Pengurutan Genom Utuh Tumbuhan/Hewan
Fitur Layanan
● Persiapan perpustakaan dapat dilakukan secara standar atau bebas PCR
● Tersedia dalam 4 platform pengurutan: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, atau PacBio Revio.
● Analisis bioinformatik berfokus pada deteksi varian: SNP, InDel, SV dan CNV
Keunggulan Layanan
●Catatan Keahlian dan Publikasi yang Luas: Akumulasi pengalaman dalam pengurutan genom untuk lebih dari 1000 spesies telah menghasilkan lebih dari 1000 kasus yang dipublikasikan dengan faktor dampak kumulatif lebih dari 5000.
●Analisis Bioinformatika Komprehensif: Termasuk pemanggilan variasi dan anotasi fungsi.
● Dukungan Pasca Penjualan:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan periode layanan purna jual 3 bulan. Selama waktu ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil.
●Anotasi Komprehensif: Kami menggunakan banyak database untuk secara fungsional memberi anotasi pada gen dengan variasi yang teridentifikasi dan melakukan analisis pengayaan yang sesuai, sehingga memberikan wawasan tentang berbagai proyek penelitian.
Spesifikasi Layanan
| Varian yang harus diidentifikasi | Strategi pengurutan | Kedalaman yang disarankan |
| SNP dan InDel | Menerangi NovaSeq PE150 atau MGI T7 | 10x |
| SV dan CNV (kurang akurat) | 30x | |
| SV dan CNV (lebih akurat) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV dan CNV | PacBio Revio | 10x |
Persyaratan Sampel
| Jaringan atau asam nukleat yang diekstraksi | Iluminasi/MGI | nanopori | PacBio
| ||
| Jeroan Hewan | 0,5-1 gram | ≥ 3,5 gram
| ≥ 3,5 gram
| ||
| Otot Hewan | ≥ 5 gram
| ≥ 5 gram
| |||
| Darah Mamalia | 1,5 ml | ≥ 0,5 mL
| ≥ 5ml
| ||
| Darah Unggas/Ikan | ≥ 0,1 mL
| ≥ 0,5 mL
| |||
| Tanaman- Daun Segar | 1-2 gram | ≥ 2 gram
| ≥ 5 gram
| ||
| Sel yang Dikultur |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Jaringan lunak serangga/Individu | 0,5-1 gram | ≥ 1 gram
| ≥ 3 gram
| ||
| DNA yang diekstraksi
| Konsentrasi: ≥ 1 ng/µL Jumlah: ≥ 30 ng Terbatas atau tidak ada degradasi atau kontaminasi
| Konsentrasi Jumlah
OD260/280
OD260/230
Terbatas atau tidak ada degradasi atau kontaminasi
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/sel aliran/sampel
1.7-2.2
≥1,5 | Konsentrasi Jumlah
OD260/280
OD260/230
Terbatas atau tidak ada degradasi atau kontaminasi | ≥ 50 ng/µL 10 µg/sel aliran/sampel
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Persiapan Perpustakaan Bebas PCR: Konsentrasi≥ 40 ng/ µL Jumlah≥ 500 ng | |||||
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Ekstraksi DNA
Pembangunan perpustakaan
Urutan
Analisis data
Pengiriman data
Termasuk analisis berikut:
- Kontrol Kualitas Data Mentah
- Statistik penyelarasan dengan genom referensi
- Identifikasi varian: SNP, InDel, SV dan CNV
- Anotasi fungsional varian
Statistik penyelarasan dengan genom referensi – mengurutkan distribusi kedalaman
Panggilan SNP di antara banyak sampel
Identifikasi InDel – statistik panjang InDel di wilayah CDS dan wilayah genom
Distribusi varian di seluruh genom – Plot Circos
Anotasi fungsional gen dengan varian yang teridentifikasi – Ontologi Gen
Chai, Q. dkk. (2023) 'Glutathione S-transferase GhTT19 menentukan pigmentasi kelopak bunga melalui pengaturan akumulasi antosianin dalam kapas', Jurnal Bioteknologi Tanaman, 21(2), hal. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. dkk. (2023) 'Genom Hevea brasiliensis liar tingkat kromosom menyediakan alat baru untuk pemuliaan berbantuan genom dan lokus yang berharga untuk meningkatkan hasil karet', Jurnal Bioteknologi Tanaman, 21(5), hlm. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. dkk. (2021) 'Genom tiram muara memberikan wawasan tentang dampak iklim dan plastisitas adaptif', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), hlm.1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. dkk. (2022) 'Analisis perubahan genom dan metilasi pada ayam asli Tiongkok dari waktu ke waktu memberikan wawasan tentang konservasi spesies', Communications Biology, 5(1), hlm. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
