-
Urutan Metagenomik -NGS
Metagenom adalah kumpulan materi genetik total dari komunitas campuran organisme, seperti metagenom lingkungan dan manusia. Ini berisi genom mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan tidak dapat dibudidayakan. Pengurutan metagenomik senapan dengan NGS memungkinkan studi lanskap genom rumit yang tertanam dalam sampel lingkungan dengan menyediakan lebih dari sekadar profil taksonomi, juga memberikan wawasan terperinci mengenai keanekaragaman spesies, dinamika kelimpahan, dan struktur populasi yang kompleks. Di luar studi taksonomi, metagenomik senapan juga menawarkan perspektif genomik fungsional, memungkinkan eksplorasi gen yang dikodekan dan peran yang diduga dalam proses ekologi. Yang terakhir, pembentukan jaringan korelasi antara elemen genetik dan faktor lingkungan berkontribusi pada pemahaman holistik tentang interaksi yang rumit antara komunitas mikroba dan latar belakang ekologi mereka. Kesimpulannya, pengurutan metagenomik merupakan instrumen penting untuk mengungkap seluk-beluk genom komunitas mikroba yang beragam, menjelaskan hubungan multifaset antara genetika dan ekologi dalam ekosistem yang kompleks ini.
Platform: Illumina NovaSeq dan DNBSEQ-T7
-
Urutan Metagenomik-TGS
Metagenom adalah kumpulan materi genetik dari komunitas campuran organisme, seperti metagenom lingkungan dan manusia. Ini berisi genom mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan tidak dapat dibudidayakan. Urutan metagenomik memungkinkan studi lanskap genom rumit yang tertanam dalam sampel ekologi dengan menyediakan lebih dari sekadar profil taksonomi. Ia juga menawarkan perspektif genomik fungsional dengan mengeksplorasi gen yang dikodekan dan peran mereka dalam proses lingkungan. Meskipun pendekatan shotgun tradisional dengan pengurutan Illumina telah banyak digunakan dalam studi metagenomik, munculnya pengurutan Nanopore dan PacBio yang sudah lama dibaca telah mengubah bidang ini. Teknologi Nanopore dan PacBio meningkatkan analisis bioinformatik hilir, terutama perakitan metagenom, sehingga memastikan perakitan yang lebih berkelanjutan. Laporan menunjukkan bahwa metagenomik berbasis Nanopore dan PacBio telah berhasil menghasilkan genom bakteri yang lengkap dan tertutup dari mikrobioma kompleks (Moss, EL, dkk., Nature Biotech, 2020). Mengintegrasikan pembacaan Nanopore dengan pembacaan Illumina memberikan pendekatan strategis untuk koreksi kesalahan, mengurangi akurasi rendah yang melekat pada Nanopore. Kombinasi sinergis ini memanfaatkan kekuatan masing-masing platform pengurutan, menawarkan solusi kuat untuk mengatasi potensi keterbatasan dan meningkatkan presisi dan keandalan analisis metagenomik.
Peron: Nanopore PromethION 48, Illumia dan PacBio Revio
-
Urutan bisulfit seluruh genom (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) berdiri sebagai metodologi standar emas untuk eksplorasi mendalam metilasi DNA, khususnya posisi kelima dalam sitosin (5-mC), pengatur penting ekspresi gen dan aktivitas seluler. Prinsip yang mendasari WGBS melibatkan pengobatan bisulfit, menginduksi konversi sitosin yang tidak termetilasi menjadi urasil (C ke U), sementara sitosin yang termetilasi tidak berubah. Teknik ini menawarkan resolusi basa tunggal, memungkinkan peneliti menyelidiki metilom secara komprehensif dan mengungkap pola metilasi abnormal yang terkait dengan berbagai kondisi, terutama kanker. Dengan menggunakan WGBS, para ilmuwan dapat memperoleh wawasan yang tak tertandingi mengenai lanskap metilasi genom, memberikan pemahaman yang berbeda tentang mekanisme epigenetik yang mendasari beragam proses biologis dan penyakit.
-
Uji Kromatin yang Dapat Diakses Transposase dengan Urutan Throughput Tinggi (ATAC-seq)
ATAC-seq adalah teknik pengurutan throughput tinggi yang digunakan untuk analisis aksesibilitas kromatin seluruh genom. Penggunaannya memberikan pemahaman yang lebih dalam tentang mekanisme kompleks kontrol epigenetik global atas ekspresi gen. Metode ini menggunakan transposase Tn5 hiperaktif untuk secara bersamaan memecah dan menandai daerah kromatin terbuka dengan memasukkan adaptor pengurutan. Amplifikasi PCR selanjutnya menghasilkan pembuatan perpustakaan sekuensing, yang memungkinkan identifikasi komprehensif wilayah kromatin terbuka dalam kondisi ruang-waktu tertentu. ATAC-seq memberikan pandangan holistik tentang lanskap kromatin yang dapat diakses, tidak seperti metode yang hanya berfokus pada situs pengikatan faktor transkripsi atau wilayah spesifik yang dimodifikasi histone. Dengan mengurutkan wilayah kromatin terbuka ini, ATAC-seq mengungkap wilayah yang lebih cenderung memiliki rangkaian regulasi aktif dan situs pengikatan faktor transkripsi potensial, sehingga menawarkan wawasan berharga tentang modulasi dinamis ekspresi gen di seluruh genom.
-
Urutan Amplikon 16S/18S/ITS-PacBio
Gen 16S dan 18S rRNA, bersama dengan wilayah Internal Transcribed Spacer (ITS), berfungsi sebagai penanda sidik jari molekuler yang sangat penting karena kombinasi wilayah yang sangat terkonservasi dan sangat bervariasi, menjadikannya alat yang sangat berharga untuk mengkarakterisasi organisme prokariotik dan eukariotik. Amplifikasi dan pengurutan wilayah ini menawarkan pendekatan bebas isolasi untuk menyelidiki komposisi dan keanekaragaman mikroba di berbagai ekosistem. Meskipun pengurutan Illumina biasanya menargetkan wilayah hipervariabel pendek seperti V3-V4 dari 16S dan ITS1, telah ditunjukkan bahwa anotasi taksonomi yang unggul dapat dicapai dengan mengurutkan seluruh panjang 16S, 18S, dan ITS. Pendekatan komprehensif ini menghasilkan persentase urutan klasifikasi akurat yang lebih tinggi, sehingga mencapai tingkat resolusi yang mencakup identifikasi spesies. Platform pengurutan Single-Molecule Real-Time (SMRT) PacBio menonjol dengan menyediakan pembacaan panjang (HiFi) yang sangat akurat yang mencakup amplikon panjang penuh, menyaingi ketepatan pengurutan Illumina. Kemampuan ini memungkinkan para peneliti memperoleh keuntungan yang tak tertandingi, yaitu pemandangan lanskap genetik yang indah. Cakupan yang diperluas secara signifikan meningkatkan resolusi dalam anotasi spesies, khususnya dalam komunitas bakteri atau jamur, sehingga memungkinkan pemahaman yang lebih mendalam tentang seluk-beluk populasi mikroba.
-
Urutan Amplikon 16S/18S/ITS-NGS
Pengurutan amplikon dengan teknologi Illumina, yang secara khusus menargetkan penanda genetik 16S, 18S, dan ITS, adalah metode yang ampuh untuk mengungkap filogeni, taksonomi, dan kelimpahan spesies dalam komunitas mikroba. Pendekatan ini melibatkan pengurutan wilayah hipervariabel dari penanda genetik rumah tangga. Awalnya diperkenalkan sebagai sidik jari molekuler olehKesedihan dkkpada tahun 1977, teknik ini telah merevolusi pembuatan profil mikrobioma dengan memungkinkan analisis bebas isolasi. Melalui pengurutan 16S (bakteri), 18S (jamur), dan Internal Transcribed Spacer (ITS, jamur), peneliti tidak hanya dapat mengidentifikasi spesies yang melimpah tetapi juga spesies yang langka dan belum teridentifikasi. Diadopsi secara luas sebagai alat yang sangat penting, pengurutan amplikon telah menjadi instrumen dalam membedakan komposisi mikroba yang berbeda di berbagai lingkungan, termasuk mulut manusia, usus, tinja, dan lainnya.
-
Pengurutan Ulang Seluruh Genom Bakteri dan Jamur
Proyek pengurutan ulang seluruh genom bakteri dan jamur sangat penting untuk memajukan genom mikroba dengan memungkinkan penyelesaian dan perbandingan genom mikroba. Hal ini memfasilitasi rekayasa fermentasi, optimalisasi proses industri, dan eksplorasi jalur metabolisme sekunder. Selain itu, pengurutan ulang jamur dan bakteri sangat penting untuk memahami adaptasi lingkungan, mengoptimalkan strain, dan mengungkap dinamika evolusi genetik, yang memiliki implikasi luas dalam bidang kedokteran, pertanian, dan ilmu lingkungan.
-
PacBio-Pengurutan Amplikon 16S/18S/ITS Panjang Penuh
Platform Amplicon (16S/18S/ITS) dikembangkan dengan pengalaman bertahun-tahun dalam analisis proyek keanekaragaman mikroba, yang berisi analisis dasar standar dan analisis yang dipersonalisasi: analisis dasar mencakup konten analisis arus utama dari penelitian mikroba saat ini, konten analisis kaya dan komprehensif, dan hasil analisis disajikan dalam bentuk laporan proyek; Isi analisis yang dipersonalisasi beragam. Sampel dapat dipilih dan parameter dapat diatur secara fleksibel sesuai dengan laporan analisis dasar dan tujuan penelitian, untuk mewujudkan kebutuhan yang dipersonalisasi. Sistem operasi Windows, sederhana dan cepat.
