-
Perangkat
BMKCloud adalah platform bioinformatik terkemuka yang menyediakan solusi terpadu untuk program genomik, yang dipercaya secara luas oleh para peneliti di berbagai bidang termasuk medis, pertanian, lingkungan hidup, dll. BMKCloud berkomitmen untuk menyediakan layanan terintegrasi, andal, dan efisien termasuk platform dan alat analisis bioinformatik , sumber daya komputasi, database publik, kursus online bioinformtik, dll. BMKCloud memiliki berbagai alat bioinformatik yang sering digunakan termasuk anotasi gen, alat genetik evolusioner, ncRNA, kontrol kualitas data, perakitan, penyelarasan, data ekstraksi, mutasi, statistik, generator gambar, analisis urutan, dll.
-
Perakitan Genom Bakteri De novo
Kami menyediakan layanan perakitan genom bakteri lengkap, menjamin 0 kesenjangan. Hal ini dimungkinkan dengan mengintegrasikan teknologi pengurutan baca panjang, seperti Nanopore dan PacBio untuk perakitan dan pengurutan baca pendek dengan Illumina untuk validasi perakitan dan koreksi kesalahan pembacaan ONT. Layanan kami menyediakan alur kerja bioinformatik lengkap mulai dari perakitan, anotasi fungsional, dan analisis bioinformatik tingkat lanjut, untuk memenuhi tujuan penelitian tertentu. Layanan ini memungkinkan pengembangan genom referensi yang tepat untuk berbagai studi genetik dan genom. Selain itu, hal ini menjadi dasar bagi aplikasi seperti optimalisasi strain, rekayasa genetika, dan pengembangan teknologi mikroba, sehingga memastikan data genomik yang andal dan bebas kesenjangan yang penting untuk memajukan wawasan ilmiah dan inovasi bioteknologi.
-
RNA kecil
RNA kecil adalah jenis RNA non-coding pendek dengan panjang rata-rata 18-30 nt, termasuk miRNA, siRNA, dan piRNA. RNA kecil ini telah dilaporkan secara besar-besaran terlibat dalam berbagai proses biologis seperti degradasi mRNA, penghambatan translasi, pembentukan heterokromatin, dll. Analisis sekuensing SmallRNA telah diterapkan secara luas dalam penelitian tentang perkembangan hewan/tanaman, penyakit, virus, dll. RNA kecil platform analisis sekuensing terdiri dari analisis standar dan penambangan data tingkat lanjut. Berdasarkan data RNA-seq, analisis standar dapat mencapai identifikasi dan prediksi miRNA, prediksi gen target miRNA, anotasi dan analisis ekspresi. Analisis tingkat lanjut memungkinkan pencarian dan ekstraksi miRNA yang disesuaikan, pembuatan diagram Venn, miRNA, dan pembangunan jaringan gen target.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS adalah platform analisis pengurutan ulang seluruh genom, yang dikembangkan berdasarkan pengalaman yang kaya dalam Teknologi Biomarker. Platform yang mudah digunakan ini memungkinkan penyerahan cepat alur kerja analisis terintegrasi hanya dengan menetapkan beberapa parameter dasar, yang sesuai untuk data pengurutan DNA yang dihasilkan dari platform Illumina dan platform pengurutan BGI. Platform ini diterapkan pada server komputasi berkinerja tinggi, yang memberdayakan analisis data yang sangat efisien dalam waktu yang sangat terbatas. Penambangan data yang dipersonalisasi tersedia berdasarkan analisis standar, termasuk kueri gen yang bermutasi, desain primer PCR, dll.
-
mRNA (Referensi)
Transkriptome adalah hubungan antara informasi genetik genom dan proteom fungsi biologis. Regulasi tingkat transkripsional adalah mode regulasi organisme yang paling penting dan paling banyak dipelajari. Pengurutan transkriptome dapat mengurutkan transkriptome kapan saja atau dalam kondisi apa pun, dengan resolusi yang akurat untuk satu nukleotida. Pengurutan ini dapat secara dinamis mencerminkan tingkat transkripsi gen, secara bersamaan mengidentifikasi dan mengukur transkrip langka dan normal, serta memberikan informasi struktural dari transkriptom. contoh transkrip tertentu.
