Genomics atụnyere
Uru ọrụ
●Ọkachamara sara mbara na ndekọ mbipụta: na-akwakọba, BMKGene emechaala ihe karịrị 90 genomics comparative organised, na mkpokọta mmetụta ihe ruru 900.
●Nyocha bioinformatics zuru oke: ngwugwu nyocha nwere nyocha asatọ a na-achọkarị, na-enye ọnụ ọgụgụ dị njikere ibipụta nke ọma ma na-enye ohere maka nkọwa dị mfe nke nsonaazụ.
●Ndị otu bioinformatics nwere nkà dị ukwuu na okirikiri nyocha dị mkpirikpi: nwere ahụmịhe dị ukwuu na nyocha genomics atụnyere, ndị otu BMKGene na-emezu ihe nyocha ahaziri iche dị iche iche n'oge obere oge.
●Nkwado mgbe ọrịre ahịa:Nkwenye anyị ga-agafe karịa mmecha ọrụ yana oge ọrụ ọnwa 3 gachara. N'ime oge a, anyị na-enye nlebanya ọrụ, enyemaka nchọpụta nsogbu, yana oge ajụjụ & A iji zaa ajụjụ ọ bụla metụtara nsonaazụ ya.
Nkọwapụta ọrụ
| Atụmatụ ngbanwe oge | Ọnụọgụ nke ụdị | Nyocha |
| 30 ụbọchị ọrụ | 6-12 | Nchịkọta ezinụlọ Gene Mgbasawanye na mkpirisi ezinụlọ Gene Ewu osisi phylogenetic Ntụle oge dị iche (chọrọ nhazi nke fosil) Oge ntinye LTR (maka osisi) Ntugharị genome dum (Maka osisi) Nrụgide nhọrọ Nyocha synteny |
Nyocha bioinformatics
● Ezinụlọ Gene
● Mkpụrụ ndụ ihe nketa
● Oge mgbanwe
● nrụgide nhọrọ
● Nyocha nke synteny
Ihe nlele chọrọ na nnyefe
Ihe atụ chọrọ:
Tissue ma ọ bụ DNA maka nhazi genome na mgbakọ
Maka anụ ahụ
| Ụdị | Anụ ahụ | Nyocha | Ọnụ ego nke PacBio CCS |
| Anụmanụ | Anụ ahụ visceral | 0,5-1 g | ≥ 3.5 g |
| Anụ ahụ akwara | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| 5.0 ml nke mmiri ara ehi | |||
| Ọbara anụ mammali | |||
| 0.5 ml nke mmiri ara ehi | |||
| Anụ ọkụkọ/Ọbara azụ | |||
| Osisi | Akwụkwọ ọhụrụ | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Petal/stem | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| Mgbọrọgwụ/Mkpụrụ | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 g | |
| Selụ | cell mebere | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Faịlụ usoro genome(.fasta) na faịlụ nkọwa (.gff3) nke ụdị nwere njikọ chiri anya
Usoro ọrụ ọrụ
Nnwale imewe
Nbufe ihe atụ
Ịrụ ụlọ akwụkwọ
Usoro
Nyocha data
Mgbe-ire ọrụ
*Nsonaazụ ngosi egosiri ebe a sitere na genome bipụtara na Teknụzụ Biomarker
Ntinye oge 1.LTR: Ọnụ ọgụgụ ahụ gosipụtara nkesa bimodal pụrụ iche na oge ntinye LTR-RT na Weining rye genome, ma e jiri ya tụnyere ụdị ndị ọzọ. Ọnụ ọgụgụ kacha ọhụrụ pụtara ihe dị ka nde afọ 0.5 gara aga.
Li Guang et al.,Genetics okike, 2021
2.Phylogeny na gene family analysis on chayote (Sechium edule): Site n'ịtụle chayote na ụdị 13 ndị ọzọ metụtara na ezinụlọ mkpụrụ ndụ ihe nketa, a chọpụtara na Chayote nwere njikọ chiri anya na gourd agwọ (Trichosanthes anguina). Chayote sitere na gourd agwọ na gburugburu 27-45 Mya na dum genome mbiputegharị (WGD) ka hụrụ na chayote na 25± 4 Mya, nke bụ ihe omume WGD nke atọ na cucuibitaceae.
