Transkriptome panjang penuh Nanopore

Pengurutan transkriptome nanopore adalah metode yang ampuh untuk mengurutkan cDNA full-length, mengidentifikasi dan mengukur isoform transkrip secara akurat. Pipa Transkriptome Panjang Penuh BMKCloud Nanopore dirancang untuk menganalisis data RNA-Seq yang dihasilkan pada platform Nanopore terhadap genom referensi berkualitas tinggi yang dianotasi dengan baik, memberikan analisis kualitatif dan kuantitatif pada tingkat gen dan transkrip. Setelah kontrol kualitas, sekuens non-chimeric (FLNC) full-length diperoleh dan sekuens konsensus dipetakan ke genom referensi untuk menghilangkan transkrip yang berlebihan. Dari kumpulan transkrip ini, ekspresi dikuantifikasi dan gen serta transkrip yang diekspresikan secara berbeda diidentifikasi dan diberi anotasi secara fungsional. Jalur ini juga mencakup analisis poliadenilasi alternatif (APA), analisis penyambungan alternatif, analisis pengulangan urutan sederhana (SSR), prediksi lncRNA dan target terkait, prediksi urutan pengkodean (CDS), analisis keluarga gen, analisis faktor transkripsi, prediksi gen baru. dan anotasi fungsional transkrip.