-
Interaksi Kromatin berbasis Hi-C
Hi-C adalah metode yang dirancang untuk menangkap konfigurasi genom dengan menggabungkan interaksi berbasis kedekatan dan pengurutan throughput tinggi. Metode ini didasarkan pada pengikatan silang kromatin dengan formaldehida, diikuti dengan pencernaan dan ligasi ulang sedemikian rupa sehingga hanya fragmen yang berikatan kovalen yang akan membentuk produk ligasi. Dengan mengurutkan produk ligasi ini, organisasi 3D genom dapat dipelajari. Hi-C memungkinkan mempelajari distribusi bagian genom yang sedikit tersusun (kompartemen A, euchromatin) dan lebih mungkin aktif secara transkripsi, dan wilayah yang lebih padat (kompartemen B, Heterochromatin). Hi-C juga dapat digunakan untuk menentukan Topologically Associated Domains (TADs), wilayah genom yang memiliki struktur terlipat dan cenderung memiliki pola ekspresi serupa, dan untuk mengidentifikasi loop kromatin, wilayah DNA yang disatukan oleh protein dan yang seringkali diperkaya dengan unsur-unsur peraturan. Layanan pengurutan Hi-C BMKGene memberdayakan para peneliti untuk mengeksplorasi dimensi spasial genomik, membuka jalan baru untuk memahami regulasi genom dan implikasinya terhadap kesehatan dan penyakit.
-
Urutan Imunopresipitasi Kromatin (ChIP-seq)
Imunopresipitasi Kromatin (CHIP) adalah teknik yang memanfaatkan antibodi untuk secara selektif memperkaya protein pengikat DNA dan target genomiknya yang sesuai. Integrasinya dengan NGS memungkinkan pembuatan profil target DNA di seluruh genom yang terkait dengan modifikasi histon, faktor transkripsi, dan protein pengikat DNA lainnya. Pendekatan dinamis ini memungkinkan perbandingan situs pengikatan di berbagai jenis sel, jaringan, atau kondisi. Aplikasi ChIP-Seq berkisar dari mempelajari regulasi transkripsional dan jalur perkembangan hingga menjelaskan mekanisme penyakit, menjadikannya alat yang sangat diperlukan untuk memahami lanskap regulasi genom dan memajukan wawasan terapeutik.
Peron: Illumina NovaSeq
-
Urutan bisulfit seluruh genom (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) berdiri sebagai metodologi standar emas untuk eksplorasi mendalam metilasi DNA, khususnya posisi kelima dalam sitosin (5-mC), pengatur penting ekspresi gen dan aktivitas seluler. Prinsip yang mendasari WGBS melibatkan pengobatan bisulfit, menginduksi konversi sitosin yang tidak termetilasi menjadi urasil (C ke U), sementara sitosin yang termetilasi tidak berubah. Teknik ini menawarkan resolusi basa tunggal, memungkinkan peneliti menyelidiki metilom secara komprehensif dan mengungkap pola metilasi abnormal yang terkait dengan berbagai kondisi, terutama kanker. Dengan menggunakan WGBS, para ilmuwan dapat memperoleh wawasan yang tak tertandingi mengenai lanskap metilasi genom, memberikan pemahaman yang berbeda tentang mekanisme epigenetik yang mendasari beragam proses biologis dan penyakit.
-
Uji Kromatin yang Dapat Diakses Transposase dengan Urutan Throughput Tinggi (ATAC-seq)
ATAC-seq adalah teknik pengurutan throughput tinggi yang digunakan untuk analisis aksesibilitas kromatin seluruh genom. Penggunaannya memberikan pemahaman yang lebih dalam tentang mekanisme kompleks kontrol epigenetik global atas ekspresi gen. Metode ini menggunakan transposase Tn5 hiperaktif untuk secara bersamaan memecah dan menandai daerah kromatin terbuka dengan memasukkan adaptor pengurutan. Amplifikasi PCR selanjutnya menghasilkan pembuatan perpustakaan sekuensing, yang memungkinkan identifikasi komprehensif wilayah kromatin terbuka dalam kondisi ruang-waktu tertentu. ATAC-seq memberikan pandangan holistik tentang lanskap kromatin yang dapat diakses, tidak seperti metode yang hanya berfokus pada situs pengikatan faktor transkripsi atau wilayah spesifik yang dimodifikasi histone. Dengan mengurutkan wilayah kromatin terbuka ini, ATAC-seq mengungkap wilayah yang lebih cenderung memiliki rangkaian regulasi aktif dan situs pengikatan faktor transkripsi potensial, sehingga menawarkan wawasan berharga tentang modulasi dinamis ekspresi gen di seluruh genom.
-
Pengurutan Bisulfit Representasi yang Dikurangi (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) telah muncul sebagai alternatif yang hemat biaya dan efisien dibandingkan Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) dalam penelitian metilasi DNA. Meskipun WGBS memberikan wawasan komprehensif dengan memeriksa seluruh genom pada resolusi dasar tunggal, biayanya yang tinggi dapat menjadi faktor pembatas. RRBS secara strategis memitigasi tantangan ini dengan menganalisis secara selektif sebagian genom yang representatif. Metodologi ini mengandalkan pengayaan wilayah yang kaya akan kepulauan CpG dengan pembelahan MspI yang diikuti dengan pemilihan ukuran fragmen 200-500/600 bps. Akibatnya, hanya wilayah yang letaknya dekat dengan pulau-pulau CpG yang diurutkan, sedangkan wilayah dengan pulau-pulau CpG yang jauh tidak dimasukkan dalam analisis. Proses ini, dikombinasikan dengan pengurutan bisulfit, memungkinkan deteksi metilasi DNA dengan resolusi tinggi, dan pendekatan pengurutan, PE150, berfokus secara khusus pada ujung sisipan daripada bagian tengah, sehingga meningkatkan efisiensi pembuatan profil metilasi. RRBS adalah alat yang sangat berharga yang memungkinkan penelitian metilasi DNA hemat biaya dan memajukan pengetahuan tentang mekanisme epigenetik.
