Masuk BMKCloud
1

mRNA-seq (NGS) dengan genom referensi

百迈客云网站 -11

mRNA-seq (NGS) dengan genom referensi

RNA-seq adalah alat standar di seluruh ilmu kehidupan dan tanaman, menjembatani kesenjangan antara genom dan proteom. Kekuatannya terletak pada menemukan transkrip baru dan mengukur ekspresi mereka dalam satu pengujian. Ini banyak digunakan untuk studi transkriptomik komparatif, menyoroti gen yang terkait dengan berbagai sifat atau fenotipe, seperti membandingkan mutan dengan tipe liar atau mengungkapkan ekspresi gen dalam kondisi tertentu. BMKCloud mRNA (Referensi) APP mengintegrasikan kuantifikasi ekspresi, analisis ekspresi diferensial (DEG), dan analisis struktur urutan ke dalam pipa bioinformatika mRNA-seq (NGS) dan menggabungkan kekuatan perangkat lunak yang sama, memastikan kenyamanan dan keramahan pengguna. Pengguna dapat mengunggah data RNA-seq mereka ke cloud, di mana aplikasi menawarkan solusi analisis bioinformatik satu atap yang komprehensif. Selain itu, ini memprioritaskan pengalaman pelanggan, menawarkan operasi yang dipersonalisasi yang disesuaikan dengan kebutuhan spesifik pengguna. Pengguna dapat menetapkan parameter dan mengirimkan misi pipa sendiri, memeriksa laporan interaktif, melihat data/diagram dan penambangan data lengkap, seperti: pemilihan gen target, pengelompokan fungsional, diagram, dll.

Hasil demo
Penambangan data
Persyaratan impor
Analisis utama
Referensi
Hasil demo

Penambangan data

Persyaratan impor

Platform:Illumina, MGI
Strategi:RNA-seq
Tata letak: Pariasi, data bersih.
Jenis Perpustakaan:fr-unstranded, fr-firststrand atau fr-secondstrand
Baca Panjang:150 bp
Jenis file:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz atau *.fq.gz. Sistem akanPasangkan file .fastQ secara otomatis sesuai dengan nama file mereka,misalnya *_1.fastq dipasangkan dengan *._ 2.fastq.
Jumlah sampel:Tidak ada batasan pada nomor tersebutsampel, tetapi waktu analisis akan meningkat sebagai jumlahSampel tumbuh.
Jumlah data yang disarankan:6g per sampel

Analisis utama
Analisis utama dan alat bioinformatik mRNA-seq (referensi)Pipa adalah sebagai berikut:
1. Kontrol Kualitas Rawdata:
• Penghapusan urutan berkualitas rendah, urutan adaptor,dll;
• Alat: Pipa yang dikembangkan di rumah;
2. Penyelarasan data ke genom referensi:
• Menyelaraskan bacaan dengan algoritma sadar-sambungan terhadapgenom referensi.
•Peralatan:Hisat2, Samtools
3. Analisis Kualitas Perpustakaan:
• Sisipkan analisis panjang, analisis saturasi urutan, dll;
•Peralatan:Samtools;
4. Analisis Struktur Urutan:
• Analisis splicing alternatif, optimasi struktur gen,prediksi gen baru, dll;
•Peralatan:Stringtie, gffcompare, Gatk,BERLIAN, Interproscan, DanHmmer.
5. Analisis ekspresi diferensial:
• Penyaringan DEG, analisis hubungan bersama, fungsionalpenyuburan;
Berbagai hasil visualisasi;
RdenganSegseq, Deseq2, ggplot2, Dexseq
Referensi
1. Kim, Daehwan et al. “Penyelarasan genom berbasis grafik dangenotip dengan hisat2 dan genotipe hisat. "AlamBioteknologi37 (2019): 907 - 915.
2. McKenna, Aaron et al. “Toolkit Analisis Genome: aKerangka kerja MapReduce untuk menganalisis DNA generasi berikutnyadata sekuensing. "Penelitian Genom20 9 (2010): 1297-303.
3. Li, Heng et al. “Format Penyelarasan/Peta Urutan danSamtools. "Bioinformatika25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea, Mihaela et al. “Stringtie memungkinkan ditingkatkanRekonstruksi transkriptom dari RNA-seq dibaca. "AlamBioteknologi33 (2015): 290-295.
5. Love, Michael I. et al. “Estimasi perubahan lipatan yang dimoderasi dandispersi untuk data RNA-seq dengan deseq2. "GenomBiologi15 (2014): n. PAG.
6. Eddy, Sean R .. “Profil yang Dipercepat Hmm Search.”Plos Biologi Komputasi7 (2011): n. PAG.

Dapatkan penawaran

Tulis pesan Anda di sini dan kirimkan kepada kami

Kirim pesan Anda kepada kami: