-
Urutan Metagenomik -NGS
Metagenom adalah kumpulan materi genetik total dari komunitas campuran organisme, seperti metagenom lingkungan dan manusia. Ini berisi genom mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan tidak dapat dibudidayakan. Pengurutan metagenomik senapan dengan NGS memungkinkan studi lanskap genom rumit yang tertanam dalam sampel lingkungan dengan menyediakan lebih dari sekadar profil taksonomi, juga memberikan wawasan terperinci mengenai keanekaragaman spesies, dinamika kelimpahan, dan struktur populasi yang kompleks. Di luar studi taksonomi, metagenomik senapan juga menawarkan perspektif genomik fungsional, memungkinkan eksplorasi gen yang dikodekan dan peran yang diduga dalam proses ekologi. Yang terakhir, pembentukan jaringan korelasi antara elemen genetik dan faktor lingkungan berkontribusi pada pemahaman holistik tentang interaksi yang rumit antara komunitas mikroba dan latar belakang ekologi mereka. Kesimpulannya, pengurutan metagenomik merupakan instrumen penting untuk mengungkap seluk-beluk genom komunitas mikroba yang beragam, menjelaskan hubungan multifaset antara genetika dan ekologi dalam ekosistem yang kompleks ini.
Platform: Illumina NovaSeq dan DNBSEQ-T7
-
Urutan Metagenomik-TGS
Metagenom adalah kumpulan materi genetik dari komunitas campuran organisme, seperti metagenom lingkungan dan manusia. Ini berisi genom mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan tidak dapat dibudidayakan. Urutan metagenomik memungkinkan studi lanskap genom rumit yang tertanam dalam sampel ekologi dengan menyediakan lebih dari sekadar profil taksonomi. Ia juga menawarkan perspektif genomik fungsional dengan mengeksplorasi gen yang dikodekan dan peran mereka dalam proses lingkungan. Meskipun pendekatan shotgun tradisional dengan pengurutan Illumina telah banyak digunakan dalam studi metagenomik, munculnya pengurutan Nanopore dan PacBio yang sudah lama dibaca telah mengubah bidang ini. Teknologi Nanopore dan PacBio meningkatkan analisis bioinformatik hilir, terutama perakitan metagenom, sehingga memastikan perakitan yang lebih berkelanjutan. Laporan menunjukkan bahwa metagenomik berbasis Nanopore dan PacBio telah berhasil menghasilkan genom bakteri yang lengkap dan tertutup dari mikrobioma kompleks (Moss, EL, dkk., Nature Biotech, 2020). Mengintegrasikan pembacaan Nanopore dengan pembacaan Illumina memberikan pendekatan strategis untuk koreksi kesalahan, mengurangi akurasi rendah yang melekat pada Nanopore. Kombinasi sinergis ini memanfaatkan kekuatan masing-masing platform pengurutan, menawarkan solusi kuat untuk mengatasi potensi keterbatasan dan meningkatkan presisi dan keandalan analisis metagenomik.
Peron: Nanopore PromethION 48, Illumia dan PacBio Revio
-
Urutan Amplikon 16S/18S/ITS-PacBio
Gen 16S dan 18S rRNA, bersama dengan wilayah Internal Transcribed Spacer (ITS), berfungsi sebagai penanda sidik jari molekuler yang sangat penting karena kombinasi wilayah yang sangat terkonservasi dan sangat bervariasi, menjadikannya alat yang sangat berharga untuk mengkarakterisasi organisme prokariotik dan eukariotik. Amplifikasi dan pengurutan wilayah ini menawarkan pendekatan bebas isolasi untuk menyelidiki komposisi dan keanekaragaman mikroba di berbagai ekosistem. Meskipun pengurutan Illumina biasanya menargetkan wilayah hipervariabel pendek seperti V3-V4 dari 16S dan ITS1, telah ditunjukkan bahwa anotasi taksonomi yang unggul dapat dicapai dengan mengurutkan seluruh panjang 16S, 18S, dan ITS. Pendekatan komprehensif ini menghasilkan persentase urutan klasifikasi akurat yang lebih tinggi, sehingga mencapai tingkat resolusi yang mencakup identifikasi spesies. Platform pengurutan Single-Molecule Real-Time (SMRT) PacBio menonjol dengan menyediakan pembacaan panjang (HiFi) yang sangat akurat yang mencakup amplikon panjang penuh, menyaingi ketepatan pengurutan Illumina. Kemampuan ini memungkinkan para peneliti memperoleh keuntungan yang tak tertandingi, yaitu pemandangan lanskap genetik yang indah. Cakupan yang diperluas secara signifikan meningkatkan resolusi dalam anotasi spesies, khususnya dalam komunitas bakteri atau jamur, sehingga memungkinkan pemahaman yang lebih mendalam tentang seluk-beluk populasi mikroba.
