Solusi mRNA Panjang Penuh PacBio 2+3
Fitur
● Desain studi:
Sampel yang dikumpulkan diurutkan dengan PacBio untuk mengidentifikasi isoform transkrip
Sampel terpisah (replikasi dan kondisi yang akan diuji) diurutkan denganNGS untuk mengukur ekspresi transkrip
● Pengurutan PacBio dalam mode CCS, menghasilkan pembacaan HiFi
● Urutan transkrip lengkap
● Analisis tidak memerlukan genom referensi; namun, ini mungkin digunakan
● Analisis bioinformatik tidak hanya mencakup ekspresi pada tingkat gen dan isoform, tetapi juga analisis lncRNA, fusi gen, poli-adenilasi, dan struktur gen
Keuntungan
● Akurasi Tinggi: HiFi terbaca dengan akurasi >99,9% (Q30), sebanding dengan NGS
● Analisis Penyambungan Alternatif: mengurutkan semua transkrip memungkinkan identifikasi dan karakterisasi isoform.
● Kombinasi Kekuatan PacBio dan NGS: memungkinkan kuantifikasi ekspresi pada tingkat isoform, mengungkap perubahan yang mungkin terselubung saat menganalisis seluruh ekspresi gen
● Keahlian yang Luas: dengan rekam jejak menyelesaikan lebih dari 1100 proyek transkriptom lengkap PacBio dan memproses lebih dari 2300 sampel, tim kami membawa banyak pengalaman ke setiap proyek.
● Dukungan Pasca Penjualan: komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan periode layanan purna jual 3 bulan. Selama waktu ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil.
Persyaratan Sampel dan Pengiriman
| Perpustakaan | Strategi pengurutan | Data direkomendasikan | Kontrol Kualitas |
| Pustaka CCS mRNA yang diperkaya PolyA | Sekuel PacBio II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 Jt CCS | Q30≥85% |
| Poli A diperkaya | Menerangi PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotida
|
| Konsentrasi (ng/μl) | Jumlah (μg) | Kemurnian | Integritas |
| Perpustakaan Iluminasi | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Kontaminasi protein atau DNA terbatas atau tidak ada pada gel. | Untuk tanaman: RIN≥4.0; Untuk hewan: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevasi dasar yang terbatas atau tidak ada sama sekali |
| perpustakaan PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Kontaminasi protein atau DNA terbatas atau tidak ada pada gel. | Tanaman: RIN≥7.5 Hewan: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; elevasi dasar yang terbatas atau tidak ada sama sekali |
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Wadah: tabung centrifuge 2 ml (tidak disarankan menggunakan kertas timah)
Contoh pelabelan: Grup+replikasi misalnya A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pengiriman:
1. Es kering:Sampel perlu dikemas dalam kantong dan dikubur dalam es kering.
2. Tabung RNAstabil: Sampel RNA dapat dikeringkan dalam tabung stabilisasi RNA (misalnya RNAstable®) dan dikirim dalam suhu kamar.
Termasuk analisis berikut:
Kontrol kualitas data mentah
Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)
Analisis transkrip fusi
Analisis Penyambungan Alternatif
Analisis Pembandingan Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
Analisis transkrip novel: prediksi urutan pengkodean (CDS) dan anotasi fungsional
Analisis lncRNA: prediksi lncRNA dan target
Identifikasi MikroSatelit (SSR)
Analisis Transkrip yang Dinyatakan Secara Diferensial (DET).
Analisis Gen yang Diekspresikan Secara Diferensial (DEG).
Anotasi fungsional DEG dan DET
Analisis BUSCO
Analisis Penyambungan Alternatif
Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)
Gen yang Diekspresikan Secara Diferensial (DEG) dan Transkrip (DETs9 anlaysis
Jaringan interaksi Protein-Protein DET dan DEG
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh pengurutan mRNA full-length PacBio 2+3 BMKGene melalui koleksi publikasi yang dikurasi.
Chao, Q.dkk. (2019) 'Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus', Jurnal Bioteknologi Tanaman, 17(1), hlm.206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. dkk. (2022) 'Perubahan Dinamis Kandungan Asam Askorbat selama Perkembangan Buah dan Pematangan Actinidia latifolia (Tanaman Buah Kaya Askorbat) dan Mekanisme Molekuler Terkait', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), hal. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. dkk. (2022) 'Prediksi efektif gen jalur biosintetik yang terlibat dalam polifil bioaktif di Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), hlm.1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. dkk. (2023) 'Gabungan Analisis PacBio Iso-Seq dan Illumina RNA-Seq dari Transkriptome Tuta absoluta (Meyrick) dan Gen Sitokrom P450', Serangga, 14(4), hal. 363.doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun dkk. (2019) 'Survei kompleksitas transkriptom menggunakan analisis real-time molekul tunggal PacBio dikombinasikan dengan sekuensing RNA Illumina untuk pemahaman yang lebih baik tentang biosintesis asam risinoleat di Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), hlm.1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/GAMBAR/7.