Saat ini, teknologi pengurutan transkriptome telah banyak digunakan di bidang agronomi, kedokteran, dan bidang penelitian lainnya, termasuk regulasi perkembangan hewan dan tumbuhan, adaptasi lingkungan, interaksi imun, lokalisasi gen, evolusi genetik spesies, serta deteksi tumor dan penyakit genetik.
-
Metagenomik (NGS)
Platform analisis ini dirancang untuk analisis data metagenomik berdasarkan pengalaman bertahun-tahun. Ini terdiri dari alur kerja terintegrasi yang berisi berbagai analisis metagenomik yang umum dibutuhkan termasuk pemrosesan data, studi tingkat spesies, studi tingkat fungsi gen, penggabungan metagenom, dll. Selain itu, alat penambangan data yang disesuaikan tersedia pada alur kerja analisis standar, termasuk kueri gen dan spesies , pengaturan parameter, pembuatan gambar yang dipersonalisasi, dll.
-
LncRNA
RNA non-coding panjang (lncRNA) adalah jenis transkrip dengan panjang lebih dari 200 nt, yang tidak dapat mengkode protein. Bukti akumulatif menunjukkan bahwa sebagian besar lncRNA kemungkinan besar berfungsi. Teknologi pengurutan throughput tinggi dan alat analisis bioinformatik memberdayakan kita untuk mengungkap urutan lncRNA dan informasi posisi dengan lebih efisien dan mengarahkan kita untuk menemukan lncRNA dengan fungsi pengaturan yang penting. BMKCloud dengan bangga menyediakan platform analisis sekuensing lncRNA kepada pelanggan kami untuk mencapai analisis lncRNA yang cepat, andal, dan fleksibel.
-
GWAS
Studi asosiasi genome-wide (GWAS) bertujuan untuk mengidentifikasi varian genetik (genotipe) yang berhubungan dengan sifat-sifat tertentu (fenotipe). Studi GWA menyelidiki penanda genetik melintasi seluruh genom sejumlah besar individu dan memprediksi hubungan genotipe-fenotip melalui analisis statistik pada tingkat populasi. Pengurutan ulang seluruh genom berpotensi menemukan semua varian genetik. Ditambah dengan data fenotipik, GWAS dapat diproses untuk mengidentifikasi SNP, QTL, dan gen kandidat terkait fenotip, yang sangat mendukung pemuliaan hewan/tanaman modern. SLAF adalah strategi pengurutan genom sederhana yang dikembangkan sendiri, yang menemukan penanda terdistribusi di seluruh genom, SNP. SNP ini, sebagai penanda genetik molekuler, dapat diproses untuk studi asosiasi dengan sifat-sifat yang ditargetkan. Ini adalah strategi hemat biaya dalam mengidentifikasi sifat-sifat kompleks yang terkait dengan variasi genetik.
-
Transkriptomik panjang penuh Nanopore
Isoform alternatif yang kompleks dan bervariasi dalam organisme merupakan mekanisme genetik yang penting untuk mengatur ekspresi gen dan keanekaragaman protein. Identifikasi struktur transkrip yang akurat adalah dasar untuk studi mendalam tentang pola regulasi ekspresi gen. Platform pengurutan nanopore telah berhasil membawa studi transkriptomik ke tingkat isoform. Platform analisis ini dirancang untuk menganalisis data RNA-Seq yang dihasilkan pada platform Nanopore berdasarkan genom referensi, yang menghasilkan analisis kualitatif dan kuantitatif pada tingkat gen dan tingkat transkrip.
