Non-referensi berbasis sekuensing-NGS
Fitur
● Penangkapan poli mRNA sebelum persiapan perpustakaan
● Terlepas dari genom referensi apa pun: Berdasarkan perakitan transkrip de novo, menghasilkan daftar unigene yang dijelaskan dengan beberapa database (NR, Swiss-Prot, Cog, Kog, Eggnog, PFAM, GO, KEGG)
● Analisis bioinformatik komprehensif dari ekspresi gen dan struktur transkrip
Keuntungan Layanan
●Keahlian yang luas: Dengan rekam jejak memproses lebih dari 600.000 sampel di BMKGENE, mencakup beragam jenis sampel seperti kultur sel, jaringan, dan cairan tubuh, tim kami membawa banyak pengalaman untuk setiap proyek. Kami telah berhasil menutup lebih dari 100.000 proyek mRNA-seq di berbagai domain penelitian.
●Kontrol kualitas yang ketat: Kami menerapkan titik kontrol inti di semua tahap, dari sampel dan persiapan perpustakaan hingga pengurutan dan bioinformatika. Pemantauan yang cermat ini memastikan pengiriman hasil berkualitas tinggi secara konsisten.
● Anotasi komprehensif: Kami menggunakan beberapa database untuk secara fungsional membuat anotasi gen yang diekspresikan secara berbeda (DEG) dan melakukan analisis pengayaan yang sesuai, memberikan wawasan tentang proses seluler dan molekuler yang mendasari respons transkriptome.
●Dukungan pasca-penjualan: Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan periode layanan setelah penjualan 3 bulan. Selama waktu ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menangani setiap pertanyaan yang terkait dengan hasilnya.
Persyaratan dan pengiriman sampel
| Perpustakaan | Strategi Sequencing | Data direkomendasikan | Kontrol kualitas |
| Poly A diperkaya | Illumina PE150 Dnbseq-t7 | 6-10 GB | Q30 ≥85% |
Persyaratan Sampel:
Nukleotida:
| Conc. (Ng/μl) | Jumlah (μg) | Kemurnian | Integritas |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2.5 Kontaminasi protein atau tidak ada protein atau DNA yang ditunjukkan pada gel. | Untuk tanaman: rin ≥4.0; Untuk hewan: rin ≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ketinggian terbatas atau tidak ada |
● Tanaman:
Root, batang atau kelopak: 450 mg
Daun atau biji: 300 mg
Buah: 1.2 g
● Hewan:
Jantung atau usus: 300 mg
Viscera atau Brain: 240 mg
Otot: 450 mg
Tulang, Rambut atau Kulit: 1G
● Arthropoda:
Serangga: 6g
Crustacea: 300 mg
● Darah utuh: 1 tabung
● Sel: 106 sel
Pengiriman sampel yang disarankan
Wadah: 2 ml tabung centrifuge (timah tidak disarankan)
Label sampel: grup+replikasi misalnya A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pengiriman:
1. Es kering: Sampel perlu dikemas dalam kantong dan dikubur dalam es kering.
2. Tabung RNASTABLE: Sampel RNA dapat dikeringkan dalam tabung stabilisasi RNA (misalnya RNASTABLE®) dan dikirim dalam suhu kamar.
Aliran kerja layanan
Desain Eksperimen
Pengiriman sampel
Ekstraksi RNA
Konstruksi Perpustakaan
Sekuensing
Analisis Data
Layanan setelah penjualan
Bioinformatika
Perakitan Transkriptom dan Seleksi Unigene
Anotasi Unigene
Korelasi sampel dan penilaian ulangan biologis
Gen yang diekspresikan secara berbeda (DEG)
Anotasi fungsional DEG
Pengayaan fungsional DEG
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan sekuensing eukariotik NGS mRNA BMKGENE melalui koleksi publikasi yang dikuratori.
Shen, F. et al. (2020) 'DE Novo Transcriptome Assembly dan Ekspresi Gen Bias-Bias di Gonad Amur Catfish (Silurus asotus)', Genomics, 112 (3), hlm. 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Analisis transkriptome metabolisme sukrosa selama pembengkakan dan pengembangan bohlam dalam bawang (Allium cepa L.)', Perbatasan dalam Ilmu Tanaman, 7 (September), hlm. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/Bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) 'de novo Majelis, Karakterisasi dan Anotasi untuk Transkriptome Sarcocheilichthys Sinensis', Plos One, 12 (2). doi: 10.1371/journal.pone.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Analisis transkriptome de novo memberikan wawasan tentang toleransi garam Podocarpus macrophyllus di bawah stres salinitas', BMC Plant Biology, 21 (1), hlm. 1–17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/angka/9.