Fu A et al.,Nnyocha Horticulture, 2021
3.Synteny analysis: Ụfọdụ mkpụrụ ndụ ihe nketa metụtara phytohormones na mmepe mkpụrụ osisi ka a hụrụ na chayote, gourd agwọ na skwọsh. Mmekọrịta dị n'etiti chayote na skwọsh dị ntakịrị elu karịa nke dị n'etiti chayote na gourd agwọ.
Fu A et al.,Nnyocha Horticulture, 2021
4.Gene nyocha ezinụlọ: nkwalite KEGG na mgbasawanye ezinụlọ na mkpirisi na G.thurberi na G.davidsonii genomes gosiri na steroid biosynthesis na brassinosteroid biosynthesis metụtara mkpụrụ ndụ ihe nketa.
Yang Z et al.,BMC Biology, 2021
5.Ntụle mbigharị genome dum: 4DTV na nyocha nkesa Ks gosipụtara ihe omume mbigharị genome dum. Ọnụ ọgụgụ kacha elu nke intraspecies gosipụtara mmemme mpịaji. Ọnụ ọgụgụ kacha nke interspecies gosiri mmemme ntukọ. Nnyocha ahụ gosiri na atụnyere ụdị atọ ndị ọzọ nwere njikọ chiri anya, O. europaea gara n'ọtụtụ mkpụrụ ndụ ihe nketa n'oge na-adịbeghị anya.
Rao G et al.,Nnyocha Horticulture, 2021
Okwu BMK
Rose na-enweghị prickle: nghọta genomic jikọtara na mmegharị mmiri
Ebipụtara: Nyocha Sayensị Mba, 2021
Atụmatụ usoro:
'Basye'sEjighi ogwu' (R.Wichurainan) genome:
Ihe ruru. 93 X PacBio + ihe ruru. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Nsonaazụ igodo
1.High mma R.wichuraiana genome e wuru na-eji ogologo-agụ usoro usoro, nke na-enye mgbakọ nke 530.07 Mb (Empụtara genome size bụ mkpokọta 525.9 Mb site flow cytometry na 525.5 site genome nnyocha e mere; Heterozygosity bụ gburugburu 1.03%). BUSCO mere atụmatụ akara bụ 93.9%. N'iji ya tụnyere "Old blush" (haploOB), ịdị mma na izu oke nke genome a kwadoro site na nzizi isi otu isi na nchịkọta mgbakọ LTR (LAI = 20.03). R.wichuraiana genome nwere mkpụrụ ndụ ihe nketa protein 32,674.
2.Multi-omics nkwonkwo nyocha, nke mejupụtara genomics comparative, transcriptomics, QTL nyocha nke mkpụrụ ndụ ihe nketa, kpughere nkọwa dị mkpa n'etiti R. wichuraiana na Rosa chinensis. Ọzọkwa, mgbanwe okwu nke mkpụrụ ndụ ihe nketa metụtara na QTL nwere ike jikọta ya na ụkpụrụ prickle.
Ntụle mkpụrụ ndụ ihe nketa dị n'etiti Basye;s Thornless na Rosa chinensis gụnyere nyocha synteny, ụyọkọ ezinụlọ, mgbasawanye na mkpirisi nyocha, kpughere ọnụ ọgụgụ dị ukwuu nke ọdịiche, nke metụtara àgwà dị mkpa na Roses. Mgbasawanye pụrụ iche na ezinụlọ NAC na FAR1/FRS nwere ike jikọta ya na nguzogide ntụpọ ojii.
Ntụle mkpụrụ ndụ ihe atụ n'etiti BT na haploOB genomes.
Zhong, M., et al. "Rose enweghị prickle: nghọta genomic jikọtara ya na mmegharị mmiri"Nyocha Sayensị Mba, 2021;, nwab092.