-
sir-RNA
Circular RNA (circRNA) adalah jenis RNA non-coding, yang baru-baru ini ditemukan memainkan peran penting dalam jaringan regulasi yang terlibat dalam pengembangan, ketahanan terhadap lingkungan, dll. Berbeda dari molekul RNA linier, misalnya mRNA, lncRNA, 3′ dan 5′ ujung circRNA digabungkan untuk membentuk struktur melingkar, yang menyelamatkan mereka dari pencernaan eksonuklease dan lebih stabil daripada kebanyakan RNA linier. CircRNA ditemukan memiliki beragam fungsi dalam mengatur ekspresi gen. CircRNA dapat bertindak sebagai ceRNA, yang mengikat miRNA secara kompetitif, yang dikenal sebagai spons miRNA. Platform analisis sekuensing CircRNA memberdayakan struktur circRNA dan analisis ekspresi, prediksi target, dan analisis gabungan dengan jenis molekul RNA lainnya
-
BSA
Platform Analisis Segregant Massal terdiri dari analisis standar satu langkah dan analisis lanjutan dengan pengaturan parameter yang disesuaikan. BSA adalah teknik yang digunakan untuk mengidentifikasi dengan cepat penanda genetik terkait fenotip. Alur kerja utama BSA berisi: 1. memilih dua kelompok individu dengan fenotipe yang sangat berlawanan; 2. menyatukan DNA, RNA atau SLAF-seq (Dikembangkan oleh Biomarker) dari semua individu untuk membentuk dua bagian besar DNA; 3. mengidentifikasi urutan diferensial terhadap genom referensi atau di antaranya, 4. memprediksi kandidat wilayah terkait dengan algoritma indeks ED dan SNP; 5. Analisis fungsional dan pengayaan gen di wilayah kandidat, dll. Penambangan data yang lebih maju termasuk penyaringan penanda genetik dan desain primer juga tersedia.
-
Amplikon (16S/18S/ITS)
Platform Amplicon (16S/18S/ITS) dikembangkan dengan pengalaman bertahun-tahun dalam analisis proyek keanekaragaman mikroba, yang berisi analisis dasar standar dan analisis yang dipersonalisasi: analisis dasar mencakup konten analisis arus utama dari penelitian mikroba saat ini, konten analisis kaya dan komprehensif, dan hasil analisis disajikan dalam bentuk laporan proyek; Isi analisis yang dipersonalisasi beragam. Sampel dapat dipilih dan parameter dapat diatur secara fleksibel sesuai dengan laporan analisis dasar dan tujuan penelitian, untuk mewujudkan kebutuhan yang dipersonalisasi. Sistem operasi Windows, sederhana dan cepat.
-
Genetika Evolusioner
Genetika Evolusi adalah layanan pengurutan komprehensif yang dirancang untuk menawarkan interpretasi mendalam tentang evolusi dalam sekelompok besar individu, berdasarkan variasi genetik, termasuk SNP, InDels, SV, dan CNV. Layanan ini mencakup semua analisis penting yang diperlukan untuk menjelaskan pergeseran evolusioner dan karakteristik genetik populasi, termasuk penilaian struktur populasi, keragaman genetik, dan hubungan filogenetik. Selain itu, penelitian ini mendalami studi tentang aliran gen, sehingga memungkinkan estimasi ukuran populasi efektif dan waktu divergensi. Studi genetika evolusioner menghasilkan wawasan berharga tentang asal usul dan adaptasi spesies.
Di BMKGENE, kami menawarkan dua cara untuk melakukan studi genetika evolusioner pada populasi besar: menggunakan pengurutan genom utuh (WGS) atau memilih metode pengurutan genom representasi tereduksi, yaitu Fragmen Penguat Lokus Spesifik (SLAF) yang dikembangkan sendiri. Meskipun WGS cocok untuk genom yang lebih kecil, SLAF muncul sebagai alternatif yang hemat biaya untuk mempelajari populasi yang lebih besar dengan genom yang lebih panjang, sehingga secara efektif meminimalkan biaya pengurutan.
