Genome-Wide Association Study (GWAS) bertujuan untuk mengidentifikasi varian genetik (genotipe) yang terkait dengan sifat spesifik (fenotipe). Studi GWA menyelidiki penanda genetik melintasi seluruh genom dari sejumlah besar individu dan memprediksi asosiasi genotipe-fenotipe dengan analisis statistik pada tingkat populasi. Resequencing seluruh genom berpotensi menemukan semua varian genetik. Kopling dengan data fenotipik, GWA dapat diproses untuk mengidentifikasi SNP terkait fenotip, QTL dan gen kandidat, yang sangat mendukung pemuliaan hewan/tumbuhan modern. SLAF adalah strategi sekuensing genom yang disederhanakan sendiri, yang menemukan penanda terdistribusi genome-wide, SNP. SNP ini, sebagai penanda genetik molekuler, dapat diproses untuk studi asosiasi dengan sifat yang ditargetkan. Ini adalah strategi yang hemat biaya dalam mengidentifikasi sifat-sifat kompleks yang terkait dengan variasi genetik.
