Urutan RNA Prokariotik
Fitur
● Pemrosesan sampel RNA melibatkan penipisan rRNA yang diikuti dengan persiapan perpustakaan RNA terarah.
● Analisis bioinformatik berdasarkan penyelarasan genom referensi
● Analisis mencakup ekspresi gen dan DEG, serta struktur transkrip dan analisis sRNA
Keunggulan Layanan
●Kontrol Kualitas yang Ketat: kami menerapkan titik kontrol inti di semua tahapan, mulai dari persiapan sampel dan perpustakaan hingga pengurutan dan bioinformatika. Pemantauan yang cermat ini memastikan penyampaian hasil berkualitas tinggi secara konsisten.
●Data Urutan khusus untai: karena persiapan perpustakaan RNA bersifat terarah, memungkinkan identifikasi transkrip anti-akal.
●Analisis Lengkap Disesuaikan dengan Transkriptom Prokariotik: jalur bioinformatik tidak hanya mencakup analisis ekspresi gen tetapi juga analisis struktur transkrip, termasuk identifikasi operon, UTR, dan promotor. Ini juga mencakup analisis sRNA, yaitu anotasi dan prediksi struktur dan target sekunder.
●Dukungan Pasca Penjualan: komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan periode layanan purna jual 3 bulan. Selama waktu ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil.
Persyaratan Sampel dan Pengiriman
| Perpustakaan | Strategi pengurutan | Data direkomendasikan | Kontrol Kualitas |
| rRNA menghabiskan perpustakaan arah | Menerangi PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Persyaratan Sampel:
| Konsentrasi (ng/μl) | Jumlah (μg) | Kemurnian | Integritas |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Kontaminasi protein atau DNA terbatas atau tidak ada pada gel. | RIN≥6.5 |
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Wadah: tabung centrifuge 2 ml (tidak disarankan menggunakan kertas timah)
Contoh pelabelan: Grup+replikasi misalnya A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pengiriman:
1. Es kering: Sampel harus dikemas dalam kantong dan dikubur dalam es kering.
2. Tabung RNAstabil: Sampel RNA dapat dikeringkan dalam tabung stabilisasi RNA (misalnya RNAstable®) dan dikirim dalam suhu kamar.
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Pembangunan perpustakaan
Urutan
Analisis data
Layanan purna jual
Alur Kerja Analisis Bioinformatik
Termasuk Analisis Berikut:
● Kontrol kualitas data mentah
● Penyelarasan dengan genom referensi
● Penilaian Kualitas Perpustakaan: keacakan fragmentasi RNA, ukuran sisipan, dan saturasi pengurutan
● Anotasi fungsional dari gen pengkode yang diprediksi
● Analisis Ekspresi: korelasi dan Analisis Komponen Utama (PCA)
● Ekspresi Gen Diferensial (DEG)
● Anotasi fungsional dan pengayaan DEG
● Analisis sRNA: prediksi, anotasi, target, dan prediksi struktur sekunder
● Analisis Struktur Transkrip: operon, posisi awal dan akhir, wilayah yang belum diterjemahkan (UTS), promotor, dan analisis SNP/InDel
Mengurutkan saturasi
Anotasi fungsional gen pengkode
Korelasi antar sampel
Analisis Differential Expressed Genes (DEGs).
Analisis pengayaan fungsional
anotasi sRNA
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan pengurutan mRNA lengkap Nanopore BMKGene dalam publikasi unggulan ini.
Guan, CP dkk. (2018) 'Perubahan Transkriptome Global Staphylococcus epidermidis Pembentuk Biofilm Menanggapi Total Alkaloid Sophorea alopecuroides',Jurnal Mikrobiologi Polandia, 67(2), hal. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
