-
BMKMANU S3000_Transkriptome Spasial
Transkriptomik spasial berada di garis depan inovasi ilmiah, memberdayakan para peneliti untuk menyelidiki pola ekspresi gen yang rumit di dalam jaringan sambil menjaga konteks spasialnya. Di tengah berbagai platform, BMKGene telah mengembangkan Chip Transkriptome Spasial BMKManu S3000, yang memiliki resolusi yang ditingkatkan sebesar 3,5µm, menjangkau rentang subselular, dan memungkinkan pengaturan resolusi multi-level. Chip S3000, yang menampilkan sekitar 4 juta titik, menggunakan sumur mikro yang dilapisi dengan manik-manik yang diisi dengan probe penangkapan dengan kode batang spasial. Perpustakaan cDNA, diperkaya dengan kode batang spasial, disiapkan dari chip S3000 dan kemudian diurutkan pada platform Illumina NovaSeq. Kombinasi sampel dengan barcode spasial dan UMI memastikan keakuratan dan spesifisitas data yang dihasilkan. Chip BMKManu S3000 sangat serbaguna, menawarkan pengaturan resolusi multi-level yang dapat disesuaikan dengan jaringan berbeda dan tingkat detail yang diinginkan. Kemampuan beradaptasi ini menempatkan chip ini sebagai pilihan luar biasa untuk beragam studi transkriptomik spasial, memastikan pengelompokan spasial yang tepat dengan noise minimal. Penggunaan teknologi segmentasi sel dengan BMKManu S3000 memungkinkan pembatasan data transkripsional hingga batas sel, sehingga menghasilkan analisis yang memiliki makna biologis langsung. Selain itu, peningkatan resolusi S3000 menghasilkan lebih banyak gen dan UMI yang terdeteksi per sel, sehingga memungkinkan analisis pola transkripsi spasial dan pengelompokan sel yang jauh lebih akurat.
-
Urutan RNA inti tunggal
Perkembangan teknik penangkapan sel tunggal dan konstruksi perpustakaan khusus, ditambah dengan pengurutan throughput tinggi, telah merevolusi studi ekspresi gen di tingkat sel. Terobosan ini memungkinkan dilakukannya analisis yang lebih dalam dan komprehensif terhadap populasi sel yang kompleks, mengatasi keterbatasan yang terkait dengan rata-rata ekspresi gen pada semua sel dan menjaga heterogenitas sebenarnya dalam populasi ini. Meskipun pengurutan RNA sel tunggal (scRNA-seq) memiliki keunggulan yang tidak dapat disangkal, hal ini menghadapi tantangan pada jaringan tertentu karena pembuatan suspensi sel tunggal terbukti sulit dan memerlukan sampel baru. Di BMKGene, kami mengatasi rintangan ini dengan menawarkan pengurutan RNA inti tunggal (snRNA-seq) menggunakan teknologi 10X Genomics Chromium yang canggih. Pendekatan ini memperluas spektrum sampel yang dapat dianalisis transkriptome pada tingkat sel tunggal.
Isolasi inti dilakukan melalui chip 10X Genomics Chromium yang inovatif, yang menampilkan sistem mikrofluida delapan saluran dengan persilangan ganda. Dalam sistem ini, manik-manik gel yang menggabungkan kode batang, primer, enzim, dan inti tunggal dikemas dalam tetesan minyak berukuran nanoliter, membentuk Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Setelah pembentukan GEM, lisis sel dan pelepasan kode batang terjadi di dalam setiap GEM. Selanjutnya, molekul mRNA menjalani transkripsi terbalik menjadi cDNA, menggabungkan 10X barcode dan Unique Molecular Identifier (UMI). CDNA ini kemudian dikenai konstruksi perpustakaan pengurutan standar, memfasilitasi eksplorasi profil ekspresi gen yang kuat dan komprehensif pada tingkat sel tunggal.
Platform: 10× Genomics Chromium dan Platform Illumina NovaSeq
-
10x Transkriptome Spasial Visium Genomik
Transkriptomik spasial adalah teknologi mutakhir yang memungkinkan peneliti menyelidiki pola ekspresi gen dalam jaringan sambil menjaga konteks spasialnya. Salah satu platform kuat dalam domain ini adalah 10x Genomics Visium ditambah dengan pengurutan Illumina. Prinsip Visium 10X terletak pada chip khusus dengan area penangkapan khusus di mana bagian jaringan ditempatkan. Area pengambilan ini berisi titik-titik yang diberi kode batang, masing-masing sesuai dengan lokasi spasial unik di dalam jaringan. Molekul RNA yang ditangkap dari jaringan kemudian diberi label dengan pengidentifikasi molekul unik (UMI) selama proses transkripsi terbalik. Bintik-bintik dan UMI yang diberi kode batang ini memungkinkan pemetaan spasial yang tepat dan kuantifikasi ekspresi gen pada resolusi sel tunggal. Kombinasi sampel dengan barcode spasial dan UMI memastikan keakuratan dan spesifisitas data yang dihasilkan. Dengan menggunakan teknologi Transkriptomik Spasial ini, para peneliti dapat memperoleh pemahaman yang lebih mendalam tentang organisasi spasial sel dan interaksi molekuler kompleks yang terjadi di dalam jaringan, sehingga menawarkan wawasan berharga mengenai mekanisme yang mendasari proses biologis di berbagai bidang, termasuk onkologi, ilmu saraf, biologi perkembangan, dan imunologi. , dan studi botani.
Platform: 10X Genomics Visium dan Illumina NovaSeq