-
Urutan Amplikon 16S/18S/ITS-NGS
Pengurutan amplikon dengan teknologi Illumina, yang secara khusus menargetkan penanda genetik 16S, 18S, dan ITS, adalah metode yang ampuh untuk mengungkap filogeni, taksonomi, dan kelimpahan spesies dalam komunitas mikroba. Pendekatan ini melibatkan pengurutan wilayah hipervariabel dari penanda genetik rumah tangga. Awalnya diperkenalkan sebagai sidik jari molekuler olehKesedihan dkkpada tahun 1977, teknik ini telah merevolusi pembuatan profil mikrobioma dengan memungkinkan analisis bebas isolasi. Melalui pengurutan 16S (bakteri), 18S (jamur), dan Internal Transcribed Spacer (ITS, jamur), peneliti tidak hanya dapat mengidentifikasi spesies yang melimpah tetapi juga spesies yang langka dan belum teridentifikasi. Diadopsi secara luas sebagai alat yang sangat penting, pengurutan amplikon telah menjadi instrumen dalam membedakan komposisi mikroba yang berbeda di berbagai lingkungan, termasuk mulut manusia, usus, tinja, dan lainnya.
-
Pengurutan Ulang Seluruh Genom Bakteri dan Jamur
Proyek pengurutan ulang seluruh genom bakteri dan jamur sangat penting untuk memajukan genom mikroba dengan memungkinkan penyelesaian dan perbandingan genom mikroba. Hal ini memfasilitasi rekayasa fermentasi, optimalisasi proses industri, dan eksplorasi jalur metabolisme sekunder. Selain itu, pengurutan ulang jamur dan bakteri sangat penting untuk memahami adaptasi lingkungan, mengoptimalkan strain, dan mengungkap dinamika evolusi genetik, yang memiliki implikasi luas dalam bidang kedokteran, pertanian, dan ilmu lingkungan.
-
Urutan RNA Prokariotik
Urutan RNA memberdayakan pembuatan profil komprehensif semua transkrip RNA dalam sel dalam kondisi tertentu. Teknologi mutakhir ini berfungsi sebagai alat yang ampuh, mengungkap profil ekspresi gen yang rumit, struktur gen, dan mekanisme molekuler yang terkait dengan beragam proses biologis. Diadopsi secara luas dalam penelitian fundamental, diagnostik klinis, dan pengembangan obat, pengurutan RNA menawarkan wawasan tentang seluk-beluk dinamika seluler dan regulasi genetik. Pemrosesan sampel RNA prokariotik kami disesuaikan untuk transkriptom prokariotik, yang melibatkan penipisan rRNA dan persiapan perpustakaan terarah.
Peron: Illumina NovaSeq
-
Urutan Metatranskriptome
Memanfaatkan teknologi pengurutan Illumina, layanan pengurutan metatranskriptome BMKGENE mengungkap ekspresi gen dinamis dari beragam mikroba, mulai dari eukariota hingga prokariota dan virus, dalam lingkungan alami seperti tanah, air, laut, tinja, dan usus. Layanan komprehensif kami memberdayakan para peneliti untuk menyelidiki profil ekspresi gen komunitas mikroba yang kompleks secara lengkap. Di luar analisis taksonomi, layanan pengurutan metatranskriptome kami memfasilitasi eksplorasi pengayaan fungsional, menyoroti gen yang diekspresikan secara berbeda dan perannya. Temukan kekayaan wawasan biologis saat Anda menjelajahi lanskap kompleks ekspresi gen, keragaman taksonomi, dan dinamika fungsional dalam ceruk lingkungan yang beragam ini.
-
Majelis Genom Jamur De novo
BMKGENE menawarkan solusi serbaguna untuk genom jamur, memenuhi beragam kebutuhan penelitian dan kelengkapan genom yang diinginkan. Memanfaatkan sekuensing Illumina yang dibaca singkat saja memungkinkan pembuatan rancangan genom. Urutan baca pendek dan baca panjang menggunakan Nanopore atau Pacbio digabungkan untuk genom jamur yang lebih halus dengan contig yang lebih panjang. Selain itu, pengintegrasian pengurutan Hi-C semakin meningkatkan kemampuan, memungkinkan pencapaian genom tingkat kromosom yang lengkap.
-
Perakitan Genom Bakteri De novo
Kami menyediakan layanan perakitan genom bakteri lengkap, menjamin 0 kesenjangan. Hal ini dimungkinkan dengan mengintegrasikan teknologi pengurutan baca panjang, seperti Nanopore dan PacBio untuk perakitan dan pengurutan baca pendek dengan Illumina untuk validasi perakitan dan koreksi kesalahan pembacaan ONT. Layanan kami menyediakan alur kerja bioinformatik lengkap mulai dari perakitan, anotasi fungsional, dan analisis bioinformatik tingkat lanjut, untuk memenuhi tujuan penelitian tertentu. Layanan ini memungkinkan pengembangan genom referensi yang tepat untuk berbagai studi genetik dan genom. Selain itu, hal ini menjadi dasar bagi aplikasi seperti optimalisasi strain, rekayasa genetika, dan pengembangan teknologi mikroba, sehingga memastikan data genomik yang andal dan bebas kesenjangan yang penting untuk memajukan wawasan ilmiah dan inovasi bioteknologi.
