Majelis Genom Berdasarkan Hi-C
Hi-C adalah metode yang dirancang untuk menangkap konfigurasi kromosom dengan menggabungkan interaksi berbasis proksimitas probing dan sekuensing throughput tinggi. Intensitas interaksi ini diyakini berkorelasi negatif dengan jarak fisik pada kromosom. Oleh karena itu, data HI-C digunakan untuk memandu pengelompokan, pemesanan, dan orientasi urutan rakitan dalam draft genom dan menjangkar mereka ke sejumlah kromosom. Teknologi ini memberdayakan perakitan genom tingkat kromosom tanpa adanya peta genetik berbasis populasi. Setiap genom tunggal membutuhkan Hi-C.
Fitur Layanan
● Urutan pada Illumina novaseq dengan PE150.
● Layanan membutuhkan sampel jaringan, alih-alih asam nukleat yang diekstraksi, untuk tautan silang dengan formaldehida dan menghemat interaksi DNA-protein.
● Eksperimen HI-C melibatkan pembatasan dan perbaikan ujung ujung lengket dengan biotin, diikuti oleh sirkularisasi ujung tumpul yang dihasilkan sambil menjaga interaksi. DNA kemudian ditarik ke bawah dengan manik -manik streptavidin dan dimurnikan untuk persiapan perpustakaan berikutnya.
Keuntungan Layanan
Tinjauan Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Sains, 2009)
●Menghilangkan kebutuhan untuk data populasi genetik:Hi-c menggantikan informasi penting yang diperlukan untuk penahan contig.
●Kepadatan penanda tinggi:mengarah ke rasio penahan contig tinggi di atas 90%.
●Catatan keahlian dan publikasi yang luas:BMKGENE memiliki pengalaman besar dengan lebih dari 2000 kasus perakitan genom HI-C dari 1000 spesies yang berbeda dan berbagai paten. Lebih dari 200 kasus yang diterbitkan memiliki faktor dampak akumulatif lebih dari 2000.
●Tim bioinformatika yang sangat terampil:Dengan paten in-house dan hak cipta perangkat lunak untuk eksperimen HI-C dan analisis data, perangkat lunak data visualisasi yang dikembangkan sendiri memungkinkan pemindahan blok manual, membalikkan, mencabut, dan mengulang.
●Dukungan pasca-penjualan:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan periode layanan setelah penjualan 3 bulan. Selama waktu ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menangani setiap pertanyaan yang terkait dengan hasilnya.
●Anotasi komprehensif: Kami menggunakan beberapa database untuk secara fungsional memberi anotasi gen dengan variasi yang diidentifikasi dan melakukan analisis pengayaan yang sesuai, memberikan wawasan tentang beberapa proyek penelitian.
Spesifikasi layanan
| Persiapan Perpustakaan | Strategi Sequencing | Output data yang disarankan | Kontrol kualitas |
| Perpustakaan Hi-C | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Persyaratan sampel
| Jaringan | Jumlah yang dibutuhkan |
| Visera hewan | ≥ 2 g |
| Otot hewan | |
| Darah mamalia | ≥ 2 ml |
| Darah unggas/ikan | |
| Daun Tanaman- Segar | ≥ 3 g |
| Sel yang dikultur | ≥ 1x107 |
| Serangga | ≥ 2 g |
Aliran kerja layanan
Desain Eksperimen
Pengiriman sampel
Konstruksi Perpustakaan
Sekuensing
Analisis Data
Layanan setelah penjualan
1) Data RAW QC
2) Perpustakaan Hi-C QC: Estimasi Interaksi Hi-C yang valid
3) Perakitan HI-C: pengelompokan contigs dalam grup, diikuti dengan pemesanan contig di dalam masing-masing kelompok dan menetapkan orientasi contig
4) Evaluasi HI-C
Hi-C Library QC-Estimasi pasangan interaksi HI-C yang valid
Hi-C Assembly-Statistik
Evaluasi Pasca Perakitan-Panas Panas Intensitas Sinyal Antara Bins
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh Layanan Majelis HI-C BMKGENE melalui koleksi publikasi yang dikuratori.
Tian, T. et al. (2023) 'Perakitan genom dan diseksi genetik dari plasma kuman jagung tahan kekeringan', genetika alam 2023 55: 3, 55 (3), hlm. 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl et al. (2020) 'Perakitan skala kromosom dari Asian Honeybee Apis Cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. Doi: 10.3389/fgene.2020.00279/Bibtex.
Zhang, F. et al. (2023) 'Mengungkapkan evolusi biosintesis alkaloid tropan dengan menganalisis dua genom dalam keluarga Solanaceae', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), hlm. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genom dari pohon beringin dan tawon penyerbuk memberikan wawasan tentang coevolution ara-wasp', sel, 183 (4), hlm. 875-889.E17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
