Exclusive Agency for Korea

Masuk BMKCloud

Produk

Interaksi kromatin berbasis hi-c

HI-C adalah metode yang dirancang untuk menangkap konfigurasi genom dengan menggabungkan interaksi berbasis proksimitas probing dan sekuensing throughput tinggi. Metode ini didasarkan pada ikatan silang kromatin dengan formaldehyde, diikuti oleh pencernaan dan ligasi ulang dengan cara yang hanya fragmen yang dihubungkan secara kovalen akan membentuk produk ligasi. Dengan mengurutkan produk ligasi ini, dimungkinkan untuk mempelajari organisasi 3D genom. Hi-C memungkinkan mempelajari distribusi bagian-bagian genom yang dikemas dengan ringan (kompartemen, euchromatin) dan lebih mungkin aktif secara transkripsi, dan daerah yang lebih ketat dikemas (kompartemen B, heterokromatin). Hi-C juga dapat digunakan untuk menentukan domain terkait topologi (TAD), daerah genom yang memiliki struktur lipat dan cenderung memiliki pola ekspresi yang sama, dan untuk mengidentifikasi loop kromatin, daerah DNA yang ditambatkan bersama oleh protein dan itu adalah sering diperkaya dalam elemen peraturan. Layanan pengurutan HI-C BMKGENE memberdayakan para peneliti untuk mengeksplorasi dimensi spasial genomik, membuka jalan baru untuk memahami regulasi genom dan implikasinya pada kesehatan dan penyakit.

Hubungi kami

Detail Layanan

Bioinformatika

Hasil demo

Publikasi unggulan

Fitur Layanan

● Urutan pada Illumina novaseq dengan PE150.

● Layanan membutuhkan sampel jaringan, alih-alih asam nukleat yang diekstraksi, untuk tautan silang dengan formaldehida dan menghemat interaksi DNA-protein.

● Eksperimen HI-C melibatkan pembatasan dan perbaikan ujung ujung lengket dengan biotin, diikuti oleh sirkularisasi ujung tumpul yang dihasilkan sambil menjaga interaksi. DNA kemudian ditarik ke bawah dengan manik -manik streptavidin dan dimurnikan untuk persiapan perpustakaan berikutnya.

Keuntungan Layanan

●Desain Enzim Pembatasan Optimal: Untuk memastikan efisiensi HI-C yang tinggi pada spesies yang berbeda dengan pasangan interaksi yang valid hingga 93%.

●Catatan keahlian dan publikasi yang luas:BMKGENE memiliki pengalaman besar dengan> 2000 proyek sequencing HI-C dari 800 spesies berbeda dan berbagai paten. Lebih dari 100 kasus yang diterbitkan dengan faktor dampak akumulatif lebih dari 900.

●Tim bioinformatika yang sangat terampil:Dengan paten in-house dan hak cipta perangkat lunak untuk eksperimen HI-C dan analisis data dan perangkat lunak data visualisasi yang dikembangkan sendiri.

●Dukungan pasca-penjualan:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan periode layanan setelah penjualan 3 bulan. Selama waktu ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menangani setiap pertanyaan yang terkait dengan hasilnya.

●Anotasi komprehensif: Kami menggunakan beberapa database untuk secara fungsional memberi anotasi gen dengan variasi yang diidentifikasi dan melakukan analisis pengayaan yang sesuai, memberikan wawasan tentang beberapa proyek penelitian.

Spesifikasi layanan

Perpustakaan

Strategi Sequencing

Output data yang disarankan

Resolusi sinyal hi-c

Perpustakaan Hi-C

Illumina PE150

Loop Chromatin: 150x

TAD: 50x

Loop Chromatin: 10kb

TAD: 40KB

Persyaratan Layanan

Jenis sampel	Jumlah yang dibutuhkan
Jaringan hewan	≥2g
Darah utuh	≥2ml
Jamur	≥1g
Jaringan Tanaman- Muda	1G/ALUQUOT, 2-4 ALUQUOTE Direkomendasikan
Sel yang dikultur	≥1x10⁷

Sebelumnya: TGuide Smart Magnetic Plant RNA Kit

Berikutnya: DNBSEQ Perpustakaan Pra-Buatan

Termasuk analisis berikut:

● Data RAW QC;

● Pemetaan dan Perpustakaan HI-C QC: Pasangan interaksi yang valid dan eksponen peluruhan interaksi (IDE);

● Profil interaksi genome-lebar: analisis CIS/trans dan peta interaksi HI-C;

● Analisis distribusi kompartemen A/B;

● Identifikasi TAD dan loop kromatin;

● Analisis diferensial pada elemen struktur kromatin 3D di antara sampel dan anotasi fungsional yang sesuai dari gen terkait.

Distribusi proporsi cis dan trans

Heatmap interaksi kromosom antara sampel

Distribusi kompartemen a/b genome

Distribusi loop kromatin secara luas genome

Visualisasi TADS

Jelajahi kemajuan penelitian yang difasilitasi oleh layanan sekuensing HI-C BMKGENE melalui kumpulan publikasi yang dikuratori.

Meng, T. et al. (2021) 'Analisis multi-omics terintegrasi komparatif mengidentifikasi Ca2 sebagai target baru untuk chordoma',Neuro-onkologi, 23 (10), hlm. 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.

Xu, L. et al. (2021) 'disorganisasi 3D dan penataan ulang genom memberikan wawasan tentang patogenesis NAFLD oleh Hi-C, Nanopore, dan RNA yang terintegrasi',Acta Pharmaceutica Sinica b, 11 (10), hlm. 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.