Exclusive Agency for Korea

Masuk BMKCloud

Produk

Sekuensing RNA nukleus tunggal

Single-Nuclei RNA Sequencing Fitur Gambar

Pengembangan teknik penangkapan sel tunggal dan konstruksi perpustakaan khusus, ditambah dengan sekuensing throughput tinggi, telah merevolusi studi ekspresi gen di tingkat sel. Terobosan ini memungkinkan analisis populasi sel yang lebih dalam dan lebih komprehensif, mengatasi keterbatasan yang terkait dengan ekspresi gen rata -rata di semua sel dan melestarikan heterogenitas sejati dalam populasi ini. Sementara sekuensing RNA sel tunggal (SCRNA-seq) memiliki keunggulan yang tidak dapat disangkal, ia menghadapi tantangan dalam jaringan tertentu di mana penciptaan suspensi sel tunggal terbukti sulit dan membutuhkan sampel baru. Di BMKGENE, kami membahas rintangan ini dengan menawarkan sekuensing RNA nukleus tunggal (SnRNA-seq) menggunakan teknologi kromium genomik 10x 10x yang canggih. Pendekatan ini memperluas spektrum sampel yang dapat diterima untuk analisis transkriptome pada tingkat sel tunggal.

Isolasi inti dicapai melalui chip kromium genomik 10x yang inovatif, yang menampilkan sistem mikrofluida delapan saluran dengan penyeberangan ganda. Dalam sistem ini, manik-manik gel yang menggabungkan barcode, primer, enzim, dan nukleus tunggal dienkapsulasi dalam tetes minyak berukuran nanoliter, membentuk manik-manik gel-in-emulsi (GEM). Setelah pembentukan permata, lisis sel dan pelepasan barcode terjadi di dalam setiap permata. Selanjutnya, molekul mRNA menjalani transkripsi terbalik ke cDNA, menggabungkan 10x barcode dan pengidentifikasi molekul unik (UMI). CDNA ini kemudian mengalami konstruksi perpustakaan sekuensing standar, memfasilitasi eksplorasi profil ekspresi gen yang kuat dan komprehensif pada tingkat sel tunggal.

Platform: 10 × Genomics Chromium dan Illumina Novaseq Platform

Hubungi kami

Detail Layanan

Bioinformatika

Hasil demo

Publikasi unggulan

Skema Teknis

Isolasi inti dicapai oleh 10 × Genomics Chromium ™, yang terdiri dari sistem mikrofluida delapan saluran dengan penyeberangan ganda. Dalam sistem ini, manik-manik gel dengan barcode dan primer, enzim dan nukleus tunggal dienkapsulasi dalam penurunan minyak berukuran nanoliter, menghasilkan manik-manik gel-in-emulsion (GEM). Setelah permata terbentuk, lisis sel dan pelepasan barcode dilakukan di setiap permata. MRNA ditranskripsi terbalik ke dalam molekul cDNA dengan 10 × barcode dan UMI, yang selanjutnya tunduk pada konstruksi perpustakaan sekuensing standar.

Fitur

● Persiapan suspensi nuklei tunggal dari jaringan beku

● Pembentukan manik gel-in-emulsi (GEM) diikuti oleh sintesis cDNA

● Setiap manik dalam permata dimuat dengan primer yang terdiri dari 4 bagian:

ekor poli (dt) untuk priming mRNA dan sintesis cDNA,

Identifier Molekul Unik (UMI) untuk memperbaiki bias amplifikasi

10x Barcode

Urutan mengikat primer parsial baca 1 sequencing

Keuntungan

Urutan RNA nukleus tunggal menghindari keterbatasan sekuensing RNA sel tunggal, memungkinkan:

● Penggunaan sampel beku dan tidak hanya terbatas pada sampel segar

● Rendahnya stres sel beku bila dibandingkan dengan pengobatan enzimatik sel-sel segar, tercermin dalam data transkriptom dalam bentuk gen yang diinduksi stres kurang

● Tidak perlu pengangkatan sel darah merah sebelumnya

● Diameter sel tidak terbatas

● Berbagai sampel yang memenuhi syarat untuk analisis, termasuk jenis jaringan yang kompleks dan rapuh yang rentan terhadap penggumpalan sel atau penghancuran selama disosiasi jaringan

Sampel yang tidak dapat dianalisis dengan sekuensing RNA sel tunggal dan memenuhi syarat untuk sekuensing RNA inti tunggal:

