Panas
Alat HeatMap menerima file data matriks sebagai input dan memungkinkan pengguna untuk memfilter, menormalkan, dan mengelompokkan data. Kasus penggunaan utama untuk heatmaps adalah analisis cluster tingkat ekspresi gen antara sampel yang berbeda.
Anotasi gen
Alat anotasi gen melakukan anotasi gen berdasarkan urutan perataan file input FASTA terhadap berbagai database.
Alat Pencarian Alignment Lokal Dasar (BLAST)
Alat BLAST adalah versi BMKCloud terintegrasi dari NCBI Blast dan dapat digunakan untuk melakukan fungsi yang sama menggunakan data yang diunggah ke akun BMKCloud.
Prediksi CDS_UTR
Alat prediksi CDS_UTR dirancang untuk memprediksi daerah pengkodean (CDS) dan daerah non-coding (UTR) dalam urutan transkrip yang diberikan berdasarkan hasil BLAST terhadap database protein yang diketahui dan hasil prediksi ORF.
Plot Manhattan
Alat plot Manhattan memungkinkan tampilan eksperimen sampel tinggi dan biasanya digunakan dalam studi asosiasi genome-lebar (GWAS).
Diagram Circos
Alat diagram Circos memberikan visualisasi yang efisien tentang bagaimana fitur genomik didistribusikan di seluruh genom. Fitur umum termasuk lokus kuantitatif, SNP, indels, varian nomor struktural dan salinan.
Pengayaan Gene Ontologi (GO)
Alat Pengayaan GO menyediakan analisis pengayaan fungsional. Perangkat lunak utama dalam alat ini adalah paket topgo-biokonduktor, yang mencakup analisis ekspresi diferensial, analisis pengayaan GO dan visualisasi hasil.
Analisis Jaringan Ko-Ekspresi Gen Tertimbang (WGCNA)
WGCNA adalah metode penambangan data yang banyak digunakan untuk menemukan modul co-ekspresi gen. Ini berlaku untuk berbagai dataset ekspresi termasuk data ekspresi gen microarray dan NGS.
Interproscan
Alat Interproscan menyediakan analisis dan klasifikasi urutan protein interpro.
GO KEGG PEMBERIAN
Alat pengayaan GO KEGG adalah desain untuk menghasilkan histogram pengayaan GO, histogram pengayaan KEGG dan jalur pengayaan KEGG berdasarkan set gen yang disediakan dan anotasi yang sesuai.