-
Genomik Komparatif
Genomik komparatif melibatkan pemeriksaan dan perbandingan seluruh rangkaian dan struktur genom di antara spesies yang berbeda. Bidang ini berupaya mengungkap evolusi spesies, memecahkan kode fungsi gen, dan menjelaskan mekanisme pengaturan genetik dengan mengidentifikasi struktur dan elemen urutan yang dilestarikan atau berbeda di berbagai organisme. Studi genomik komparatif yang komprehensif mencakup analisis seperti keluarga gen, perkembangan evolusi, peristiwa duplikasi seluruh genom, dan dampak tekanan selektif.
-
Genetika Evolusioner
Platform analisis populasi dan genetika evolusioner dibangun berdasarkan pengalaman masif yang dikumpulkan tim Litbang BMK selama bertahun-tahun. Ini adalah alat yang ramah pengguna terutama bagi peneliti yang bukan jurusan bioinformatika. Platform ini memungkinkan analisis dasar terkait genetika evolusioner termasuk konstruksi pohon filogenetik, analisis disekuilibrium keterkaitan, penilaian keanekaragaman genetik, analisis sapuan selektif, analisis kekerabatan, PCA, analisis struktur populasi, dll.
-
Perakitan Genom Berbasis Hi-C
Hi-C adalah metode yang dirancang untuk menangkap konfigurasi kromosom dengan menggabungkan interaksi berbasis kedekatan dan pengurutan throughput tinggi. Intensitas interaksi ini diyakini berkorelasi negatif dengan jarak fisik pada kromosom. Oleh karena itu, data Hi-C digunakan untuk memandu pengelompokan, pengurutan, dan orientasi rangkaian rangkaian dalam rancangan genom dan mengikatnya ke sejumlah kromosom tertentu. Teknologi ini memberdayakan perakitan genom tingkat kromosom tanpa adanya peta genetik berbasis populasi. Setiap genom membutuhkan Hi-C.
-
Pengurutan Genom Tumbuhan/Hewan De Novo
De Novopengurutan mengacu pada konstruksi seluruh genom suatu spesies menggunakan teknologi pengurutan tanpa adanya genom referensi. Pengenalan dan adopsi pengurutan generasi ketiga secara luas, yang menampilkan pembacaan yang lebih panjang, telah meningkatkan perakitan genom secara signifikan dengan meningkatkan tumpang tindih antar pembacaan. Peningkatan ini sangat relevan ketika berhadapan dengan genom yang menantang, seperti genom yang menunjukkan heterozigositas tinggi, rasio wilayah berulang, poliploid, dan wilayah berulang yang tinggi, kandungan GC abnormal, atau kompleksitas tinggi yang biasanya disusun dengan buruk menggunakan pengurutan baca pendek. sendiri.
Solusi terpadu kami menyediakan layanan pengurutan terintegrasi dan analisis bioinformatik yang menghasilkan genom rakitan de novo berkualitas tinggi. Survei genom awal dengan Illumina memberikan perkiraan ukuran dan kompleksitas genom, dan informasi ini digunakan untuk memandu langkah selanjutnya dari pengurutan jangka panjang dengan PacBio HiFi, diikuti olehde novoperakitan contigs. Penggunaan perakitan HiC selanjutnya memungkinkan penahan contigs ke genom, memperoleh perakitan tingkat kromosom. Terakhir, genom dianotasi dengan prediksi gen dan dengan mengurutkan gen yang diekspresikan, menggunakan transkriptom dengan pembacaan pendek dan panjang.
-
Urutan Exome Utuh Manusia
Human Whole exome sequencing (hWES) secara luas diakui sebagai pendekatan sequencing yang hemat biaya dan ampuh untuk menentukan mutasi penyebab penyakit. Meskipun hanya menyumbang sekitar 1,7% dari keseluruhan genom, ekson memainkan peran penting dengan secara langsung mencerminkan profil fungsi total protein. Khususnya, dalam genom manusia, lebih dari 85% mutasi terkait penyakit terjadi di wilayah pengkode protein. BMKGENE menawarkan layanan pengurutan eksome seluruh manusia yang komprehensif dan fleksibel dengan dua strategi penangkapan ekson berbeda yang tersedia untuk memenuhi berbagai tujuan penelitian.
-
Urutan Fragmen yang Diperkuat Lokus Spesifik (SLAF-Seq)
Genotipe dengan throughput tinggi, khususnya pada populasi skala besar, merupakan langkah mendasar dalam studi asosiasi genetik dan memberikan dasar genetik untuk penemuan gen fungsional, analisis evolusi, dll. Daripada melakukan pengurutan ulang seluruh genom secara mendalam,Pengurutan Genom Representasi yang Dikurangi (RRGS)sering digunakan dalam penelitian ini untuk meminimalkan biaya pengurutan per sampel sambil mempertahankan efisiensi yang wajar dalam penemuan penanda genetik. RRGS mencapai hal ini dengan mencerna DNA dengan enzim restriksi dan berfokus pada kisaran ukuran fragmen tertentu, sehingga hanya mengurutkan sebagian kecil genom. Di antara berbagai metodologi RRGS, Pengurutan Fragmen Perkuat Lokus Khusus (SLAF) adalah pendekatan yang dapat disesuaikan dan berkualitas tinggi. Metode yang dikembangkan secara mandiri oleh BMKGene ini mengoptimalkan set enzim restriksi untuk setiap proyek. Hal ini memastikan dihasilkannya sejumlah besar tag SLAF (400-500 bps wilayah genom yang sedang diurutkan) yang didistribusikan secara merata ke seluruh genom sekaligus secara efektif menghindari wilayah berulang, sehingga menjamin penemuan penanda genetik terbaik.
-
Perpustakaan siap pakai Illumina
Teknologi pengurutan Illumina, berdasarkan Sequencing by Synthesis (SBS), adalah inovasi NGS yang dianut secara global, bertanggung jawab menghasilkan lebih dari 90% data pengurutan dunia. Prinsip SBS melibatkan pencitraan terminator reversibel berlabel fluoresensi saat setiap dNTP ditambahkan, dan kemudian dibelah untuk memungkinkan penggabungan basis berikutnya. Dengan keempat dNTP terikat terminator reversibel yang ada di setiap siklus pengurutan, persaingan alami meminimalkan bias penggabungan. Teknologi serbaguna ini mendukung perpustakaan single-read dan pair-end, yang melayani berbagai aplikasi genomik. Kemampuan dan presisi pengurutan Illumina yang tinggi menempatkannya sebagai landasan dalam penelitian genomik, memberdayakan para ilmuwan untuk mengungkap seluk-beluk genom dengan detail dan efisiensi yang tak tertandingi.
Layanan pengurutan perpustakaan siap pakai kami memungkinkan pelanggan menyiapkan perpustakaan pengurutan dari beragam sumber (mRNA, seluruh genom, amplikon, perpustakaan 10x, dan lain-lain). Selanjutnya, perpustakaan ini dapat dikirim ke pusat pengurutan kami untuk kontrol kualitas dan pengurutan di platform Illumina.