Sel / jaringan	Alasan
Jaringan beku unfresh	Tidak bisa mendapatkan organisasi yang segar atau lama
Sel otot, megakaryocyte, lemak ...	Diameter sel terlalu besar untuk memasuki instrumen
Hati…	Terlalu rapuh untuk pecah, tidak mampu membedakan sel tunggal
Sel neuron, otak…	Lebih sensitif, mudah stres, akan mengubah hasil sekuensing
Pankreas, tiroid…	Kaya enzim endogen, mempengaruhi produksi suspensi sel tunggal

Nukleus tunggal vs sel tunggal

Nukleus tunggal	Sel tunggal
Diameter sel tidak terbatas	Diameter sel: 10-40 μm
Bahannya bisa menjadi jaringan beku	Bahannya harus jaringan segar
Stres rendah sel beku	Pengobatan enzim dapat menyebabkan reaksi stres sel
Tidak ada sel darah merah yang perlu diangkat	Sel darah merah perlu diangkat
Nuklir mengekspresikan bioinformasi	Seluruh sel mengekspresikan bioinformasi

Spesifikasi

Persyaratan sampel

Perpustakaan

Strategi Sequencing

Data direkomendasikan

Kontrol kualitas

Jaringan hewan ≥ 200 mg

Jaringan tanaman ≥ 400 mg

10x Genomics Sn CDNA Library

Illumina PE150

100K PE dibaca per sel

(100-200 GB)

700-1200 Nukleus/μl dan integritas inti yang diamati di bawah mikroskop

Untuk detail lebih lanjut tentang contoh bimbingan persiapan dan alur kerja layanan, jangan ragu untuk berbicara dengan aPakar BMKGENE

Aliran kerja layanan

Sebelumnya: Sequencing genom seluruh tanaman/hewan

Berikutnya: Analisis Asosiasi Genome-Selebar

Termasuk analisis berikut:

● Kontrol kualitas: Jumlah sel, deteksi gen, identifikasi sel yang akurat, molekul RNA dan kuantifikasi ekspresi

● Analisis sampel dalam:

Pengelompokan sel dan anotasi cluster

Analisis ekspresi diferensial: identifikasi DEG dalam kelompok

Anotasi fungsional dan pengayaan deg cluster

● Analisis antar kelompok:

Kombinasi data

Analisis ekspresi diferensial: identifikasi DEG dalam kelompok

Anotasi fungsional dan pengayaan DEG kelompok

● Analisis Lanjutan:

Analisis Siklus Sel

Analisis pseudotime

Analisis Komunikasi Sel (CellphonedB)

Analisis Pengayaan Set Gene (GSEA)

Analisis sampel dalam

Clustering sel:

Analisis Ekspresi Diferensial: Deg Cluster

Analisis antar kelompok

Analisis ekspresi diferensial: DEG kelompok

Analisis Lanjutan:

Analisis pseudotime:

Analisis Siklus Sel:

Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan sekuensing RNA nukleus tunggal BMKGENE oleh 10X Chromium dalam publikasi unggulan ini:

Wang, L. et al. (2021) 'Analisis transkriptomi sel tunggal mengungkapkan lanskap kekebalan paru-paru dalam eksaserbasi asma tahan steroid',Prosiding Akademi Ilmu Pengetahuan Nasional Amerika Serikat, 118 (2), hlm. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Zheng, H. et al. (2022) 'Jaringan pengaturan global untuk ekspresi gen yang tidak teratur dan pensinyalan metabolik abnormal dalam sel kekebalan tubuh dalam lingkungan mikro penyakit Graves dan tiroiditis Hashimoto,Perbatasan dalam imunologi, 13, hlm. 879824. Doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/Bibtex.

Tian, H. et al. (2023) 'Transkriptome sel tunggal mengungkap heterogenitas dan respons imun leukosit setelah vaksinasi dengan Edwardsiella tarda yang tidak aktif di Flounder (Paralichthys olivaceus)',Akuakultur, 566, hlm. 739238. Doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.

Yu, Y. et al. (2023) 'Terapi fotodinamik meningkatkan hasil inhibitor pos pemeriksaan imun melalui renovasi kekebalan anti-tumor pada pasien dengan kanker lambung',Kanker Lambung, 26 (5), hlm. 798–813. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/metrik.