Urutan Fragmen yang Diperkuat Lokus Spesifik (SLAF-Seq)
Alur kerja
Skema Teknis
Fitur Layanan
● Mengurutkan pada NovaSeq dengan PE150.
● Persiapan perpustakaan dengan barcode ganda, memungkinkan pengumpulan lebih dari 1000 sampel.
● Teknik ini dapat digunakan dengan atau tanpa genom referensi, dengan jalur bioinformatika yang berbeda untuk setiap kasus:
Dengan genom referensi: penemuan SNP dan InDel
Tanpa genom referensi: pengelompokan sampel dan penemuan SNP
● Didalam silikonkombinasi enzim restriksi ganda tahap pra-desain disaring untuk menemukan kombinasi yang menghasilkan distribusi tag SLAF yang seragam di sepanjang genom.
● Selama pra-percobaan, tiga kombinasi enzim diuji dalam 3 sampel untuk menghasilkan 9 perpustakaan SLAF, dan informasi ini digunakan untuk memilih kombinasi enzim restriksi yang optimal untuk proyek tersebut.
Keunggulan Layanan
●Penemuan Penanda Genetik Tinggi: Mengintegrasikan sistem barcode ganda dengan throughput tinggi memungkinkan pengurutan populasi besar secara bersamaan, dan amplifikasi spesifik lokus meningkatkan efisiensi, memastikan bahwa nomor tag memenuhi beragam persyaratan dari berbagai pertanyaan penelitian.
● Ketergantungan Rendah pada Genom: Ini dapat diterapkan pada spesies dengan atau tanpa genom referensi.
●Desain Skema Fleksibel: Pencernaan enzim tunggal, enzim ganda, multi-enzim, dan berbagai jenis enzim semuanya dapat dipilih untuk memenuhi tujuan atau spesies penelitian yang berbeda. Itudalam silikonpra-desain dilakukan untuk memastikan desain enzim yang optimal.
● Efisiensi Tinggi dalam Pencernaan Enzimatik: Konduksi sebuahdalam silikonpra-desain dan pra-eksperimen menjamin desain optimal dengan distribusi tag SLAF yang merata pada kromosom (1 tag SLAF/4Kb) dan mengurangi urutan berulang (<5%).
●Keahlian yang Luas: Tim kami membawa banyak pengalaman untuk setiap proyek, dengan rekam jejak menyelesaikan lebih dari 5000 proyek SLAF-Seq pada ratusan spesies, termasuk tumbuhan, mamalia, burung, serangga, dan organisme akuatik.
● Alur Kerja Bioinformatik yang dikembangkan sendiri: BMKGENE mengembangkan alur kerja bioinformatik terintegrasi untuk SLAF-Seq untuk memastikan keandalan dan keakuratan hasil akhir.
Spesifikasi Layanan
| Jenis analisis | Skala populasi yang direkomendasikan | Strategi pengurutan | |
| Kedalaman pengurutan tag | Nomor tanda | ||
| Peta Genetik | 2 orang tua dan >150 anak | Orangtua: 20x WGS Keturunan: 10x | Ukuran genom: <400 Mb: WGS direkomendasikan <1Gb: 100 ribu tag 1-2Gb :: 200 ribu tag >2Gb: 300 ribu tag Maks 500 ribu tag |
| Studi Asosiasi Seluruh Genom (GWAS) | ≥200 sampel | 10x | |
| Evolusi Genetik | ≥30 sampel, dengan >10 sampel dari setiap subkelompok | 10x | |
Persyaratan Layanan
Konsentrasi ≥ 5 ng/µL
Jumlah total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Gel agarosa: tidak ada atau terbatas degradasi atau kontaminasi
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Wadah: tabung centrifuge 2 ml
(Untuk sebagian besar sampel, kami menyarankan untuk tidak mengawetkannya dalam etanol)
Pelabelan sampel: Sampel harus diberi label dengan jelas dan identik dengan formulir informasi sampel yang diserahkan.
Pengiriman: Es kering: Sampel harus dikemas dalam kantong terlebih dahulu dan dikubur dalam es kering.
Alur Kerja Layanan
Contoh QC
Eksperimen percontohan
Eksperimen SLAF
Persiapan Perpustakaan
Urutan
Analisis Data
Layanan Purna Jual
Termasuk analisis berikut:
- Mengurutkan data QC
- Pengembangan tag SLAF
Memetakan ke genom referensi
Tanpa genom referensi: pengelompokan
- Analisis tag SLAF.: statistik, distribusi seluruh genom
- Penemuan penanda: panggilan dan anotasi SNP, InDel, SNV, CV
Distribusi tag SLAF pada kromosom:
Distribusi SNP pada kromosom:
Anotasi SNP
| Tahun | Jurnal | IF | Judul | Aplikasi |
| 2022 | Komunikasi alam | 17.694 | Dasar genom giga-kromosom dan giga-genom peoni pohon Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Ahli Fitologi Baru | 7.433 | Jejak domestikasi menjadi penanda wilayah genom yang memiliki kepentingan agronomi kedelai | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jurnal Penelitian Lanjutan | 12.822 | Introgresi buatan Gossypium barbadense di seluruh genom ke dalam G. hirsutum mengungkapkan lokus unggul untuk peningkatan kualitas dan hasil serat kapas secara simultan sifat-sifat | Genetika SLAF-Evolusi |
| 2019 | Tumbuhan Molekuler | 10.81 | Analisis Genomik Populasi dan Majelis De Novo Mengungkap Asal Usul Weedy Beras sebagai Game Evolusioner | Genetika SLAF-Evolusi |
| 2019 | Genetika Alam | 31.616 | Urutan genom dan keragaman genetik ikan mas, Cyprinus carpio | Peta Tautan SLAF |
| 2014 | Genetika Alam | 25.455 | Genom kacang tanah yang dibudidayakan memberikan wawasan tentang kariotipe kacang-kacangan, poliploid evolusi dan domestikasi tanaman. | Peta Tautan SLAF |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tanaman | 9.803 | Identifikasi ST1 mengungkapkan seleksi yang melibatkan tumpangan morfologi benih dan kandungan minyak selama domestikasi kedelai | Pengembangan SLAF-Marker |
| 2022 | Jurnal Internasional Ilmu Molekuler | 6.208 | Identifikasi dan Pengembangan Penanda DNA Gandum-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitusi Kromosom Disomik | Pengembangan SLAF-Marker |
| Tahun | Jurnal | IF | Judul | Aplikasi |
| 2023 | Perbatasan dalam ilmu tanaman | 6.735 | Pemetaan QTL dan analisis transkriptome kadar gula selama pemasakan buah Pyrus pyrifolia | Peta Genetik |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tanaman | 8.154 | Identifikasi ST1 menunjukkan adanya seleksi yang melibatkan tumpang tindih morfologi benih dan kandungan minyak selama domestikasi kedelai
| panggilan SNP |
| 2022 | Perbatasan dalam ilmu tanaman | 6.623 | Pemetaan Asosiasi Seluruh Genom dari Fenotipe Hulless Barely di Lingkungan Kekeringan.
| GWAS |
