Pengurutan Bisulfit Representasi yang Dikurangi (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) telah muncul sebagai alternatif yang hemat biaya dan efisien dibandingkan Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) dalam penelitian metilasi DNA. Meskipun WGBS memberikan wawasan komprehensif dengan memeriksa seluruh genom pada resolusi dasar tunggal, biayanya yang tinggi dapat menjadi faktor pembatas. RRBS secara strategis memitigasi tantangan ini dengan menganalisis secara selektif sebagian genom yang representatif. Metodologi ini mengandalkan pengayaan wilayah yang kaya akan kepulauan CpG dengan pembelahan MspI yang diikuti dengan pemilihan ukuran fragmen 200-500/600 bps. Akibatnya, hanya wilayah yang letaknya dekat dengan pulau-pulau CpG yang diurutkan, sedangkan wilayah dengan pulau-pulau CpG yang jauh tidak dimasukkan dalam analisis. Proses ini, dikombinasikan dengan pengurutan bisulfit, memungkinkan deteksi metilasi DNA dengan resolusi tinggi, dan pendekatan pengurutan, PE150, berfokus secara khusus pada ujung sisipan daripada bagian tengah, sehingga meningkatkan efisiensi pembuatan profil metilasi. RRBS adalah alat yang sangat berharga yang memungkinkan penelitian metilasi DNA hemat biaya dan memajukan pengetahuan tentang mekanisme epigenetik.
Fitur Layanan
● Membutuhkan genom referensi.
● DNA Lambda digunakan untuk memantau efisiensi konversi bisulfit.
● Efisiensi pencernaan MspI juga dipantau.
● Pencernaan enzim ganda untuk sampel tanaman.
● Urutan pada Illumina NovaSeq.
Keunggulan Layanan
●Alternatif yang Hemat Biaya dan Efisien untuk WGBS: memungkinkan analisis dilakukan dengan biaya lebih rendah dan kebutuhan sampel lebih rendah.
●Platform Lengkap:memberikan layanan terbaik terpadu mulai dari pemrosesan sampel, pembangunan perpustakaan, dan pengurutan hingga analisis bioinformatika.
●Keahlian yang Luas: dengan keberhasilan proyek pengurutan RRBS pada beragam spesies, BMKGENE menghadirkan pengalaman lebih dari satu dekade, tim analisis yang sangat terampil, konten komprehensif, dan dukungan pasca-penjualan yang sangat baik.
Spesifikasi Layanan
| Perpustakaan | Strategi Pengurutan | Keluaran data yang direkomendasikan | Kontrol kualitas |
| Perpustakaan yang dicerna MspI dan diolah dengan Bisulfit | Menerangi PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Konversi bisulfit > 99% Efisiensi pemotongan MspI > 95% |
Persyaratan Sampel
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (µg) |
| |
| DNA genom | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradasi atau kontaminasi terbatas |
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Pembangunan perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan purna jual
Termasuk analisis berikut:
● Kontrol kualitas pengurutan mentah;
● Memetakan genom referensi;
● Deteksi basa termetilasi 5mC dan identifikasi motif;
● Analisis distribusi metilasi dan perbandingan sampel;
● Analisis Daerah Metilasi Diferensial (DMR);
● Anotasi fungsional gen yang terkait dengan DMR.
Kontrol kualitas: efisiensi pencernaan (dalam pemetaan genom)
Kontrol kualitas: konversi bisulfit (dalam ekstraksi info metilasi)
Peta metilasi: distribusi seluruh genom metilasi 5mC
Contoh perbandingan: Analisis Komponen Utama
Analisis Daerah Metilasi Diferensial (DMR): peta panas
Jelajahi kemajuan penelitian yang difasilitasi oleh layanan pengurutan bisulfit seluruh genom BMKGene melalui koleksi publikasi yang dikurasi.
Li, Z. dkk. (2022) 'Pemrograman ulang dengan ketelitian tinggi ke dalam sel mirip Leydig dengan aktivasi CRISPR dan faktor parakrin',Perhubungan PNAS, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. dkk. (2023) 'Analisis metilasi DNA seluruh genom komposisi tubuh pada kembar monozigot Cina',Jurnal Investigasi Klinis Eropa, 53(11), hal. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. dkk. (2022) 'Metilasi DNA dan rasio pinggang-pinggul: studi hubungan epigenom pada kembar monozigot Tiongkok',Jurnal Investigasi Endokrinologi, 45(12), hlm.2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
