Lane |
| S4 Flow cell (ụzọ 4) | PE150 | Cell eruba Otu ụzọ Akụkụ akụkụ | ~ 800 Gb / uzo |
Ihe atụ chọrọ
| Ọnụ ego data (X) | Ntinye uche (qPCR/nM) | Olu | |
| Usoro akụkụ akụkụ
| X ≤ 10 Gb | ≥1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 Gb <X ≤ 50 Gb | ≥2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 Gb <X ≤ 100 Gb | ≥3 nM | ≥ 25 μl | |
| X> 100 Gb | ≥4 nM | ≥ 25 μl | |
| Usoro usoro | Kwa Lane | ≥ 1.5 nM / ọdọ mmiri | ≥ 25 μl / ọdọ mmiri |
Na mgbakwunye na itinye uche na mkpokọta ego, a chọkwara ụkpụrụ kacha elu kwesịrị ekwesị.
Mara: Usoro nke ọba akwụkwọ dị iche iche dị ala chọrọ PhiX spike-in iji hụ na ọkpụkpọ ntọala siri ike.
Anyị na-akwado ịnyefe ọba akwụkwọ agbakọgoro dị ka ihe atụ. Ọ bụrụ na ịchọrọ BMKGENE ka ọ rụọ ikpokọta ọba akwụkwọ, biko rụtụ aka
chọrọ n'ọbá akwụkwọ maka usoro akụkụ akụkụ ụzọ.
Nha ọba akwụkwọ (maapụ kacha elu)
Ọnụ kacha elu kwesịrị ịdị n'ime 300-450 bp.
Ọbá akwụkwọ kwesịrị inwe otu ọnụ ọgụgụ kacha elu, enweghị mmetọ ihe nkwụnye na enweghị ihe nrịbama.
Biko kpọtụrụ anyị ma ọ bụrụ na nlele gị emezughị ihe mmalite ihe achọrọ.
Usoro ọrụ ọrụ
Njikwa ogo ụlọ akwụkwọ
Usoro
Njikwa ogo data
Nnyefe oru ngo
Akụkọ ụlọ akwụkwọ QC
A na-enye akụkọ maka ogo ụlọ akwụkwọ ahụ tupu usoro nhazi, nyochaa ego ọbá akwụkwọ, na nkewa.
Usoro nke akụkọ QC
Tebụl 1. Statistics na usoro data.
| NJ nlele | BMKID | Raw na-agụ | Data raw (bp) | Ọgụgụ dị ọcha (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
| C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6,861,036,000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
| C_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
Ọgụgụ 1. Ogo nkesa tinyere na-agụ na nke ọ bụla sample
Ọgụgụ 2. Isi nkesa ọdịnaya
Ọgụgụ 3. Nkesa nke ọdịnaya agụ na usoro data