-
Transkriptome Panjang Penuh PacBio (Non-Referensi)
Mengambil data pengurutan Isoform Pacific Biosciences (PacBio) sebagai input, Aplikasi ini mampu mengidentifikasi urutan transkrip lengkap (tanpa perakitan). Dengan memetakan urutan penuh terhadap genom referensi, transkrip dapat dioptimalkan oleh gen yang diketahui, transkrip, wilayah pengkodean, dll. Dalam hal ini, identifikasi struktur mRNA yang lebih akurat, seperti penyambungan alternatif, dll, dapat dicapai. Analisis gabungan dengan data pengurutan transkriptome NGS memungkinkan anotasi yang lebih komprehensif dan kuantifikasi ekspresi yang lebih akurat pada tingkat transkrip, yang sebagian besar menguntungkan ekspresi diferensial hilir dan analisis fungsional.
-
Pengurutan Bisulfit Representasi yang Dikurangi (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) telah muncul sebagai alternatif yang hemat biaya dan efisien dibandingkan Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) dalam penelitian metilasi DNA. Meskipun WGBS memberikan wawasan komprehensif dengan memeriksa seluruh genom pada resolusi dasar tunggal, biayanya yang tinggi dapat menjadi faktor pembatas. RRBS secara strategis memitigasi tantangan ini dengan menganalisis secara selektif sebagian genom yang representatif. Metodologi ini mengandalkan pengayaan wilayah yang kaya akan kepulauan CpG dengan pembelahan MspI yang diikuti dengan pemilihan ukuran fragmen 200-500/600 bps. Akibatnya, hanya wilayah yang letaknya dekat dengan pulau-pulau CpG yang diurutkan, sedangkan wilayah dengan pulau-pulau CpG yang jauh tidak dimasukkan dalam analisis. Proses ini, dikombinasikan dengan pengurutan bisulfit, memungkinkan deteksi metilasi DNA dengan resolusi tinggi, dan pendekatan pengurutan, PE150, berfokus secara khusus pada ujung sisipan daripada bagian tengah, sehingga meningkatkan efisiensi pembuatan profil metilasi. RRBS adalah alat yang sangat berharga yang memungkinkan penelitian metilasi DNA hemat biaya dan memajukan pengetahuan tentang mekanisme epigenetik.
-
Urutan RNA Prokariotik
Urutan RNA memberdayakan pembuatan profil komprehensif semua transkrip RNA dalam sel dalam kondisi tertentu. Teknologi mutakhir ini berfungsi sebagai alat yang ampuh, mengungkap profil ekspresi gen yang rumit, struktur gen, dan mekanisme molekuler yang terkait dengan beragam proses biologis. Diadopsi secara luas dalam penelitian fundamental, diagnostik klinis, dan pengembangan obat, pengurutan RNA menawarkan wawasan tentang seluk-beluk dinamika seluler dan regulasi genetik. Pemrosesan sampel RNA prokariotik kami disesuaikan untuk transkriptom prokariotik, yang melibatkan penipisan rRNA dan persiapan perpustakaan terarah.
Peron: Illumina NovaSeq
-
Urutan Metatranskriptome
Memanfaatkan teknologi pengurutan Illumina, layanan pengurutan metatranskriptome BMKGENE mengungkap ekspresi gen dinamis dari beragam mikroba, mulai dari eukariota hingga prokariota dan virus, dalam lingkungan alami seperti tanah, air, laut, tinja, dan usus. Layanan komprehensif kami memberdayakan para peneliti untuk menyelidiki profil ekspresi gen komunitas mikroba yang kompleks secara lengkap. Di luar analisis taksonomi, layanan pengurutan metatranskriptome kami memfasilitasi eksplorasi pengayaan fungsional, menyoroti gen yang diekspresikan secara berbeda dan perannya. Temukan kekayaan wawasan biologis saat Anda menjelajahi lanskap kompleks ekspresi gen, keragaman taksonomi, dan dinamika fungsional dalam ceruk lingkungan yang beragam ini.
-
Majelis Genom Jamur De novo
BMKGENE menawarkan solusi serbaguna untuk genom jamur, memenuhi beragam kebutuhan penelitian dan kelengkapan genom yang diinginkan. Memanfaatkan sekuensing Illumina yang dibaca singkat saja memungkinkan pembuatan rancangan genom. Urutan baca pendek dan baca panjang menggunakan Nanopore atau Pacbio digabungkan untuk genom jamur yang lebih halus dengan contig yang lebih panjang. Selain itu, pengintegrasian pengurutan Hi-C semakin meningkatkan kemampuan, memungkinkan pencapaian genom tingkat kromosom yang lengkap.
