Urutan bisulfit seluruh genom (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) berdiri sebagai metodologi standar emas untuk eksplorasi mendalam metilasi DNA, khususnya posisi kelima dalam sitosin (5-mC), pengatur penting ekspresi gen dan aktivitas seluler. Prinsip yang mendasari WGBS melibatkan pengobatan bisulfit, menginduksi konversi sitosin yang tidak termetilasi menjadi urasil (C ke U), sementara sitosin yang termetilasi tidak berubah. Teknik ini menawarkan resolusi basa tunggal, memungkinkan peneliti menyelidiki metilom secara komprehensif dan mengungkap pola metilasi abnormal yang terkait dengan berbagai kondisi, terutama kanker. Dengan menggunakan WGBS, para ilmuwan dapat memperoleh wawasan yang tak tertandingi mengenai lanskap metilasi genom, memberikan pemahaman yang berbeda tentang mekanisme epigenetik yang mendasari beragam proses biologis dan penyakit.
Fitur Layanan
● Membutuhkan genom referensi.
● DNA Lambda ditambahkan untuk memantau efisiensi konversi bisulfit.
● Urutan pada Illumina NovaSeq.
Keunggulan Layanan
●Standar Emas untuk Penelitian Metilasi DNA: Teknologi pemrosesan konversi metilasi yang matang ini memiliki akurasi tinggi dan reproduktifitas yang baik.
●Cakupan Luas dan Resolusi Basis Tunggal:deteksi situs metilasi pada tingkat genom yang luas.
●Platform Lengkap:memberikan layanan terbaik terpadu mulai dari pemrosesan sampel, pembangunan perpustakaan, pengurutan hingga analisis bioinformatika.
●Keahlian yang Luas: dengan keberhasilan proyek pengurutan WGBS pada beragam spesies, BMKGENE menghadirkan pengalaman lebih dari satu dekade, tim analisis yang sangat terampil, konten komprehensif, dan dukungan pasca-penjualan yang sangat baik.
●Kemungkinan untuk Bergabung dengan Analisis Transkriptomik: memungkinkan analisis terintegrasi WGBS dengan data omics lain seperti RNA-seq.
Spesifikasi Sampel
| Perpustakaan | Strategi Pengurutan | Keluaran data yang direkomendasikan | Kontrol kualitas |
| Diolah dengan bisulfit | Menerangi PE150 | kedalaman 30x | Q30 ≥ 85% Konversi bisulfit > 99% |
Persyaratan Sampel
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (µg) | Persyaratan tambahan | |
| DNA genom | ≥ 5 | ≥ 400ng | Degradasi atau kontaminasi terbatas |
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Ekstraksi DNA
Pembangunan perpustakaan
Urutan
Analisis data
Pengiriman data
Termasuk analisis berikut:
● Kontrol kualitas pengurutan mentah;
● Memetakan genom referensi;
● Deteksi basa termetilasi 5mC;
● Analisis distribusi dan anotasi metilasi;
● Analisis Daerah Metilasi Diferensial (DMR);
● Anotasi fungsional gen yang terkait dengan DMR.
Deteksi metilasi 5mC: jenis situs termetilasi
Peta metilasi. Distribusi genom metilasi 5mC
Anotasi daerah yang sangat termetilasi
Daerah yang Dimetilasi Secara Diferensial: gen terkait
Daerah yang Dimetilasi Secara Diferensial: anotasi gen terkait (Ontologi Gen)
Jelajahi kemajuan penelitian yang difasilitasi oleh layanan pengurutan bisulfit seluruh genom BMKGene melalui koleksi publikasi yang dikurasi.
Penggemar, Y. dkk. (2020) 'Analisis profil metilasi DNA selama pengembangan otot rangka domba menggunakan pengurutan bisulfit seluruh genom',Genomik BMC, 21(1), hlm.1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. dkk. (2022) 'Gangguan metilasi asam deoksiribonukleat baru pada pekerja yang terpapar vinil klorida',Toksikologi dan Kesehatan Industri, 38(7), hlm.377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. dkk. (2020) 'Hubungan antara metilasi genom, kadar RNA non-coding, mRNA dan metabolit dalam pematangan buah tomat',Jurnal Tumbuhan, 103(3), hlm.980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
