De novo Bacterial Genome Assembly
Anyị na-enye ọrụ mgbakọ genome nje zuru oke, na-ekwe nkwa 0 gaps. Nke a ga-ekwe omume site na ijikọ teknụzụ usoro usoro ọgụgụ dị ogologo, dị ka Nanopore na PacBio maka mgbakọ na usoro ọgụgụ dị mkpirikpi na Illumina maka nkwado mgbakọ na mmezi njehie nke ONT na-agụ. Ọrụ anyị na-enye usoro ọrụ bioinformatic zuru oke site na mgbakọ, nkọwa ọrụ, yana nyocha bioinformatic dị elu, na-emezu ebumnuche nyocha akọwapụtara. Ọrụ a na-enyere aka ịmepụta mkpụrụ ndụ ihe nketa kpọmkwem maka ọmụmụ mkpụrụ ndụ ihe nketa na mkpụrụ ndụ dị iche iche. Na mgbakwunye, ọ na-etolite ntọala maka ngwa dị ka njikarịcha nje, injinia mkpụrụ ndụ ihe nketa, na mmepe teknụzụ microbial, na-ahụ na data genomic na-enweghị oghere dị oke mkpa maka ịkwalite nghọta sayensị na ihe ọhụrụ teknụzụ biotechnology.
Atụmatụ ọrụ
● Site na nhọrọ abụọ enwere ike ịhọrọ site na dabere n'ogo genome zuru oke achọrọ.
● Nhọrọ Genome Draft: Usoro ọgụgụ dị mkpụmkpụ na Illumina NovaSeq PE150.
● Mezue 0 oghere genome.
● Usoro ọgụgụ ogologo na Nanopore PromethION 48 ma ọ bụ PacBio Revio maka mgbakọ genome.
● Usoro ọgụgụ dị mkpirikpi na Illumina NovaSeq maka nkwado genome na mmezi njehie (Nanopore) ma ọ bụ ịmepụta mkpụrụ ndụ ihe nketa.
Uru ọrụ
●genome efu na-ekwe nkwa: Nke a bụ n'ihi ntinye nke Illumina sequencing na ogologo usoro ọgụgụ (Nanopore ma ọ bụ PacBio).
●Usoro ọrụ bioinformatics zuru ezu:Nke a na-agụnye mgbakọ genome na amụma nke ọtụtụ ihe mkpụrụ ndụ ihe nketa, nkọwa mkpụrụ ndụ ihe nketa na-arụ ọrụ, na ihe ngosi genome dị ka atụmatụ Circos.
●Ọkachamara sara mbara: Na n'elu 20,000 microbial genomes gbakọtara, BMKGENE na-eweta ihe karịrị afọ iri nke ahụmahụ, a ukwuu nkà analysis otu, keukwu ọdịnaya, na magburu onwe post-sales nkwado.
●Nkwado mgbe ọrịre ahịa:Nkwenye anyị ga-agafe karịa mmecha ọrụ yana oge ọrụ ọnwa 3 gachara. N'ime oge a, anyị na-enye nlebanya ọrụ, enyemaka nchọpụta nsogbu, yana oge ajụjụ & A iji zaa ajụjụ ọ bụla metụtara nsonaazụ ya.
●Ọtụtụ usoro usoro dị:Maka ebumnuche nyocha dị iche iche na ihe achọrọ maka izu oke genome.
Nkọwapụta ọrụ
| Ọrụ | Usoro usoro |
| Genome Draft | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (nhọrọ) |
Ihe atụ chọrọ:
| Ntinye uche (ng/µL) | Ngụkọta ego (µg) | Olu (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· nje bacteria: ≥3.5x1010 mkpụrụ ndụ
Usoro ọrụ ọrụ
Nbufe ihe atụ
Ịrụ ụlọ akwụkwọ
Usoro
Nyocha data
Mgbe-ire ọrụ
Gụnyere nyocha ndị a:
● Usoro njikwa ogo data
● Mgbakọ Genome
● Nyocha akụrụngwa nke genome: amụma CDS na ọtụtụ ihe genome
● Nkọwa ọrụ yana ọtụtụ ọdụ data izugbe (GO, KEGG, wdg) yana ọdụ data dị elu (kaadị, VFDB, wdg)
● Nleba anya nke genome
Anyị na-enye genome n'ụdị ngwa ngwa ngwa ngwa yana faịlụ nkọwa genome (gff).
Nkọwa mkpụrụ ndụ ihe nketa - Gaa
Nkọwa mkpụrụ ndụ - carbohydrates dị egwu
Nhụta genome - atụmatụ Circos
Nyochaa ọganihu ndị ọrụ mgbakọ nje bacteria nke BMKGene na-akwado site na nchịkọta akwụkwọ ndị echekwabara.
Dai, W. et al. (2023) 'Nchọpụta nke Bacteroides uniformis F18-22 dị ka ihe nchekwa na Novel Probiotic Bacterium maka ọgwụgwọ nke ulcerative colitis si na ahụike mmadụ',Akwụkwọ akụkọ International nke Science Molecular, 24 (19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Proteus mirabilis na-eguzogide ọtụtụ mmadụ na-ebu blaOXA-1 na blaNDM-1 sitere na anụ ọhịa na China: na-abawanye ihe ize ndụ ahụike ọha',Ngwakọta zoology, 16 (6), p. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'usoro genome zuru oke nke endophyte Bacillus flexus KLBMP 4941 na-ekpughe usoro nkwalite uto osisi ya na ndabere mkpụrụ ndụ ihe nketa maka nnabata nnu',Akwụkwọ akụkọ Biotechnology, 260, p. 38–41 . doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Plasmids Resistance Multiple Replicon Resistance Plasmids nke Klebsiella Mediate Mgbasa Mgbasa nke Genes Antimicrobial',Ọganihu na Microbiology, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
